隨著RNA高通量測序技術的應用和發展,越來越多的tiRNA和tFs被發現。高通量測序方法能夠檢測更多類型的RNA,例如+RNA、rRNA、snoRNA和ScaRNA。由于TRFs和tiRNAs很小(14-50nt),如何區分真正的tRFs和隨機降解片段是首先需要認真考慮的問題。通過設計特異性擴增引物,可以利用定量逆轉錄聚合酶鏈反應(qRT-PCR)特異性地檢測TRFs和tiRNAsoNorthernblo也可以檢測到TRFs和tiRNAs的表達。**近亦有一種用于在短RNA-seq數據集中快速、確定和詳盡地識別TRF的方法和軟件包,線粒體和核TRF作圖(MINTmap),被開發出來。除了識別TRF之外,MINTmap還能夠明確地計算和報告所發現的TRF的原始豐度和標準化豐度。tRF&tiRNA測序技術服務tRNA是非編碼小RNA分子的主要來源。鐵死亡臨床醫學tiRNA服務兩年
tRF & tiRNA實時定量PCR技術服務流程
1.引物設計、合成
2. 樣品RNA抽提
3. RNA質量檢測
4.RNA預處理(可選)
4.逆轉錄合成cDNA使用rtStar?First-StrandcDNASynthesisKit(3’and5’adaptor)(Cat#AS-FS-003,Arraystar)試劑盒進行接頭連接和反轉,合成cDNA***鏈。
5.實時定量PCR以合成的cDNA作為模板進行實時定量PCR擴增,梯度稀釋的標準同時進行實時定量PCR擴增,根據Ct值制備標準曲線。以同樣的方法測定每個樣品中的內參,校正上樣誤差。
6.分析結果、提供實驗報告分析實時定量PCR結果,根據標準曲線定量樣品中的目的tRF&tiRNA。提供實驗報告,包括詳細的實驗方法,實時定量PCR實驗數據和圖表。 湖南tiRNA地區科學基金高通量測序分析發現了一類新的小非編碼RNA。
tRF&tiRNA實時定量PCR
實時熒光定量PCR技術是在普通PCR反應體系中加入熒光試劑,利用熒光信號實時檢測PCR進程,***通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。實時熒光定量PCR能夠專一、靈敏、快速、高重復性地精確定量起始模板濃度。tRF & tiRNA是由tRNA切割產生,長度約15-45個核苷酸的小RNA。由于tRF & tiRNA長度太短,且與tRNA序列完全重疊,不能通過傳統的實時定量PCR進行檢測。本公司通過在tRF & tiRNA兩端引入人工合成序列(adaptor),設計特殊的跨連接位點的定量PCR引物,可以精確檢測微量樣品中tRF & tiRNA表達水平。
tRF&tiRNA實時定量PCR技術服務流程
1.引物設計、合成
2.樣品RNA抽提
3.RNA質量檢測4.RNA預處理(可選)
4.逆轉錄合成cDNA使用rtStar?First-StrandcDNASynthesisKit(3’and5’adaptor)(Cat#AS-FS-003,Arraystar)試劑盒進行接頭連接和反轉,合成cDNA***鏈。
5.實時定量PCR以合成的cDNA作為模板進行實時定量PCR擴增,梯度稀釋的標準同時進行實時定量PCR擴增,根據Ct值制備標準曲線。以同樣的方法測定每個樣品中的內參,校正上樣誤差。
6.分析結果、提供實驗報告分析實時定量PCR結果, 根據標準曲線定量樣品中的目的tRF&tiRNA。提供實驗報告,包括詳細的實驗方法,實時定量PCR實驗數據和圖表。 需要注意的是5'tiRNA和3'tiRNA的成熟:依賴angiogenin的切割而不是Dicer,5'端具有羥基而不是磷酸。
英拜生物microRNA報告基因實驗流程:靶點的預測利用Targetscan,miRanda,PicTar軟件得到目的microRNA的預測靶點序列。2.獲得microRNA靶點序列根據提供的靶序列,合成兩條互補的單鏈DNA模板?;蛘?,設計引物PCR擴增microRNA靶基因序列(lncRNA,circRNA全長序列或靶標序列)。靶序列克隆將合成的兩條單鏈退火成雙鏈(具有粘性末端),或將PCR產物雙酶切,后連入經過同樣雙酶切的Psicheck-2載體中,連接產物轉化大腸桿菌DH5α。4.陽性克隆鑒定。挑選轉化的菌落,PCR篩選含有插入片段的陽性克隆,測序驗證克隆的序列和目的microRNA靶序列一致。5.細胞轉染準備將psicheck-2報告基因載體、microRNAmimics或microRNAnegativecontrol共轉染293T或Hela細胞。6.熒光素酶檢測報告基因載體與microRNAmimics或microRNAnegativecontrol共轉染293T或Hela細胞24-72h后,進行雙熒光素酶檢測,確定目的microRNA的靶基因。7.整理分析數據,得出結論。提供有microRNA靶序列的報告基因質粒、甘油保存菌株各一支。附實驗報告,包括載體構建過程,鑒定記錄,測序報告,細胞轉染,熒光檢測。tiRNA是源于成熟tRNA的半分子,血管生成素會在壓力應激下介導tRNA切割成5'和3'tRNA半分子,長度約30-35nt。天津tiRNA服務兩年
tiRNA測序采用tiRNA和tRF數據庫進行分析,并額外附送miRNA表達譜分析。鐵死亡臨床醫學tiRNA服務兩年
1.tRFRNA課題設計tRFRNA是-類來源于成熟tRNA或tRNA前提的非編碼小RNA分子,長度約為16-40nt。經過精確剪切過程產生的tRNA可分為兩類:tiRNA和tRFs。其在體內參與多種生理及病理過程,包括病毒***、氧化應激、**、神經退行性疾病、選傳性代謝疾病等。tRFRNA是目前研究的新穎點,在國外的期刊雜志上已經發表,且影響因子也高,接下來也會是研究的熱點。上海英拜生物科技有限公司是一家致力于提供生物、醫學等方向的科研技術服務的高新技術公司,本公司擁有一支功底深厚經驗豐富、敬業守信的、多學科背景的專家團隊。我們的工作人員-直關注于生命醫學領域**前沿、**熱點的研究方向與研究話題。我們將根據您提供的資料,以**快的速度幫您確定您的研究課題,以便您開展進一步的實驗。鐵死亡臨床醫學tiRNA服務兩年
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數據信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區,實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務:RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經典通路研究,設計的課題均具有后續實驗課題的延展性,為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請:提供標書課題設計、撰寫,標書部分基礎實驗的開展,設計的標書均符合科研前沿熱點,中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持,探討科研前沿熱點研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關研究
4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗