snoRNAs派生的小RNAs
miRNA在一系列調控過程中起著重要作用,如細胞存活和細胞增殖的調控,由snoRNAs產生的sno-miRNAs產生的小RNA具有雙重功能,同樣的轉錄本可以作為snoRNA和miRNA的前體。ACA45是***個被報道能夠被降解成短片段snoRNAs,它是通過與Ago蛋白的相互作用被發現的,而Ago作為miRNARISC復合物的成員,這就表明ACA45的進一步的加工處理是依賴于Dicer酶的。降解產生的20-22nt的短片段RNA的作用機制類似與miRNA抑制目的基因(CDC2L6)的表達[11]。很多研究揭示了snoRNAs可能參與抑*基因P53的調控,snoRNA來源的miR-605被報道能抑制MDM2蛋白合成,從而促進抑*基因P53的表達(圖4)近期報道發現11個C/DboxsnoRNAs能夠降解形成短片段RNA從而抑制靶基因的表達[12]。在***的研究中snoRNAs進一步被加工成更小的RNAs被稱為sno派生的RNAs(sdRNAs),通過對來自32種**類型的10262例患者樣本的~22nt大小的smRNA-seq數據集的綜合分析,研究人員繪制了泛*sdRNAome的圖譜,結合多個臨床相關特征上的特征,特別是**免疫和臨床結果。大量的sdRNAs與**免疫微環境特征***相關,如免疫抑制標志物、CD8+T細胞浸潤、細胞溶解性T細胞活性、**血管組織等[13]。 評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子(METTL3、METTL14和WTAP)的表達。遼寧免疫病理芯片科研
六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs
研究者基于細胞表面標記設計了一種針對HSCs/MPP的新的熒光***細胞分選策略(簡稱CD-REF),使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選,結果顯示標記為HSCs/MPP和HSCs/MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88%。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩健性,研究人員在小鼠MS5飼養層或更具生理相關性的人類胎兒間充質干細胞(fMSCs)上對三個胎兒的單個細胞進行了分選,結果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來,又對單個CD-REF和免疫表型HSCs進行了分類,結果顯示CD-REF在胎兒肝臟和骨髓中富集了多譜系輸出的細胞群,且CD-REF細胞具有與表型HSCs相當的多潛能性和譜系輸出能力,這與前述分化軌跡探究一致,再次驗證CD-REF**了高富集的HSC/MPPs群體。 抗體芯片科研國家自然科學基金大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應。
與基因表達改變一致,白樺素處理以濃度依賴性的方式***減少了膽固醇和脂肪酸的從頭合成(圖3D-E)。此外,白樺素降低了細胞膽固醇(圖3F)和中性脂質(主要是膽固醇酯和甘油三酸酯)的穩態水平(圖3G)。兩者合計,我們的數據表明白樺素抑制SREBP加工并下調膽固醇和脂肪酸的生物合成,從而降低細胞脂質水平。有趣的是,洛伐他汀顯著降低了膽固醇的合成(圖3D),但也適度地增加了脂肪酸的生物合成(圖3E),這可能是因為洛伐他汀是HMGCR的抑制劑,它可以阻斷膽固醇的合成,進而刺激SREBP的活化,從而增加脂肪酸合成。
1)Pex誘導肝纖維化微環境,促進PDAC肝轉移
從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構,大小約為50-150nm(圖1A,B)。進一步的westernblot分析證實了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉移中的作用,我們首先進行了“教育”程序,并進一步通過脾內注射建立了PDAC肝轉移模型(圖1D)。在“教育”過程后,STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示,與Npex組相比,Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E,F)。此外,肝組織膠原密度增加(圖1G),肝ECM明顯重構(圖1H,I)。同樣,PDAC原位植入模型也顯示原位**可增加肝臟膠原沉積。肝轉移模型顯示,與Npex組相比,Pex組肝轉移更多,肝質量更高(圖1J)。這些數據表明,Pex可以通過重構肝臟ECM來誘導肝纖維化微環境,促進PDAC肝轉移。 增加乳酸桿菌水平導致尿酸水平下降。
為了進一步研究MAO-A是否作為巨噬細胞自主因子直接調控TAM極化從而影響抗**免疫,進行了巨噬細胞過繼轉移**實驗。從Maoa WT和KO小鼠中獲取BM細胞,然后培養成骨髓源性巨噬細胞(bone marrow macrophages, BMDMs)。然后將這些Maoa WT或KO BMDMs與B16-OVA黑色素瘤細胞混合,皮下注射到BoyJ WT受體小鼠中建立實體**(圖2g)。在本實驗中,MAO-A缺乏的比較***于TAM細胞。在接受Maoa KO BMDMs小鼠中觀察到**生長抑制(圖2h-i),TAM免疫抑制markers下調(圖2j),免疫刺激markers上調(圖2k-l),以及增強**浸潤CD8+T細胞***(圖2m)。綜上所述,這些體內研究表明MAO-A作為一種直接調節TAM極化的自主因子,從而影響T細胞抗**反應性和影響**生長。
巨噬細胞表型協調急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復再生。遼寧免疫病理芯片科研
circNDUFB2觸發NSCLC細胞的免疫防御反應
為了研究參與circNDUFB2的信號通路,使用RNA測序(RNA-seq)進行了轉錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平,其中743個基因上調,191個基因被下調。基因本體生物學過程(GO_BP)和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發了免疫防御和I型干擾素(IFNs)信號傳導。基因集富集分析(GSEA)也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調,而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這些結果表明,過量表達circNDUFB2,而不是其具有相同序列的線性RN**段,導致免疫基因上調。 酶聯免疫吸附試驗(ELISA)證實circNDUFB2過表達顯著增加了細胞培養上清液中CXCL10,CXCL11,CCL5和IFNβ的水平,而circNDUFB2敲低降低了細胞培養上清液中這些細胞因子的水平。這些結果證明circNDUFB2在NSCLC細胞中引發免疫應答。 遼寧免疫病理芯片科研
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗