研究報道S100A4可以增強STAT3的磷酸化，而STAT3的磷酸化與OPN的表達是相關的，并且STAT3被預測是OPN的潛在轉錄因子。因此，檢測了S100A4敲除和過表達后OPN表達，STAT3表達和STAT3磷酸化，結果顯示OPN表達和STAT3磷酸化水平與S100A4的變化趨勢一致；并且敲除STAT3后HCC細胞系中OPN表達和STAT3磷酸化被******（圖5a-c）。這些結果表明S100A4可以***STAT3磷酸化并增加OPN表達。為了進一步探究S100A4過表達外泌體對STAT3磷酸化和OPN表達的影響，使用該外泌體預處理HCC細胞，結果顯示它可以***促進STAT3磷酸化和OPN表達，以及S100A4的表達（圖5d）。此外，在原位異種移植瘤模型中，HMH-exo***增強了核STAT3磷酸化和細胞質OPN的表達（圖5e-f）。總之，以上結果表明S100A4過表達外泌體促進低轉移性HCC細胞的轉移潛力，而外泌體S100A4是HCC細胞的關鍵增強子，其通過***STAT3的磷酸化和上調OPN的表達實現其功能（圖6a）。circNDUFB2未***改變IGF2BPs的mRNA水平。神經元損傷標書地區科學基金
數據組織和訪問
LncExpDB 的中心實體是 lncRNA 基因，每個 lncRNA 基因都有一個對應的頁面，由兩個主要部分組成，即基本信息（例如基因符號、基因組上下文、長度、外顯子數、分類和對應的轉錄本信息）和表達譜。對于每個 lncRNA，LncExpDB 在所有收集的條件下分析其基因表達譜，并以交互方式可視化其表達譜。它以結構化的方式組織所有相關數據，以促進基于基因、數據集和基于上下文的數據瀏覽/搜索。它可以在一頁中可視化特定 lncRNA 的各種表達譜，促進對特征基因及其相關共表達網絡的探索，并提供有用的功能來捕獲不同生物條件下的表達情況。 神經元損傷標書地區科學基金轉座酶染色質可及性單核測序(snATAC-seq)也是一種單細胞表觀遺傳組測序技術。
三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調控的轉錄本
4、CDK4/6預處理增強功能性記憶CD8+T細胞的持久性
長期生存能力是T細胞記憶的基本特征。為了確定CDK4/6i處理的細胞在體內是否表現出優越的存活率，將未處理和CDK4/6i預處理的體外活化CD45.1OT-iT細胞轉移至同源CD45.2小鼠中，并通過流式細胞術評價其隨時間的持續性和表型（Fig.4A）。在30天內，在血液和脾臟中檢測到的預處理OT-I-T細胞的頻率明顯更高（Fig.4B）。30天后，未處理和預處理的OT-I-T細胞在血液和脾臟中的表型持久性相似，都具有記憶前體的特征(MPECs;KLRG1-CD127+)(Fig.4C)。為了評價CDK4/6i處理細胞的記憶能力，將未處理或體外活化的CD45.1OT-iT細胞中預處理的細胞再次轉移至同源CD45.2宿主中。30d后，分離出OT-ⅠT細胞，等量重新轉移到同時***李斯特菌-OVA(LM-OVA)的新宿主中（Fig.4D)。未處理和預處理的OT-IT細胞在LM-OVA***后擴增和分化，迅速獲得功能性、產生細胞因子的SLEC表型(KLRG1+CD127-)（Fig.4E-F）。這些表明CDK4/6抑制驅動T細胞記憶的表型和功能獲得。 circSDHC是一個很有前景的RCC患者潛在的預后生物標志物和***靶點。
4）LINC00926通過增強STUB1介導的泛素-蛋白酶體途徑調節PGK1蛋白的穩定性
亞細胞定位結果顯示，LINC00926主要定位于細胞質，FISH實驗進一步證實了這一點(圖4A和4B)。結合LINC00926沒有改變PGK1mRNA水平的事實，我們推測LINC00926在轉錄后水平下調了PGK1的表達。事實上，蛋白酶體抑制劑MG132的加入阻斷了LINC00926過表達介導的PGK1降解，這表明泛素-蛋白酶體途徑參與了LINC00926對PGK1蛋白穩定性的調節(圖4C)。LINC00926過表達增加PGK1泛素化(圖4D)。下調LINC00926基因后，PGK1蛋白水平升高，泛素化水平降低(圖4E)。為了尋找負責LINC00926調控PGK1蛋白穩定性的E3泛素連接酶STUB1，我們接下來通過RNA下拉實驗確定了LINC00926在乳腺*細胞中的蛋白伴侶。質譜分析結果顯示了特異性差異表達譜帶。 短鏈脂肪酸在神經退行性疾病中發揮***和神經保護作用。神經元損傷標書地區科學基金
TRIM25是介導IGF2BPs泛素化的E3連接酶。神經元損傷標書地區科學基金
單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術可以在單細胞水平下研究復雜的多細胞生物的轉錄組譜。這為科學家提供了一種研究表達模式中細胞異質性的新工具，尤其是疾病細胞的異質性。更重要的是，scRNA-seq的快速發展帶來了在疾病微環境中探索細胞亞群的見識，這有助于研究疾病的發***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術已被廣泛應用于病例對照研究中差異表達基因的識別以及細胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個人工收集的數據庫，能為研究者提供各種疾病的各種細胞類型準確的基因表達譜資源。該網站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻，并開發了SC2disease數據庫，通過疾病、組織和細胞類型整理數據。SC2disease包含946481條數據，對應341種細胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數據庫中的每個條目都包含不同細胞類型、組織和疾病相關健康狀況之間差異表達基因的比較。 神經元損傷標書地區科學基金
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗