前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標蛋白質的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學結構，生物學活性和理化性質。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結合親和力和細胞活性。
數據庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數據進行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進行基于文本的檢索和基于結構的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術語，如目標名稱、化合物名稱或ID。對于基于結構的搜索，用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導入自編輯的分子后，可以從三個搜索選項(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中，利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度。可以選擇數據集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進行搜索。 研究腸道微生物組和宿主循環代謝產物之間的關系。河北標書分子生物學實驗
2、HMH-exo增強低轉移性HCC細胞系的轉移潛力
為了探究HCC轉移時外泌體在細胞與細胞串擾中的可能作用，作者實驗HMH-exo預處理低轉移性的HCC細胞系。結果發現，與LMH-exo或者PBS預處理組相比，HMH-exo***增強了低轉移性HCC細胞系的轉移能力；隨后作者使用低轉移性HCC細胞系構建了體內原位異種移植瘤模型，成瘤后使用外泌體***6周，***檢測肝臟**和肺轉移，結果顯示與其它組相比，HMH-exo組的肝臟**更大，肺轉移結節更多。（圖2）。這些結果表明HMH-exo可以在體內外增強低轉移性HCC細胞的轉移能力。 河北標書分子生物學實驗FMT處理調節SCI小鼠的腸道微生物組成。
YTHDC2調節SLC7A11 mRNA的穩定性(圖5A-D)，而控制RNA衰減是m6A甲基化的重要功能之一。作者先驗證METTL3刺激m6A的能力(圖5E、F)。在H1975細胞中敲降METTL3延長了SLC7A11 mRNA的半衰期，而在H1299細胞中過表達METTL3則加速了SLC7A11 mRNA的降解(圖5G)。此外，H1299細胞中降低METTL3表達阻斷了YTHDC2，從而減緩SLC7A11 mRNA的衰減，刺激胱氨酸攝取并減弱脂質活性氧(ROS)的生成(圖5H-J)，這表明YTHDC2在LUAD細胞中的作用是依賴m6A。
6.YTHDC2傾向于相互作用并使m6A甲基化的SLC7A11mRNA不穩定
為了揭示SLC7A11mRNA中潛在的m6A甲基化位點，在H1975細胞中METTL3敲除前后分別進行了MeRIP-seq研究。在H1975細胞中，無論是否敲除METTL3,GGACmotif都高度富集于m6A位點(圖6A)。m6A峰在mRNA停止密碼子附近的3’非翻譯區(3’UTR)尤為豐富(圖6B)。為了進一步證實SLC7A11mRNA的m6A依賴性修飾，我們進行MeRIP-qPCR。在H1975細胞中，敲除METTL3后，SLC7A11mRNA中的m6A修飾明顯減少，特別是在假定的m6A位點周圍。相反，當METTL3在H1299細胞中過表達時，觀察到相反的結果(圖6C)。
在MKN45和BGC823細胞中，IRES突變時MAPK1-109aa不翻譯。因此，MAPK1與MEK1的結合沒有明顯變化。然而，過表達circMAPK1后，MAPK1與MEK1的結合***減少，而MAPK1-109aa與MEK1的結合***增加(圖7g)。因此，以上結果表明MAPK1-109aa與MAPK1競爭結合MEK1。隨后的Western blot結果也證實，在過表達circMAPK1的細胞系中，MAPK1-109aa***升高，磷酸化的MAPK1/2降低，而在circMAPK1敲低的細胞中則相反(圖7h)。此外，MAPK1的下游效應因子，如p-ELK1、p-c-Fos、p-c-JUN和p-RSK，也被過表達的circMAPK1***抑制(圖7i)。這些結果表明，circMAPK1編碼的MAPK1-109aa通過抑制MAPK1信號通路發揮抑*作用。SCI小鼠的握力在損傷后逐漸持續恢復。
PGE2增強IL4Rα信號以增強巨噬細胞的M2***巨噬細胞能夠響應可變的局部微環境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經典的信號級聯（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發的代謝線索，以***它們的M2表型。在這里，我們想知道PGE2是否也參與了AP損傷后胰腺巨噬細胞的M2極化。為此，我們首先檢查了AP損傷后PGE2的動態表達。COX1和COX2是產生前列腺素的兩種關鍵酶。在這里我們發現Ptgs2(COX2)的表達在第3天達到峰值，而Ptgs1(COX1)的表達在第1天下降并在第3天回到基礎水平。一致地，免疫熒光分析顯示PGE2在第3天升高，并在第5天迅速恢復到基礎水平。值得注意的是，PGE2在第3天主要與導管樣細胞（CK19+細胞）共表達，以及部分與巨噬細胞（F4/80+細胞）共表達。此外，根據我們的RNA-seq數據和流式細胞術分析，我們發現巨噬細胞中COX2的表達也在第3天達到峰值。更有趣的是，與IL4Rα-巨噬細胞和單核細胞相比，IL4Rα+巨噬細胞表達了更高水平的COX2。circSDHC來源于第1染色體上的SDHC基因.蛋白組學標書地區科學基金
免疫組織學染色顯示TNFαIL-1β和NF- κ b陽性染色主要分布在結腸黏膜層。河北標書分子生物學實驗
2021年6月，***一篇發表在Microbiome（IF=11.607）的文章（Microbiotalong-termdynamicsandpredictionofacutegraft-versus-hostdiseaseinpediatricallogeneicstemcelltransplantation.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了口腔和鼻子中的細菌可能預測急性移植物抗宿主病(aGvHD)。監測HSCT患者不同身體部位的微生物群，特別是通過移植前樣本的參與，可能具有預后價值，并有助于指導個性化***策略。識別具有預測移植后aGvHD潛力的獨特細菌，可能為改進預防性臨床管理提供機會，包括對微生物群的調節。背景：在異種造血干細胞移植(allogeneichematopoieticstemcelltransplantation,allo-HSCT)中，供者來源的干細胞輸注被用于***各種類型的血液病和非血液病。在異種造血干細胞移植患者中，移植后人體腸道菌群發生變化，這可能部分歸因于******和調理方案。河北標書分子生物學實驗
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗