一、異種HSCT前后監(jiān)測(cè)腸道、口腔和鼻腔微生物群和宿主免疫系統(tǒng)。
在1年的時(shí)間里，從29名兒童的10個(gè)時(shí)間點(diǎn)收集糞便樣本、口腔拭子和前鼻孔拭子:在HSCT前2次，HSCT當(dāng)天，HSCT后1個(gè)月每周，以及HSCT后12個(gè)月的3個(gè)隨訪時(shí)間點(diǎn)(圖1)。通過16SrRNA基因譜測(cè)定這些樣本中的微生物群落動(dòng)態(tài)。共對(duì)709份患者樣本(212份糞便樣本、248份口腔拭子和249份鼻拭子來(lái)自10個(gè)時(shí)間點(diǎn))進(jìn)行了鑒定。發(fā)現(xiàn)移植前患者的微生物群落組成與健康對(duì)照不同；三個(gè)身體部位性在HSCT后微生物α多樣性下降；在一年中，微生物群落動(dòng)態(tài)呈現(xiàn)出三個(gè)階段：第一階段(在檢查前和適應(yīng)開始時(shí)的樣本)，第二階段(HSCT的***天到第1個(gè)月)，第三階段(月+3到月+12)(圖1C)；第一階段和第三階段的樣本在口腔和鼻腔重疊，表明微生物群落可能從較晚的時(shí)間點(diǎn)恢復(fù)到與造血干細(xì)胞移植前類似的狀態(tài)。 英拜提供可靠的技術(shù)咨詢。上海FMT科研
檢測(cè)TYRO3基因拷貝數(shù)與細(xì)胞毒性T細(xì)胞抗**活性的相關(guān)性，CD8+T細(xì)胞水平與高表達(dá)TYRO3基因的患者的生存期延長(zhǎng)無(wú)關(guān)，但確實(shí)介導(dǎo)了低TYRO3基因拷貝數(shù)患者的生存期延長(zhǎng)，表明TYRO3降低細(xì)胞毒性T細(xì)胞抗**作用的觀點(diǎn)。為進(jìn)一步確定TYRO3和抗PD-1***結(jié)果之間的相關(guān)性，分析接受抗PD-1***的黑色素瘤患者RNA-Seq數(shù)據(jù)中TYRO3的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)耐藥**患者的TYRO3表達(dá)水平***高于**有反應(yīng)的患者。Westernblot分析也驗(yàn)證了TYRO3，p-TYRO3在4T1-R克隆中的表達(dá)增強(qiáng)，說(shuō)明TYRO3對(duì)配體刺激有反應(yīng)。為進(jìn)一步確定TYRO3和抗PD-1/PD-L1耐藥性在各種**類型中是否普遍相關(guān)，我們研究了29例繼續(xù)接受抗PD-1/PD-L1***患者的***結(jié)果。抗PD-1/PD-L1***耐藥患者的TYRO3表達(dá)水平高于對(duì)***有反應(yīng)的患者。綜上所述，患者**組織中TYRO3的高表達(dá)和磷酸化與抗PD-1/PD-L1***的耐藥性相關(guān)。EMDs科研整體服務(wù)Caspase-11介導(dǎo)的肝細(xì)胞焦亡促進(jìn)非酒精性脂肪性肝炎的進(jìn)展。
盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對(duì)混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In（/rank-in/）來(lái)糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。網(wǎng)站首頁(yè)如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁(yè)**終會(huì)給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖第一步：上傳表達(dá)文件表達(dá)文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對(duì)探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達(dá)文件。第二步：上傳分組文件分組文件***列文樣本名，第二列為分組。“1”表示來(lái)自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推
二、改進(jìn)標(biāo)簽轉(zhuǎn)移和差異分析
研究了方法差異對(duì)下游生物學(xué)分析的影響
A.B.去除中性粒細(xì)胞**提高了在細(xì)胞核和細(xì)胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細(xì)胞類型的能力.
C使用這些工具，中性粒細(xì)胞的去除提高了標(biāo)記轉(zhuǎn)移評(píng)分，與核基方法相比，滲透性細(xì)胞產(chǎn)生了更多具有高標(biāo)記轉(zhuǎn)移評(píng)分的細(xì)胞.
D所有方法產(chǎn)生的CD16+單核細(xì)胞均少于流式細(xì)胞術(shù)觀察到的CD16+單核細(xì)胞，這表明無(wú)論是使用核或通透細(xì)胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細(xì)胞可能丟失，或者標(biāo)簽轉(zhuǎn)移方法不利于識(shí)別這種細(xì)胞類型. 這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強(qiáng)。
四、原始和committed亞型的免疫表型
我們采用質(zhì)譜耦合流式細(xì)胞儀(CyTOF)分析，在單細(xì)胞水平上探討9例原始AML npm1突變和8例committed npm1突變的患者的免疫表型差異。我們使用細(xì)胞術(shù)(diffcyt)27管道來(lái)計(jì)算定義具有相似高維表型的細(xì)胞群(免疫表型簇)。每個(gè)免疫表型聚類映射到二維t-隨機(jī)近鄰嵌入(t-SNE)圖上的離散區(qū)域(圖4A;補(bǔ)充圖20、21)，證實(shí)它們表達(dá)不同的免疫表型。分析顯示，七種不同水平的CD45和造血祖細(xì)胞標(biāo)記物(CD34, CD38)或骨髓單核細(xì)胞分化標(biāo)記物(CD33, CD14, CD11c, CD16, HLA-DR)的惡性免疫表型集群在這兩種亞型之間差異豐富(圖4B，C)。確診病例中也包含較高豐度的非白血病免疫表型集群，包括CD45hi T (CD3+)、B (CD19+)和NK (CD3 CD56+ CD16+)細(xì)胞(補(bǔ)充圖20)。 METTL14上調(diào)促進(jìn)胰腺*生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。結(jié)腸黏膜層科研地區(qū)科學(xué)基金
神經(jīng)元中FTH的敲除抵消了褪黑素對(duì)創(chuàng)傷性腦損傷鐵死亡的保護(hù)作用。上海FMT科研
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結(jié)果嚴(yán)重的炎癥性疾病。肝細(xì)胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學(xué)中已被證實(shí)。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細(xì)介紹了2021年4月發(fā)表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Caspase-11表達(dá)上調(diào)。MCD處理的Caspase-11缺乏的小鼠肝損傷、纖維化和炎癥減輕。MCD***后Caspase-11缺乏小鼠Gasdermin D和IL-1β的***被抑制。過表達(dá)Caspase-11促進(jìn)脂肪性肝炎。上海FMT科研
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)