表觀基因組學(xué) (ChIP-Seq) 模塊
ChIP-seq 模塊目前包含大量染色質(zhì)免疫沉淀測序 (ChIP-seq) 數(shù)據(jù)，反映了特定的衰老相關(guān)基因座是如何受組蛋白修飾和轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)的。這些數(shù)據(jù)有助于闡明調(diào)控因素如何在全基因組范圍內(nèi)影響衰老過程中的基因表達(dá)。ChIP-seq 數(shù)據(jù)來自已發(fā)表的與衰老相關(guān)的文章，并使用相同的分析方法處理原始數(shù)據(jù)以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點(diǎn)不同轉(zhuǎn)錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。
蛋白質(zhì)組學(xué)（蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用）模塊
衰老過程中蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)受損是典型的，蛋白質(zhì)相互作用隨著年齡的增長而發(fā)生顯著變化。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用模塊（PPI）旨在允許查詢感興趣的蛋白質(zhì)及其與衰老相關(guān)的相互作用蛋白。結(jié)果以兩種方式呈現(xiàn)：交互式表格和網(wǎng)絡(luò)圖。前者提供了更詳細(xì)的信息，包括相互作用蛋白的數(shù)量、細(xì)胞/組織類型和支持相互作用的出版物；后者允許蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的可視化，并提供使用在線工具對(duì)選定數(shù)據(jù)執(zhí)行基因本體或 KEGG 通路分析的選項(xiàng)。因此，PPI 將成為分析細(xì)胞衰老過程中關(guān)鍵蛋白質(zhì)相互作用的有用模塊，從而可以在蛋白質(zhì)水平上更好地了解人類衰老。 發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。成都Notch信號(hào)靶標(biāo)科研
2021年，來自加拿大多倫多大學(xué)和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學(xué)等團(tuán)隊(duì)合作在Nature communication雜志上發(fā)表了文章“Biological and therapeutic implications of a unique subtype of NPM1 mutated AML.”。此報(bào)道描述了npm1突變AML患者的分子異質(zhì)性。基于rna-seq的基因表達(dá)譜分析，確定了兩種新亞型，稱為原始型和committed型。基于基因表達(dá)、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊(duì)列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態(tài)和患者生存聯(lián)系起來。此外，表明了在缺乏FLT3-ITD的原始特征病例的***中添加激酶抑制劑對(duì)AML可能有***益處。醫(yī)學(xué)課題設(shè)計(jì)科研實(shí)驗(yàn)可參觀乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關(guān)鍵作用。
TCGA泛*中的m6A概況
為了表征m6A模式和篩選潛在靶點(diǎn)，在TCGA中的9804個(gè)泛*樣本中開發(fā)了一個(gè)四步計(jì)算框架。經(jīng)過質(zhì)量控制后，共有23個(gè)m6A調(diào)節(jié)因子、56個(gè)m6A交互蛋白編碼基因、10個(gè)lncRNAs和17個(gè)miRNAs被納入本研究。106個(gè)基因有密切的共表達(dá)關(guān)系（Pearsonr>0.3）。在共表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中，大多數(shù)m6A調(diào)節(jié)因子和一些蛋白質(zhì)編碼基因是與其他基因相互作用的樞紐基因。在不同**類型*旁組織的差異表達(dá)比較中，許多基因在**組織中的表達(dá)水平較高，而一些蛋白質(zhì)編碼基因則表現(xiàn)出相反的關(guān)系。這些基因包括ASB2、P2RX6、AXL、ID2和SOCS2；miR-143、miR-29a、miR-125b-1和miR-145等4種miRNA在**組織中表達(dá)較低。所有l(wèi)ncRNAs在**組織中均有較高的表達(dá)。利用**和正常組織的前兩個(gè)主成分（PC），我們發(fā)現(xiàn)m6A模式具有良好的鑒別診斷價(jià)值。曲線下面積（AUC）在大多數(shù)**中超過90%。
circNDUFB2的免疫反應(yīng)抑制NSCLC進(jìn)展
為了研究circNDUFB2是否具有刺激免疫反應(yīng)的潛力，然后將免疫細(xì)胞募集到**微環(huán)境（TME）中，通過皮下將具有或不具有circNDUFB2過表達(dá)的LLC1（LL / 2，鼠肺*細(xì)胞系）細(xì)胞遞送至C57BL / 6小鼠 注射。 三周后，我們發(fā)現(xiàn)circNDUFB2過表達(dá)顯著抑制了體內(nèi)LLC1細(xì)胞的致瘤性，而在CircNDUFB2過表達(dá)LLC1細(xì)胞的小鼠中血清IFNβ的水平顯著升高。此外，在從這些小鼠解剖的**組織中檢測到CD8 + T細(xì)胞和DC的浸潤，并且circNDUFB2過表達(dá)顯著增加了TME中CD8 + T細(xì)胞和DC的頻率。***，分析了52例NSCLC患者**組織中circNDUFB2與RIG-I或IFNβ之間的相關(guān)性。結(jié)果表明circNDUFB2與RIG-1和IFNβ正相關(guān)。 以上結(jié)果表明，RIG-1介導(dǎo)的circNDUFB2的免疫反應(yīng)抑制了**的進(jìn)展。 大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。
snoRNAs派生的小RNAs
miRNA在一系列調(diào)控過程中起著重要作用，如細(xì)胞存活和細(xì)胞增殖的調(diào)控,由snoRNAs產(chǎn)生的sno-miRNAs產(chǎn)生的小RNA具有雙重功能,同樣的轉(zhuǎn)錄本可以作為snoRNA和miRNA的前體。ACA45是***個(gè)被報(bào)道能夠被降解成短片段snoRNAs，它是通過與Ago蛋白的相互作用被發(fā)現(xiàn)的，而Ago作為miRNARISC復(fù)合物的成員，這就表明ACA45的進(jìn)一步的加工處理是依賴于Dicer酶的。降解產(chǎn)生的20-22nt的短片段RNA的作用機(jī)制類似與miRNA抑制目的基因(CDC2L6)的表達(dá)[11]。很多研究揭示了snoRNAs可能參與抑*基因P53的調(diào)控，snoRNA來源的miR-605被報(bào)道能抑制MDM2蛋白合成，從而促進(jìn)抑*基因P53的表達(dá)（圖4）近期報(bào)道發(fā)現(xiàn)11個(gè)C/DboxsnoRNAs能夠降解形成短片段RNA從而抑制靶基因的表達(dá)[12]。在***的研究中snoRNAs進(jìn)一步被加工成更小的RNAs被稱為sno派生的RNAs(sdRNAs)，通過對(duì)來自32種**類型的10262例患者樣本的~22nt大小的smRNA-seq數(shù)據(jù)集的綜合分析，研究人員繪制了泛*sdRNAome的圖譜，結(jié)合多個(gè)臨床相關(guān)特征上的特征，特別是**免疫和臨床結(jié)果。大量的sdRNAs與**免疫微環(huán)境特征***相關(guān)，如免疫抑制標(biāo)志物、CD8+T細(xì)胞浸潤、細(xì)胞溶解性T細(xì)胞活性、**血管組織等[13]。 m6A表達(dá)水平較高的**患者淋巴轉(zhuǎn)移***增加。間充質(zhì)科研省自然科學(xué)基金
METTL14上調(diào)促進(jìn)胰腺*生長和轉(zhuǎn)移。成都Notch信號(hào)靶標(biāo)科研
作者進(jìn)行了PAR-CLIP實(shí)驗(yàn)，以評(píng)估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結(jié)果表明，在H1299細(xì)胞中，通過過表達(dá)METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進(jìn)YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結(jié)合(圖6D)。無論METTL3是否過表達(dá)，YTH結(jié)構(gòu)域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進(jìn)行RNA-pull down實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)YTHDC2WT，優(yōu)先結(jié)合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結(jié)合m6A共識(shí)基元GGAC (圖6E)。通過在H1299和H1975細(xì)胞中進(jìn)行METTL3的功能增加和丟失實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平?jīng)Q定的(圖6F和G)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2優(yōu)先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結(jié)合。成都Notch信號(hào)靶標(biāo)科研
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)