3）STK39與SNAI1相互作用，并使T203上的SNAI1磷酸化為了描述STK39與SNAI1的相互作用，我們在HEK293T細胞***表達Myc-STK39和HA-SNAI1，并進行了共同免疫沉淀(IP)實驗。在SNAI1的IP之后，我們檢測到一個相關的STK39，反之亦然。MDA-MB-231和MDA-MB-157細胞中內源性SNAI1和STK39的IP也分別顯示內源性STK39和SNAI1的存在。然后我們在HEK293細胞***表達Myc-STK39和GFP-SNAI1。令人驚訝的是，STK39在細胞核中穩定了SNAI1。雖然STK39主要定位于胞質，但它包含一個假定的核定位信號，使核轉位。由于SNAI1在細胞核內的翻轉減少，我們想知道STK39是否會使SNAI1在細胞核內穩定。為了驗證這種可能性，我們在T-47D細胞中過表達STK39，并將細胞分成胞質和核部分。嘌呤在細胞中執行許多重要的功能。成都代謝組學科研
6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩定
為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點，在H1975細胞中METTL3敲除前后分別進行了MeRIP-seq研究。在H1975細胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進一步證實SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進行MeRIP-qPCR。在H1975細胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點周圍。相反，當METTL3在H1299細胞中過表達時，觀察到相反的結果(圖6C)。 鏈接蛋白科研大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。
2）整合單核RNA和ATAC數據集，用于預測和驗證ATAC細胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細胞的染色質可及性特征。相對而言，我們對細胞類型特異性染色質可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數據集使用標簽轉移來預測使用Seurat的snATAC-seq細胞類型。標簽轉移是通過從snATAC-seq數據創建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內染色質可及性的方法。在參考snRNA-seq數據集和查詢基因活性矩陣之間識別轉移錨點，然后分配預測的細胞類型。snATAC-seq預測分數的分布表明，絕大多數細胞具有較高的預測分數，并被自信地劃分為單細胞類型(補充圖2)。
DMF介導的體內CRC細胞死亡依賴于HIF-2α
為了證實HIF-2α在DMF介導的體內CRC細胞死亡中的作用，利用HIF-2α敲低HCT116細胞。在DMF和FG4592***前，將穩定的非靶標擾亂和HIF-2α敲低的HCT116細胞皮下注射到免疫受損小鼠的兩側，并允許其生長10天。HIF-2α基因敲低的細胞對DMF和FG4592處理具有抗性。在DMF+FG4592處理的小鼠中，表達雜亂shRNA的細胞顯示**體積和重量***減少，而HIF-2α敲低的細胞則完全耐受。同樣，在DMF+FG4592處理后，HIF-2α敲低細胞的**增殖和凋亡沒有改變。這些數據表明，HIF-2α***增加了體內氧化細胞死亡的脆弱性。 METTL14的上調可以通過m6A修飾降低PERP水平。
脂質氧化先于胞質Ca2+的增加和質膜的破壞
體積細胞實驗中Ferroptosis特征之間的詳細時間關系被***后群體細胞發生Ferroptosis的異質性所掩蓋。為了解決這個問題，作者使用活細胞共聚焦顯微鏡在單細胞水平上量化了Fluo-4AM信號、細胞圓度和PI攝入量的增加。從單個細胞獲得的動力學曲線(圖2C,F,K)中，計算出每個ferroptotic表型(t50)實現50%變化所需的時間，這使得可以設置Ferroptosis各過程之間的滯后時間(圖2D,G,L)。結果發現，與所使用的Ferroptosis觸發器無關，胞漿Ca2+的增加先于細胞圓縮和質膜完全坍塌(圖2A,B)。從流式細胞術實驗(圖1G)可以看出，Erastin-1存在時，胞質Ca2+的增加是一個雙相行為的兩步過程(圖2C)。***個事件在比較大Ca2+信號的40%左右達到飽和，與不相關的鈣(Ca2+un)增加相對應，因為它沒有受到Ferroptosis的抑制(圖1G)。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。重慶細胞因子芯片科研
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二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎
DH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調節因子15。類似地，G蛋白偶聯受體12(GPR12)在原始亞型中上調，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據報道它是WNT信號通路的調節因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在committedcluster中其他基因的高表達包括免疫相關基因，如C1QA,CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committedcluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed亞型中，免疫反應通路如干擾素-γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C,D,SupplementaryFigs.16,18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關性一致。 成都代謝組學科研
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗