這些基因的體細胞突變狀態如圖所示。平均突變頻率比較高的基因是TP53(31.4%)、PTEN(5.7%)、NOTCH1(3.6%)、CTNNB1(3.6%)、XIST(3.4%)和MALAT1(3.4%)。還觀察到在子宮內膜體*(UCEC)中有相對較高的突變頻率(7.6%)。
在泛*中構建 m6A 亞型和特征
我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數秩檢驗發現,在排除死亡比例的**后,27種**中有24種**的定義亞型與總生存率***相關?<?10%。具體來說,我們定義了按中位生存時間(MST)排序的聚類。MST**長的組定義為第1組,MST**短的組定義為第3組,中間組定義為第2組。與第1組相比,第2組和第3組在27種**中有22種的生存率***降低。此外,當臨床結果為無進展間期(PFI)時,分類在大多數**類型中仍然***(16/26)或疾病特異性生存率(DSS)(18/26)。在總體人群的KM生存率分析中,m6A亞型在調整**類型后可***分層患者的生存率。四個體細胞突變在不同m6A亞型中的分布有***性差異,包括TP53、NOTCH1、CTNNB1和PTEN。 我們在人類胰腺*細胞系中過表達或敲除METTL14。成都細胞發育與分化科研
3.脂肪細胞通過外泌體linc-ROR去分化促進PC**的發生功能上,菌落形成分析的結果顯示,在共培養體系中,敲低/過表達外泌體linc-ROR表達***降低/增強了PC細胞的生長活力,實時細胞分析(RTCA)xCELLigence實驗產生了類似的結果。如圖所示,共培養/較高linc-ROR組比各自的對照組表現出更好的生長。這些結果也被EdU實驗結果所證實。綜上所述,外泌體linc-ROR表達較高的脂肪細胞脫分化后,PC細胞增殖能力增強。
4.脂肪細胞和PC細胞共培養系統誘導PC細胞的遷移、侵襲和形態改變,并伴有EMT研究結果還表明,與PBS-shCtrl/PBS-Ctrl相比,脂肪細胞和外泌體linc-ROR共培養體系的條件培養基增強了PC細胞系的運動性。作者發現由外泌體linc-ROR表達增加引起的脂肪細胞脫分化使PC細胞更有運動能力。此外,經外泌體linc-ROR處理的脂肪細胞產生的條件培養基在很大程度上誘導PC細胞通過Transwell過濾器遷移和侵襲。條件培養液改變了PC細胞的形態,從凝聚型轉變為分散型,典型表現為細胞間連接丟失和細胞偽足擴展,免疫熒光(IF)實驗顯示,間質標記物波形蛋白表達增加,上皮標記物E-cadherin表達減少。這些數據證實了外泌體linc-ROR的表達增加,通過共培養系統作用于脂肪細胞,促進體外PC轉移。 遼寧細胞死亡通路發現者科研英拜有一支高精尖的團隊。
8.過表達Caspase-11加重MCD誘導的小鼠肝脂肪變性
由于缺乏Caspase-11減弱MCD誘導的肝脂肪變性,我們檢測肝臟中Caspase-11過表達對MCD誘導的肝脂肪變性的影響。我們在Alb-Cre小鼠肝細胞中過表達Caspase-11(圖8A)。正常情況下,對照組和過表達Caspase11的小鼠肝臟組織學形態正常。MCD處理導致對照和過表達Caspase11的小鼠肝臟出現明顯的脂質積聚(空泡)。此外,過表達caspase-11的小鼠肝臟中的空泡比對照小鼠肝臟中的大且多(圖8B)。相應的,與MCD處理的對照組相比,過表達Caspase-11的小鼠脂肪變性評分(圖8C)和膨脹評分(圖8D)***升高。類似地,與對照組小鼠相比,MCD處理的caspase-11過表達的的小鼠血清中ALT(圖8E)、AST(圖8F)和肝臟甘油三酯(圖8G)升高。
在沒有RNA配體的情況下,RIG-I采用一種自動抑制的構象,CARDs發出信號。因此假設circNDUFB2可能通過促進其CARDs釋放***RIG-I。用Co-IP檢測RIG-I的CARDs(FLAG-CARD)和螺旋酶結構域(HA-ΔCARD)之間的相互作用。結果表明circNDUFB2抑制了RIG-I的CARDs和螺旋酶結構域之間的相互作用。此外,circNDUFB2增強了CARDs與線粒體抗病毒信號蛋白(MAVS)的相互作用。這些結果表明circNDUFB2可能通過破壞CARDs與其解旋酶結構域之間的分子內相互作用來***RIG-I,并使RIG-I保持活性,從而***RIG-I-MAVS信號級聯。circNDUFB2的免疫反應抑制NSCLC進展英拜生物提供生物科學內的專業的技術咨詢,技術合作。
對snATAC-seq數據集使用97%置信閾值對細胞類型分配進行過濾,以去除異型雙重體。通過標簽轉移獲得的snATAC-seq細胞類型預測(圖1d)與無監督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明,所有主要的細胞類型都存在于這兩個數據集中,并且在檢測和分配細胞身份方面,snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補充圖3)。使用基于基因活性的細胞類型分配進行下游分析,這是通過對snatc -seq數據集的無監督聚類獲得的。有趣的是,snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內的兩個亞群,這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SLC5A2具有更強的染色質可及性;而PST在編碼SGLT1的SLC5A1(圖1f,補充圖4)中表現出更強的可達性。SGLT2在近端小管S1和S2段重新吸收葡萄糖,SGLT1位于S3。英拜提供可靠的技術咨詢。肺纖維化小鼠模型科研省自然科學基金
METTL14上調促進胰腺*生長和轉移。成都細胞發育與分化科研
越來越多的證據表明**相關巨噬細胞(TAMs)和外泌體在轉移前niche(生態位)形成中發揮重要作用。TAMs是轉移前生態位形成和結直腸*肝轉移(CRLM)的基礎。然而,**來源的外泌體miRNAs與TAMs相互作用的分子機制仍然很大程度上未知。本研究發現**來源外泌體miR-934可以誘導巨噬細胞M2極化,進而促進CRC的肝轉移。該文于2020年11月發表在《Journal of Hematology and Oncology》IF:11.059期刊上。
1、miR-934表達升高與CRLM進展及預后不良呈正相關
為了揭示參與CRLM的miRNA,作者基于TCGA數據庫比較了CRC的1期**和4期**的miRNA表達譜,發現miR-934是在4期**中高表達差異表達*****的miRNA(Fig.1a,b)。此外,作者將110個CRC組織按有無肝轉移分為兩組,發現肝轉移組與未轉移組相比,組織和血清miR-934表達上調(Fig.1c,d)。接下來,為了研究miR-934在CRLM進展中的作用,使用ISH比較了miR-934在包含308個CRC樣本的組織芯片(TMA)中的表達,與正常粘膜組織相比,CRC組織中miR-934的表達明顯上調;miR-934表達增加與T分期、M分期、晚期AJCC分期和**復發呈正相關,尤其是在肝轉移的病例中(Fig.1e)。
成都細胞發育與分化科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數據信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區,實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務:RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經典通路研究,設計的課題均具有后續實驗課題的延展性,為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗