circRNA是一種新型的非編碼RNA，已被報道通過多種機(jī)制參與疾病的發(fā)生和發(fā)展。MAPK通路是一種常見的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路，參與細(xì)胞增殖、炎癥和凋亡，在**中起著特別重要的作用。然而，與MAPK通路相關(guān)的circRNA在胃*中的作用尚未被探索。因此，小編為大家?guī)硪黄?021年4月發(fā)表于影響因子為15.302的雜志Molecular Cancer上的文章“A novel protein encoded by circMAPK1 inhibits progression of gastric cancer by suppressing activation of MAPK signaling”。在本研究中，我們發(fā)現(xiàn)circMAPK1在胃*組織中較鄰近正常組織表達(dá)下調(diào)。重要的是，較低的circMAPK1表達(dá)預(yù)示著GC患者較差的生存。CircMAPK1在體內(nèi)外均能抑制胃*細(xì)胞的增殖和侵襲。接下來，我們發(fā)現(xiàn)circMAPK1編碼了一個長度為109個氨基酸的新蛋白。通過一系列功能實(shí)驗(yàn)，我們證實(shí)了circMAPK1通過編碼的蛋白MAPK1-109aa發(fā)揮了抑制**的作用。在機(jī)制上，**抑制因子MAPK1-109aa通過競爭性結(jié)合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化，從而抑制MAPK1及其下游因子在MAPK通路中的***。我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達(dá)譜。上海課題國家自然科學(xué)基金
D.箱形圖描述了在0 I級aGvHD患者和II IV級aGvHD患者移植前時間點(diǎn)預(yù)測ASVs的對數(shù)轉(zhuǎn)化相對豐度。在aGvHD 0級I和II級IV的患者中基于樹的稀疏LDA識別出普雷沃氏科和放線菌科ASVs的E軌跡，包括ASV 226和ASV 568，這些ASV 226和ASV 568可以預(yù)測aGvHD(粗體線).
六、急性GvHD的嚴(yán)重程度可以在造血干細(xì)胞移植前同時從所有三個身體部位的微生物群預(yù)測
在一個聯(lián)合模型中，來自所有三個身體部位的分類群都可以預(yù)測HSCT之前樣本的aGvHD嚴(yán)重程度(圖6)。該報道發(fā)現(xiàn)了7種預(yù)測性asv，其中2種來自腸道，1種來自口腔，1種來自鼻子，2種主要在口腔中發(fā)現(xiàn)，但也在鼻子中發(fā)現(xiàn)，1種主要在口腔中發(fā)現(xiàn)，但也在鼻子和腸道中發(fā)現(xiàn)(圖6A)。3個類群(副弧菌屬ASV_131、放線菌屬ASV_568和梭菌屬ASV_166)起源于后來發(fā)展為II級和IV級aGvHD的患者。一致地，這些asv的log-transformed相對豐度在檢查前、適應(yīng)開始和HSCT當(dāng)天，在aGvHD分級為II級和IV級的患者中大多高于那些表現(xiàn)為0級和I級的患者(圖6B)。所有七個分類單元都在CTREE回歸框架中從所有身體部位識別出來，在身體站點(diǎn)特異性支持向量機(jī)線性核(svmLinear)模型和/或Boruta特征選擇和/或CTREE回歸框架中也檢測到(圖6C)。 上海課題細(xì)胞實(shí)驗(yàn)ATM對PTEN的磷酸化驅(qū)動細(xì)胞周期進(jìn)程。
一、CRPC細(xì)胞中AR的染色體
散點(diǎn)圖顯示在VCaP細(xì)胞的兩個生物重復(fù)中由AR ChIP-SICAP鑒定的染色質(zhì)相關(guān)蛋白。在暴露于R1881(合成AR激動劑）中使用差異的silac標(biāo)記。在190個ChIP-SICAP定量蛋白中，87個形成了r1881誘導(dǎo)的AR染色體，從而發(fā)現(xiàn)了可能與受體功能相互作用的蛋白。r1881誘導(dǎo)的AR chromatome被分為不同的功能蛋白組(圖1b)。DNA和rna結(jié)合蛋白，組蛋白，DNA修復(fù)和mRNA加工相關(guān)蛋白形成了大部分(~50%)的網(wǎng)絡(luò)。
二、SMARCA4共占據(jù)了大多數(shù)ar結(jié)合位點(diǎn)，但對其染色質(zhì)可及性的影響有限
SMARCA4和AR共同占據(jù)的位點(diǎn)，以及雄***如何影響共同占據(jù)。SMARCA4(61534)的大多數(shù)染色質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)沒有受到DHT的影響(簇C1，圖2a），在C2位點(diǎn)，AR和SMARCA4與結(jié)合高度相關(guān)。DHT增強(qiáng)了SMARCA4在這些位點(diǎn)的招募(集群C1，圖2b)。基序分析顯示，與C1位點(diǎn)相比，C2位點(diǎn)具有更高的雄***響應(yīng)元件(AREs)富集，進(jìn)一步支持雄***誘導(dǎo)的SMARCA4到染色質(zhì)上的募集。FOXA1、ERG和HOXB13的基序依次在C1和C2位點(diǎn)上同樣富集(圖2c)。ChIP-seq數(shù)據(jù)集顯示，F(xiàn)OXA1和ERG的結(jié)合隨著***暴露在C2位點(diǎn)而增加，而在C1位點(diǎn)則不增加(圖2d和e)。然而，HOXB13似乎在C1位點(diǎn)結(jié)合更多(圖2f)。
7）SsD克服了m6A介導(dǎo)的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性由于FTO抑制使耐藥細(xì)胞對酪氨酸激酶抑制劑（TKI）***敏感，我們檢測了SsD對TKI耐藥細(xì)胞的療效。我們發(fā)現(xiàn)SsD聯(lián)合尼洛替尼或PKC412在降低細(xì)胞活力方面更有效(圖7A)，這表明SsD***抑制了Kas-1NR和MV4-11PR細(xì)胞的增殖。細(xì)胞的分子特征也顯示TKIS介導(dǎo)的m6A低甲基化被挽救(圖7B-C)。雖然SsD沒有改變Kas-1NR和MV4-11PR細(xì)胞中ALKBH5、METTL3、YTHDF2的蛋白水平(圖7D)，但TKI上調(diào)的m6A相關(guān)基因MerTK、BCL-2和STAT3的表達(dá)受損(圖7E)。與上述結(jié)果一致，MerTK、BCL-2和STAT3在TKI耐藥細(xì)胞的mRNA和蛋白水平上更穩(wěn)定可以上傳原始的fast文件。
白血病發(fā)生需要增強(qiáng)由致*基因引起的自我更新。其潛在的分子機(jī)制尚不完全清楚。本文確定C/D box snoRNAs和rRNA甲基化是白血病干細(xì)胞活性的關(guān)鍵決定因素。Aes基因在有融合基因AML1-ETO, PML-RARα和PLZF-RARα的白血病中高表達(dá)，但是其功能和機(jī)制一直是未知的。研究者通過老鼠模型和細(xì)胞系實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)Aes對**細(xì)胞的自我更新能力是至關(guān)重要的。研究者通過RNA-seq對比Aes（*基因）缺失前后轉(zhuǎn)錄組的變化，意外發(fā)現(xiàn)大量的snoRNA下調(diào)，而在過表達(dá)Aes后snoRNA表達(dá)量***上升，這說明Aes能影響snoRNA的表達(dá)。有趣的是，研究者利用CRISPR技術(shù)敲除snoRNA后，發(fā)現(xiàn)即使是敲除單個snoRNA，rRNA的甲基化***降低，并且抑制白血病細(xì)胞的克隆形成能力。這說明，snoRNA不僅是一類受*細(xì)胞調(diào)控的非編碼RNA，更參與了**的發(fā)***展。AES通過與RNA解旋酶DDX21相互作用誘導(dǎo)snoRNA/RNP形成。zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。海南課題整體服務(wù)
英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。上海課題國家自然科學(xué)基金
LC3陽性囊泡在質(zhì)膜損傷后在修復(fù)部位積聚用激光照射*細(xì)胞MCF7，致使細(xì)胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發(fā)現(xiàn)在Ca2+存在下，細(xì)胞能夠在20到30s內(nèi)修復(fù)它們的質(zhì)膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養(yǎng)基中受損的細(xì)胞無法修復(fù)并繼續(xù)吸收細(xì)胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩(wěn)定表達(dá)融合蛋白增強(qiáng)型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細(xì)胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結(jié)果顯示，LC3陽性點(diǎn)在損傷后大約8-10min開始在修復(fù)部位形成（Fig.1C）；在未損傷區(qū)域中LC3陽性點(diǎn)未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig.1E-H）。上海課題國家自然科學(xué)基金
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7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)