接下來，我們合成了野生型HuR蛋白(WT)和HuR蛋白的截短突變體（即分別為單獨HuR的RNA識別基序(RRM)1的突變體B1、單獨HuRRRM2的突變體B2和單獨HuRRRM3的突變體B3）（圖4C）。同時，我們設(shè)計并合成了生物素標(biāo)記的或未標(biāo)記的探針，分別特異性靶向lnc-PMIF的中心-莖環(huán)和生物素標(biāo)記的或未標(biāo)記的探針，特異性靶向之前報道的與HuR蛋白相互作用的β-actinmRNA的序列。RNA電泳遷移率變動分析(EMSA)發(fā)現(xiàn)只有當(dāng)生物素標(biāo)記的lnc-PMIF探針與WTHuR或截短突變體B3共孵育時，才能檢測到lnc-PMIF-HuR復(fù)合物，這表明HuR的RRM3可介導(dǎo)HuR和lnc-PMIF之間的相互作用。lnc-PMIF與β-actinmRNA競爭與HuR相互作用。過表達HuR-RRM3后細(xì)胞中β-actin的mRNA和蛋白表達下降***上調(diào)，遷移活性增強。所有這些表明lnc-PMIF可與HuR的RRM3結(jié)合，中斷HuR-β-actin的相互作用，抑制β-actin的表達，抑制OPC的遷移。英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實驗。肥胖因子科研整體服務(wù)
第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）
附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數(shù)據(jù)來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù)，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。
第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫）
如果填寫郵箱，結(jié)果會以郵件形式發(fā)送至該郵箱。
第五步：提交
數(shù)據(jù)文件全部上傳后，點擊“Submit”進行提交，頁面會自動跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁。也可以根據(jù)頁面給出的job ID查詢結(jié)果。
總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。 舒張壓科研國家自然科學(xué)基金這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以改善DSS誘導(dǎo)的結(jié)腸炎。
7）miR-155負(fù)調(diào)控SOCS6表達，***NF-κB通路
為了進一步探討外泌體miR-155誘導(dǎo)EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機制，我們重點研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫預(yù)測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結(jié)合(圖7A)。結(jié)合GSE49329和GSE49330數(shù)據(jù)庫，我們發(fā)現(xiàn)miR-155的表達與SOCS6的表達呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。為了進一步證實SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標(biāo)，我們根據(jù)預(yù)測的結(jié)合位點(圖7C)構(gòu)建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。熒光素酶報告實驗顯示，與對照組相比，共轉(zhuǎn)染SOCS6的WT-3’UTR時，miR-155過表達明顯降低了熒光素酶活性(圖7D)。qRT-PCR和westernblot進一步顯示，miR-155過表達導(dǎo)致SOCS6表達降低，而miR-155敲低上調(diào)SOCS6mRNA和蛋白水平(圖7E和F)。GO分析顯示miR-155可以負(fù)向調(diào)控細(xì)胞-細(xì)胞粘附，參與調(diào)控成纖維細(xì)胞增殖(圖7G)。從GO分析可知，miR-155可能介導(dǎo)NF-κB信號通路(圖7G)。過表達miR-155可***提高細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中p65蛋白的水平，而敲低miR-155可起到相反的作用(圖7H)。
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進而影響疾病進程。
1.構(gòu)建LIR預(yù)測模型pLAM
收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。
驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測，并對預(yù)測到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進行GO、Pathway富集分析。
2.LIR基序突變預(yù)測
收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進行整合，獲得2,963,952個獨特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報道過與**自噬有關(guān)。 為了闡明胰腺*中m6A水平升高的分子機制。
IGF2BP結(jié)合區(qū)域包含“ GGAC” N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結(jié)合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進行調(diào)節(jié)，對circNDUFB2進行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3 / 14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。 這些數(shù)據(jù)表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個IGF2BP物理相互作用。Caspase-11介導(dǎo)的肝細(xì)胞焦亡促進非酒精性脂肪性肝炎的進展。氨基酸代謝科研省自然科學(xué)基金
大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。肥胖因子科研整體服務(wù)
揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個基于Web的自適應(yīng)時間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過利用時間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。 肥胖因子科研整體服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗