在CRC和HC鑒定的628個和745個tDR中，每組分別有85個和202個tDR。此外，CRC患者血漿中81個tDR較HC患者明顯增加。為了驗證小RNA測序結(jié)果，對上述3例CRC和3例HC受試者血漿樣本中5例上調(diào)的候選tDR進(jìn)行了qRT-PCR檢測。CRC血漿中測量到的tDRs均較HC升高，其中5’-tRF-GlyGCC的升高幅度比較大。所有這些數(shù)據(jù)表明，與HC相比，CRC患者血漿中tDRs的表達(dá)譜存在差異;此外，5’-tRF，特別是5’-tRF-glygcc在CRC血漿中***升高。
2.CRC患者血漿中5'-tRF-GlyGCC水平5’-tRF-GlyGCC位于第1、2、6、16、17染色體上，轉(zhuǎn)錄本長度為31nt，序列為5’-GCAUGGGUGGUUCAGUGGUAGAAUUCUCGCC-3’(MINTbaseUniqueID:tRF-35-PNR8YP9LON4VN1)。小RNA-seq數(shù)據(jù)提示5’-tRF-GlyGCC在CRC患者中的升高高于其他tDR。進(jìn)一步檢測了其在CRC(n=105)和HC(n=90)患者血漿中的表達(dá)。我們的數(shù)據(jù)顯示，5’-tRF-GlyGCC在CRC患者中的豐度明顯高于HC。然后分析了5’-tRF-GlyGCC在CRC患者不同病理階段(I期，n=11;階段II,n=34;III期，n=32;IV期，n=25)。結(jié)果表明，CRC各階段5’-tRF-GlyGCC含量均高于HC。結(jié)果表明5’-tRF-GlyGCC可能是一種有前景的診斷CRC患者的生物標(biāo)志物。 上海英拜生物設(shè)有專業(yè)的武漢技術(shù)中心。廣州腸道菌科研
5）Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用
此前，我們發(fā)現(xiàn)IGF-1可以通過誘導(dǎo)補(bǔ)體C1q結(jié)合蛋白(C1QBP)從細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)位到膜上，驅(qū)動CD44v6/C1QBP復(fù)合物的形成，從而***IGF-1下游通路。因此，我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導(dǎo)的HSC活化。我們的結(jié)果表明C1QBP在Pex中的表達(dá)明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示，C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達(dá)高于Npex組。同時，與Pex處理的細(xì)胞相比，C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex轉(zhuǎn)移的CD44v6在HSCs中的位置一致，膜中也檢測到C1QBP，并與Pan-cadherin共定位(圖6C)。這些數(shù)據(jù)表明，C1QBP可以通過Pex傳遞到HSCs膜。免疫電鏡顯示CD44v6和C1QBP在Pex***表達(dá)(圖6D)。同時過表達(dá)CD44v6和C1QBP后，Co-IP檢測顯示CD44v6和C1QBP在Pex中相互作用(圖6E)。此外，通過近距離連接(圖6F)和免疫熒光分析(圖6G)，我們發(fā)現(xiàn)了CD44v6和C1QBP在Pex孵化的HSCs膜上的結(jié)合。這些發(fā)現(xiàn)表明，CD44v6在傳遞外泌體CD44v6/C1QBP復(fù)合物中起重要作用。 細(xì)胞核科研實驗可參觀英拜的高通量測序服務(wù)質(zhì)量。
五、SIM2對ar介導(dǎo)的基因表達(dá)有***影響
利用RNAseq研究SIM2沉默后SIM2對基因表達(dá)的影響。沉默SIM2使dht調(diào)控的基因數(shù)量增加了一倍多，2394個基因受到雄***調(diào)控，而只有180個基因受到雄***調(diào)控(圖8a, b)。此外，沉默SIM2導(dǎo)致6867個deg，其中2937個deg受到雄***調(diào)控(圖8c, d, Supplementary Fig. S19f)。SIM2沉默也減輕了雄***對AR表達(dá)的抑制(補(bǔ)充圖S20)。根據(jù)RT-qPCR的評估，ARNT沉默實質(zhì)上再現(xiàn)了SIM2對選定AR靶基因和DEGs的影響(補(bǔ)充圖S21a, b)。對雄***調(diào)節(jié)基因集的meta分析顯示，通過SIM2沉默，幾種途徑***富集。A_up/ siSIM2_up基因組和A_up/siSIM2_dn基因組中富集的**上面的通路分別是膜運輸和細(xì)胞對外界刺激的反應(yīng)(圖8e）。
三、pten-s38a突變誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡抵抗
為了進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對基因毒性損傷的反應(yīng)，我們使用抗體陣列評估了表達(dá)PTEN-wt或PTEN-398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。Pten+/+和Pten398A/398AMEF培養(yǎng)，表達(dá)Pten-wt的MCF10A細(xì)胞與表達(dá)Pten-398A的MCF10A細(xì)胞在正常培養(yǎng)條件下的生長速率均無差異(圖3A和補(bǔ)充圖5C)。對細(xì)胞進(jìn)行不同的基因毒性脅迫處理:IR、順鉑和柔紅霉素。在所有條件下，Pten398A/398AMEFs和PTEN-398A表達(dá)的MCF10A細(xì)胞對基因毒性脅迫的抗性均高于野生型PTEN的細(xì)胞(圖3BD和SupplementaryFig.5D,E)。通過流式細(xì)胞儀AnnexinV染色判斷(圖3E)。通過使用caspase-3抗體對Pten+/+、MMTVneu和Pten398A/398A、MMTVneu**進(jìn)行免疫組化染色，證實了這些觀察結(jié)果。 大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應(yīng)。
1）DRD2通過啟動子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進(jìn)行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達(dá)明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達(dá)促進(jìn)了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細(xì)胞系與永凍的正常乳腺細(xì)胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達(dá)下調(diào)或缺失以及啟動子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細(xì)胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(dá)(圖1F)。 乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。鏈接蛋白科研
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3.脂肪細(xì)胞通過外泌體linc-ROR去分化促進(jìn)PC**的發(fā)生功能上，菌落形成分析的結(jié)果顯示，在共培養(yǎng)體系中，敲低/過表達(dá)外泌體linc-ROR表達(dá)***降低/增強(qiáng)了PC細(xì)胞的生長活力，實時細(xì)胞分析(RTCA)xCELLigence實驗產(chǎn)生了類似的結(jié)果。如圖所示，共培養(yǎng)/較高linc-ROR組比各自的對照組表現(xiàn)出更好的生長。這些結(jié)果也被EdU實驗結(jié)果所證實。綜上所述，外泌體linc-ROR表達(dá)較高的脂肪細(xì)胞脫分化后，PC細(xì)胞增殖能力增強(qiáng)。
4.脂肪細(xì)胞和PC細(xì)胞共培養(yǎng)系統(tǒng)誘導(dǎo)PC細(xì)胞的遷移、侵襲和形態(tài)改變，并伴有EMT研究結(jié)果還表明，與PBS-shCtrl/PBS-Ctrl相比，脂肪細(xì)胞和外泌體linc-ROR共培養(yǎng)體系的條件培養(yǎng)基增強(qiáng)了PC細(xì)胞系的運動性。作者發(fā)現(xiàn)由外泌體linc-ROR表達(dá)增加引起的脂肪細(xì)胞脫分化使PC細(xì)胞更有運動能力。此外，經(jīng)外泌體linc-ROR處理的脂肪細(xì)胞產(chǎn)生的條件培養(yǎng)基在很大程度上誘導(dǎo)PC細(xì)胞通過Transwell過濾器遷移和侵襲。條件培養(yǎng)液改變了PC細(xì)胞的形態(tài)，從凝聚型轉(zhuǎn)變?yōu)榉稚⑿停湫捅憩F(xiàn)為細(xì)胞間連接丟失和細(xì)胞偽足擴(kuò)展，免疫熒光(IF)實驗顯示，間質(zhì)標(biāo)記物波形蛋白表達(dá)增加，上皮標(biāo)記物E-cadherin表達(dá)減少。這些數(shù)據(jù)證實了外泌體linc-ROR的表達(dá)增加，通過共培養(yǎng)系統(tǒng)作用于脂肪細(xì)胞，促進(jìn)體外PC轉(zhuǎn)移。 廣州腸道菌科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
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