二、有參考基因組序列的轉錄組1.標準信息分析1)對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量reads的處理;2)測序評估;3)基因表達注釋;4)基因差異表達分析;5)對基因結構進行優化(*針對真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對真核生物);7)預測新轉錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。三、鏈特異性轉錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術,也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標準信息分析1)正負鏈信息;2)反義鏈表達;3)其他(分析內容同常規轉錄組)。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。四、均一化文庫分析內容同常規轉錄組。五非編碼RNA測分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)定制化信息分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信啟分析內容。技術優勢通量高:-次測序得到500萬條以上的序列;服務測序創新服務
操作流程:.待測基因序列片段或位點甲基化引物設計(300p以內)。"利用甲基化轉移酶修飾的DNA和非甲基化修飾的DNA制備標準品(0%，1%,59%，109%,20%,50%。100%梯度HRM標準曲線)●亞硫酸氫鹽處理樣品DNA.上機檢測●數據處理,形成報告(包括實驗過程、試劑耗材、熒光PCR儀原始文件、測序文件等)。實驗實例:對2個病例的某基因20個CG位點進行檢測。分析出不同的甲基化程度。操作流程:●DNA亞硫酸鹽處理用焦磷酸測序專門弓|物設計軟件設計甲基化引物進行PCR擴增預實驗及正式實驗●PCR產物.上焦磷酸測序儀檢測中國臺灣測序服務兩年利Ilumina測序平臺對帕金森病人白血球中IncRNAs進行分析,探討其對mRNA選擇性剪接的調控機制。
案例:應用全基因組測序和RNA測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥(CVIDs)的基因圖譜背景:常見的變異型免疫缺陷綜合癥(CVDs)是機體免疫應答反應中不能產生抗體的**主要原因。CVIDs變異度很高,大概5%的病人是由基因改變引起的。目的:利用lluminaHiSeq2500和HTSeq測序平臺對CVIDs進行全基因組及轉錄水平的研究,揭示并繪制CVIDs的信號調控結果:通過對CVIDs基因組和轉錄組進行測序和綜合分析發現.TNFRSF13B,TNFRSF13C,LRBAandNLRP12等基因在CVIDs存在突變,這些突變的基因與B細胞受體信號通路,非同源末端連接修復,細胞凋亡,T細胞調控及ICOS信號通路的調控有關。該研究揭示了新的CVIDs相關的信號通路。
技術優勢:多種變異檢測:單核苷酸多態行(SNP).插入缺失(InDel)和結構變異(SV);與芯片方法比較,可以檢測到新的變異序列;與人類全基因組從頭測序相比，耗時更短、成本更低。研究內容:-、數據產出統計基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析二、-致性序列組裝根據與參考基因組序列的比對結果,利用貝葉斯統計模型檢測出測序個體基因組中每個堿基位點比較大可能性的基因型,并組裝出該個體基因組的一致序列。三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎上,從中提取全基因組中所有的潛在多態性位點,再根據質量值、深度、重復性等因素做進一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數據集。根據已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個體的短序列與參考基因組進行Paired-End比對,將比對結果進行聚類分析,并結合Paired-End關系檢測可信的shortInDel.在檢測過程中,gap的長度為1~3個堿基。對于每個InDel的檢測，至少需要3個雙末端序列的支持。研究內容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測序技術的小RNA數字化分析。
circRNA是通過特殊的選擇性剪切“生封閉環狀結構的非編碼RNA。circRNA不受RNA外切酶的影響,比線性RNA表達更穩定。研究表明,某些特殊的circRNA分子富含miRNA結合位點,在細胞中起到miRNAsponges的作用,進而解除miRNA對其靶基因的抑制作用。ciRS-7(CDR1a)包含63個保守的miR-7結合位點,該circRNA在細胞中能夠有效吸附miR-7。而miR-7作為關鍵調節因子***參與**途徑,如抑制在乳腺*、膠質瘤等**中表達***上調的Pak1的表達;miR-7也能通過結合a-synuclein抑制其表達。這些研究暗示ciRS-7通過ceRNA機制調節miR-7的功能,是神經系統疾病和*****的潛在靶點。數據分析:1、基礎分析測序數據評估及預處理基因組比對circRNA預測circRNA注釋circRNA表達定量circRNA差異表達分析2.高級分析circRNA關聯基因的GO富集分析circRNA關聯基因的KEGG富集分析circRNA-miRNA靶向預測circRNA-miRNA-mRNAceRNA分析應用全基因組測序和RNA測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥(CVIDs)的基因圖譜。中國臺灣測序服務兩年
通過qPCR估計目標區域的相對富集倍數,達到質控要求后即可進行測序前準備。服務測序創新服務
piRNA分析內容包括:piRNA的預測識別:通過高通量smallRNA測序數據預測piRNA;piRNA全基因組分布特征分析:解析piRNA在全基因組范圍內的具體定位和簇分布特征piRNA臨近序列特征提取:采用motif短序列模式比配算法識別piRNA臨近調控區域加工區域特征，5"U端和10nt位置權重矩陣分析等計算調控序列的非隨機性概率,預測其序列調控功能。全基因組TE轉座子元件預測與重新注釋:針對物種基因組內的轉座子序列,將轉座子識別為若干類別,包括longterminalrepeat(LTR),longinterspersednuclear(LINE),andinvertedrepeat(IR)elements。并結合piRNA的生成來源進行座位的富集度分析和聚類;全基因組特征區域的覆蓋度分析:針對rRNA,tRNA,miRNA,codinggene,repeat,transposon,Su(Ste),AT-ChX等特殊基因組功能區域進行序列的覆蓋度分析;piRNA全基因組ORF與CDS注釋:結合piRNA定位進行功能基因的分布分析;piRNA表達量計算與piRNA簇表達相關性分析:計算樣本之間的piRNA表達量,計算樣本之間piRNA簇之間的表達相關系數。統計重復序列內piRNA表達量分布,基因區piRNA表達量分布。服務測序創新服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗