前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標蛋白質的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學結構，生物學活性和理化性質。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結合親和力和細胞活性。
數據庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數據進行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進行基于文本的檢索和基于結構的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術語，如目標名稱、化合物名稱或ID。對于基于結構的搜索，用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導入自編輯的分子后，可以從三個搜索選項(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中，利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度。可以選擇數據集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進行搜索。 英拜提供可靠的技術咨詢。廣州缺氧信號通路科研
進一步研究發現，膜損傷后形成了兩個不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質膜形成， Rab5、EEA1（早期內吞作用）、肌動蛋白、Rab35 呈陽性， LC3 偶爾呈陽性。相比之下，后來形成的囊泡較小且 LC3 呈陽性，**終出現在靠近 Rab5 陽性囊泡的位置。
二、內化囊泡通過滲透作用在細胞質中收縮，與溶酶體融合
GFP-Rab35、RFP-Rab5轉染MCF7，研究胞吞小體的“行動軌跡”。胞吞小體囊泡移動至細胞質，在細胞質中收縮成小囊泡，***與溶酶體融合。
三、巨胞飲由質膜完整性觸發
實驗表明巨胞飲作用在損傷后被***，需要重組，從而保持質膜的完整性。此外，LC3囊泡形成是響應囊泡內化而觸發。
四、 Rubicon 定位于胞吞小體的界膜，是 LC3 積累所必需的 浙江科研創新服務結腸炎也會導致促炎細胞因子或趨化因子的增加。
C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數回歸識別為有意義的分裂節點用于aGvHD預測。沿分枝的數目表明變異的分裂值穩定了細菌豐度。終端節點顯示來自aGvHD分級為0I級和IIIV級患者的樣本比例(n=樣本數量)。D.箱形圖描述了在0級aGvHD患者和II級IV級患者移植前各時間點預測ASVs的log轉化相對豐度。在aGvHD0級I和II級IV的患者中,乳酸菌科和TannerellaceaeASVs的E軌跡通過基于樹的稀疏LDA識別，包括asv3和asv128，它們可以預測aGvHD(粗體線).
接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調后人星形膠質細胞細胞毒性的形態學變化(圖7E)。相對于對照，NOX4的升高誘導了細胞毒性的形態學特征，包括細胞質面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對照組相比，NOX4升高后，形態死亡細胞數量***增加(圖7F)。與形態學分析結果一致，相對于對照，NOX4的升高***增加了細胞毒性水平(圖7G)。這些結果表明，NOX4通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進了鐵死亡。結論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應激誘導的脂質過氧化作用促進星形膠質細胞的鐵死亡，這是AD期間星形膠質細胞損傷的一種重要分子機制。上海英拜生物提供可視化實驗過程參觀。
4.ALKBH3參與了5’-tRF-GlyGCC的生物發生LKBH3是一個tRNA去甲基化酶，*被鑒定為誘導tDRs的生成。為了研究ALKBH3是否參與了5’-tRF-GlyGCC的生物發生。首先，檢測5’-tRF-GlyGCC和ALKBH3在9種人CRC細胞系和人結腸黏膜上皮細胞NCM460中的表達。結果顯示，在大多數測量的CRC細胞系中，5’-tRF-GlyGCC和ALKBH3mRNA均***高于NCM460細胞。同樣，westernblot分析證實，在CRC細胞中，ALKBH3蛋白表達上調。此外，5’-tRF-GlyGCC的表達與測量的CRC細胞中ALKBH3的mRNA水平***正相關。過表達ALKBH3可以增加5’-tRF-GlyGCC的表達。ALKBH3沉默降低了SW480、RKO和PENG-EBV細胞中5’-tRF-GlyGCC的水平。一致地，在RKO和SW480細胞中過表達ALKBH3可以增加5’-tRF-GlyGCC的表達，而在HCT15和HCT116細胞中，抑制ALKBH3的表達可以降低5’-tRF-GlyGCC的表達。證明了，tRNA去甲基化酶ALKBH3參與了CRC和血細胞中5’-tRF-GlyGCC的生物發生。英拜生物提供生物科學內的專業的技術咨詢，技術合作。醫學科研科研歡迎咨詢
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七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調節b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。 廣州缺氧信號通路科研
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗