六、INPP4B通過增強GSK3β的溶酶體降解促進pi3k依賴的Wnt/β-catenin信號轉導
通過nanoString RNA譜分析，我們檢測了GFP-INPP4B和gfp載體表達MCF-7細胞中已知的**通路，結果顯示幾種Wnt/β-catenin通路基因的表達發生了改變(圖6a)。定量RTPCR證實GFP-INPP4B-MCF-7細胞中Wnt/β-catenin靶基因AXIN2(1.8倍)、LEF1(5.6倍)、DKK1(3.3倍)和MYCN(2倍)的mRNA表達增加，表明Wnt/β-catenin信號通路增加(圖6b)。它結合TCF/LEF轉錄因子，促進Wnt靶基因的轉錄。Wnt/β-catenin信號通路被Wnt3a和R-spondin處理***，在這些條件下，與gfp載體對照相比，GFP-INPP4B細胞表現出AXIN2 mRNA表達和非磷酸化-β- catenins33 /S37/T41(活性-β-catenin)水平增加(圖6c, d)。 促進了對定義腎臟細胞特性的基因和途徑的更深入的理解。標書地區科學基金
LncExpDB提供101293個人類lncRNA基因（對應于331244個轉錄本）***且高質量的**。它包含了這些lncRNA在337個生物學條件下的豐富表達譜，這些條件屬于九個重要的生物學背景，涉及正常組織/細胞系、*細胞系、亞細胞定位、外泌體、細胞分化、植入前胚胎、***發育、晝夜節律和病毒***.此外，LncExpDB識別了25191個特征lncRNA基因，并表征了24508個lncRNA基因和17345個mRNA基因之間的28443865個共表達相互作用。
基于跨多個生物環境的綜合表達譜，LncExpDB具有增值管理和分析功能，可提供可靠轉錄的lncRNA基因。因此，我們發現92016個lncRNA基因（90.8%）得到可靠轉錄證據的支持（表達值閾值為1TPM），在九個生物學背景中分布不均。在可靠轉錄的基因中，大多數(82.6%)在至少兩種生物環境中表達，3318個lncRNAs(3.6%)在所有9種環境中表達。 RNA PULLdown標書國家自然科學基金在786-O和A498細胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實了這一關系.
數據庫還可以分析現有的化學品和基因相關數據，根據自身需要檢索相關基因或者化學品。
該數據庫還將解剖學及其相關表型與環境化學物質聯系起來，使它們可計算用于薈萃分析，并使 CTD 中化學和表型景觀的解剖學視角成為可能。2020 年， CTD 利用醫學主題詞中“解剖學”分支的修改子集作為其受控詞匯源，其中包括 1799 個用于解剖結構和區域、生理系統、流體和組織、細胞和亞細胞成分的術語。 目前，CTD中超過247000種化學-表型相互作用使用了870個解剖學術語。 用戶可以通過選擇門戶圖標向下鉆取可導航層次結構或使用 CTD 關鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數據，允許用戶從解剖學角度探索交互；這可用于識別不同生理系統（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統）獨有或共享的化學物質和表型，或發現例如影響影響的 1158 種化學物質 心臟中有 600 種表型。同樣，已經開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學相結合，使環境健康科學家能夠調查暴露研究和組織和系統暴露化學應激誘導表型的細節。***，為了幫助提高數據庫的互操作性。
4）體外實驗表明，上調UCP1以減輕AKI期間的脂質積累，可通過影響炎癥和凋亡，***抑制疾病進展
越來越多的證據表明，在AKI中有明顯的脂質積累和UCP1的異常表達，并與腎損傷的嚴重程度有很強的相關性。為了確定脂質積累是否影響AKI期間的細胞功能，我們首先使用UCP1過表達慢病毒和UCP1激動劑CL316243構建AKI細胞脂質積累***模型。如圖4A所示，在AKI中上調UCP1***脂質積聚，導致腎小管損傷指數、NGAL***下調，說明UCP1***脂質積聚可***減輕模型細胞的損傷。鑒于炎癥和凋亡是AKI細胞損傷**重要和直接的原因，我們對上述細胞模型中的炎癥和凋亡標記物進行了量化。IL-1β、IL-6和TNF-α隨著UCP1的上調而***降低(圖4B-D)。在凋亡指標Bax和C-caspase3中也觀察到類似的趨勢，而Bcl-2升高(圖4E)。***，通過TUNEL熒光染色直接定量評估細胞凋亡，證實上調UCP1緩解AKI模型細胞的凋亡(圖4F)。 FMT可能通過***NF -κB信號通路來緩解腸道炎癥。
與基因表達改變一致，白樺素處理以濃度依賴性的方式***減少了膽固醇和脂肪酸的從頭合成（圖3D-E）。此外，白樺素降低了細胞膽固醇（圖3F）和中性脂質（主要是膽固醇酯和甘油三酸酯）的穩態水平（圖3G）。兩者合計，我們的數據表明白樺素抑制SREBP加工并下調膽固醇和脂肪酸的生物合成，從而降低細胞脂質水平。有趣的是，洛伐他汀顯著降低了膽固醇的合成（圖3D），但也適度地增加了脂肪酸的生物合成（圖3E），這可能是因為洛伐他汀是HMGCR的抑制劑，它可以阻斷膽固醇的合成，進而刺激SREBP的活化，從而增加脂肪酸合成。FMT處理可能導致SCI后胃腸道消化活力變快。流式標書江蘇
TRIM25是介導IGF2BPs泛素化的E3連接酶。標書地區科學基金
Western blot結果顯示，在不影響PLCE1表達的情況下，PLCE1和flag抗體可在50 kDa左右檢測到circPLCE1-411 。此外，qRT-PCR和western blot檢測表明，circPLCE1或circPLCE1-411并不影響PLCE1的含量。為了鑒定該蛋白，我們用轉染了flag標記的circPLCE1載體的細胞裂解液進行免疫沉淀分析。結果證明circPLCE1編碼了這種新蛋白。為了探索circPLCE1-411的潛在臨床意義，我們通過western blot分析了CRC樣本和正常鄰近組織中circPLCE1-411的表達。結果顯示，circPLCE1-411在大多數CRC組織中下調。此外，circPLCE1-411表達與**的臨床分期和T分期呈負相關。標書地區科學基金
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗