新疆實驗服務實驗可參觀

來源: 發布時間:2021-12-07

原理:結合重亞確酸鹽的測序法是-種靈敏的能直接檢測分析基因組DNA甲基化模式的方法。重亞硫酸鹽處理后.用針對改變后的DNA序列設計特異性引物井進行聚合酶鏈式反應(PCR)。PCR產物中原先非甲基化的胞嘧啶位點被胸腺嘧啶所替代.而甲基化的胞嘧啶位點保持不變。PCR產物克隆后進行測序。通過這個方法能得到特定位點在各個基因組DNA分子中的甲基化狀態。該方法特點是:1.特異性高,它能夠提供特異性很高的分析結果,這是所有其他研究甲基化的分析方法所不能比擬的;2.靈敏度高,可以用于分析少于100個細胞的檢測樣品。用微量的基因組DNA進行分析就能得到各個DNA分子精確的甲基化位點分布圖。子實驗平臺包含的實驗有:抗體芯片WB/FISH/RIP/CHIP/RNApulldown/雙熒光素酶報告基因實驗/載體構建。新疆實驗服務實驗可參觀

子實驗平臺包含的實驗有:高通量測序(轉錄組測序、smallRNA測序、miRNA測序、IncRNA測序、circRNA測序、tRF測序、甲基化測序)熒光定量PCR(mRNA/IncRNA/circRNA/miRNA/tRF)PCR芯片、抗體芯片WB/FISH/RIP/CHIP/RNApulldown/雙熒光素酶報告基因實驗/載體構建。

細胞實驗平臺包含的實驗有:細胞培養細胞轉染(瞬轉、穩轉)慢病毒***熒光拍照細胞侵襲、遷移、增殖、凋亡、周期、克隆、劃痕。

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技術優勢:多種變異檢測:單核苷酸多態行(SNP).插入缺失(InDel)和結構變異(SV);與芯片方法比較,可以檢測到新的變異序列;與人類全基因組從頭測序相比,耗時更短、成本更低。研究內容:一、數據產出統計基因組單堿基深度分布及覆蓋度分析二、一致性序列組裝根據與參考基因組序列的比對結果,利用貝葉斯統計模型檢測出測序個體基因組中每個堿基位點比較大可能性的基因型,并組裝出該個體基因組的一致序列。三、SNP檢測及在基因組的分布在全基因組一致性序列的基礎上,從中提取全基因組中所有的潛在多態性位點,再根據質量值、深度、重復性等因素做進一步的過濾篩選,**終得到高可信度的SNP數據集。根據已有的基因集對檢測到得變異進行注釋。四、InDel檢測及在基因組的分布使用測序個體的短序列與參考基因組進行Paired-End比對,將比對結果進行聚類分析,并結合Paired-End關系檢測可信的shortInDel。在檢測過程中,gap的長度為1~3個堿基。對于每個InDel的檢測,至少需要3個雙末端序列的支持。

RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和IncRNAs.上**為普遍的修飾。目前發現microRNA,circRNA,lncRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發生m6A修飾。m6A修飾主要發生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)"7決定。“編碼器(Writer)”即甲基轉移酶,目前已知這個復合物的成分有METL3,METTIL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBHS和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉甲基化;m6A由m6A結合蛋白識別,目前發現m6A結合蛋白(讀碼器)有YTH結構域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2.YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。在基因表達、蛋白翻譯和RNA剪切等正常生物過程中具有重要作用。近來有研究顯示m6ARNA甲基化在乳腺*、惡性血液病、膠質母細胞瘤、宮頸*等多種**的發***展中具有重要作用。使用這一芯片試劑盒及配套試劑檢測RNA實驗標本,研究者可以簡單準確的檢測和分析蛋白糖基化相關的基因表達。

circRNA是通過特殊的選擇性剪切產生封閉環狀結構的非編碼RNA。circRNA不受RNA外切酶的影響。比線性RNA表達更穩定。研究表明,某些特殊的circRNA分子富含miRNA結合位點,在細胞中起到miRNAsponges的作用,進而解除miRNA對其靶基因的抑制作用。ciRS-7(CDR1a)包含63個保守的miR-7結合位點,該circRNA在細胞中能夠有效吸附miR-7。而miR-7作為關鍵調節因子***參與**途徑,如抑制在乳腺*、膠質瘤等**中表達***上調的Pak1的表達;miR-7也能通過結合a-synuclein抑制其表達。這些研究暗示ciRS-7通過ceRNA機制調節miR-7的功能,是神經系統疾病和*****的潛在靶點。CpG甲基化焦磷酸測序檢測法通過將鏈合成過程中釋放出的焦磷酸(PPi)轉化成光信號來監測鏈的合成過程。湖南實驗服務中標率高

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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗

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