二、有參考基因組序列的轉錄組1.標準信息分析1)對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量reads的處理;2)測序評估;3)基因表達注釋;4)基因差異表達分析;5)對基因結構進行優化(*針對真核生物);6)鑒定基因的可變剪接(*針對真核生物);7)預測新轉錄本;8)SNP分析。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。三、鏈特異性轉錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術,也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標準信息分析1)正負鏈信息;2)反義鏈表達;3)其他(分析內容同常規轉錄組)。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。四、均一化文庫分析內容同常規轉錄組。五非編碼RNA測分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)定制化信息分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信啟分析內容。可重復性高:深度測序保證了抽樣隨機性,重復性非常好,無需重復實驗。天津測序分子生物學實驗
二、技術優勢高度開放性:無需預先了解序列信息和二級結構,即可研究任-物種已知的小RNA分子和預測新的小RNA分子。高度靈活性:可研究任--17~35nt之間小RNA分子。高度精確性:可精確到單核苷酸水平,非常有利于區分高度同源的小RNA分子和鑒定小RNA的多態性。檢測動力學范圍廣:可在超過6個數量級范圍內實現準確的序列檢測和定量分析。有利于低豐度小RNA差異表達的研保持鏈特異性信息:保留了小RNA的原始鏈定位信息,有利于研究小RNA的表達調控機理。數據質量高:深度測序保證了抽樣隨機性,可靠性和重復性高,與實時定量PCR結果具有較高的一致性。福建測序推薦咨詢研究內容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測序技術的小RNA數字化分析。
分析內容1.數據產出統計:對測序結果進行圖像識別、去污染、去接頭,統計結果包括read長度、read數據、數據產量;,Promoter和CpG島(CGI)覆蓋度分析;moter和CGI區甲基化分析;5.差異性甲基化區域(DMR)分析。技術優勢精確度高:在其覆蓋范圍內可達到單堿基分辨率;重復性好:多樣本的覆蓋區域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內超過5百萬個CpG位點;性價比高:測序區域更有針對性,數據利用率更高。研究結果充分證明了RRBS技術的可靠性。RRBS可作為一種更高效經濟的研究方法,可應用于檢測全基因組啟動子和CpG島區域DNA甲基化狀態。
三、高分辨率熔解曲線(HRM)法高分辨率熔解曲線分析技術(HighResolutionMlting),簡稱HRM,是近年來興起的一種檢測基因突變、進行基因分型而及甲基化檢測的新方法。基本原理是基于核酸分子由于片段長短、GC含量、GC分布及單個堿基差異等物理性質不同而造成DNA分子在加熱變性時都會有不同的熔解曲線的形狀和位置,并配合運用高濃度的飽和熒光染料,可以迅速的檢測出核酸片段中GC含量和單堿基的突變。近年來,公司引進了RocheLightCycler@480II和ABIVIIA7全自動熒光定量PCR系統，為客戶提供專業化個性化的甲基化HRM檢測服務。為在基因組范圍內快速研究任一物種已知的snoRNA的表達情況提供了強有力的技術工具。
技術優勢:多種變異檢測:單核苷酸多態行(SNP).插入缺失(InDel)和結構變異(SV);與芯片方法比較,可以檢測到新的變異序列;與人類全基因組從頭測序相比，耗時更短、成本更低。研究內容:-、數據產出統計基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析二、-致性序列組裝根據與參考基因組序列的比對結果,利用貝葉斯統計模型檢測出測序個體基因組中每個堿基位點比較大可能性的基因型,并組裝出該個體基因組的一致序列。三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎上,從中提取全基因組中所有的潛在多態性位點,再根據質量值、深度、重復性等因素做進一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數據集。根據已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個體的短序列與參考基因組進行Paired-End比對,將比對結果進行聚類分析,并結合Paired-End關系檢測可信的shortInDel.在檢測過程中,gap的長度為1~3個堿基。對于每個InDel的檢測，至少需要3個雙末端序列的支持。全基因組重測序已經成為動植物育種、群體進化、藥物研發、疾病研究和臨床診斷中迅速而有效的方法之一。江西測序實驗外包
英拜生物circRNA測序可同時分析circRNA、IncRNA、mRNA三種分子。天津測序分子生物學實驗
四、焦磷酸測序法焦磷酸測序(Pyrosequencing)技術是由4種酶(DNA聚合酶(DNApolymerase).ATP硫酸化酶(ATPsulfurytase).熒光素酶(luciferase)和三磷酸腺苷雙磷酸酶(Apyrase))催化的同一反應體系中的酶級聯化學發光反應。每輪測序反應體系中只加入一種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)。如果該dNTP與模板配對,則會在DNA聚合酶的作用下,添加到測序引物的3'末端，同時釋放出一個分子的焦磷酸(PPi)。摻入的dNTP和釋放的PPi是等量的。CpG甲基化焦磷酸測序檢測法基于弓|物延伸的Pyrosequencing技術,通過將鏈合成過程中釋放出的焦磷酸(PPi)轉化成光信號來監測鏈的合成過程。通過檢測CpG對應位點上C/T滲入的比例對目標位點的甲基化程度進行定量分析方法。天津測序分子生物學實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗