揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標，對于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調(diào)控的標準方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。TIMEOR是***個基于Web的自適應時間序列多組學管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過利用時間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡，解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡的方法的關(guān)鍵需求。TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。焦亡活化課題一站式
在整個細胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細胞基本沒有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發(fā)現(xiàn)SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數(shù)量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數(shù)量進一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時為17%)(圖1D)對2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個樣本的序列reads使用R軟件包進行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個細胞群，它們以流量和時間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過Signac將scATAC-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為基因活性指數(shù)，并使用上述scRNA-seq研究中描述的相同標記基因確定細胞身份。在13個簇中，8個是內(nèi)皮簇(E1E8)，其次是SMCs、Fibro、巨噬細胞、dc、T細胞和未定義(ND)(圖1G)。轉(zhuǎn)運RNA 課題潤色服務英拜提供生物醫(yī)學課題外包服務。
為理解TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的機制作用，從4T1-P、TYRO3-OE、4T1-R和TYRO3–/–細胞中提取RNA進行全轉(zhuǎn)錄組分析。2種耐藥細胞系Tyro3-OE和4T1-R之間的轉(zhuǎn)錄組學變化高度相似，變化的重疊百分比較高，表明Tyro3在促進**細胞對抗PD-1/PD-L1***耐藥中的作用。來自TCGA數(shù)據(jù)庫的黑色素瘤患者TYRO3基因的通路分析也顯示TYRO3表達與PD-1/PD-L1**免疫***通路呈正相關(guān)，與T細胞介導的抗**反應相關(guān)通路（CTL介導的細胞凋亡和死亡受體信號），炎癥反應相關(guān)通路（Th1活化、Th2活化、NF-κB信號）呈負相關(guān)。HMGB1是一種損傷相關(guān)分子模式分子，由嗜鐵細胞釋放，我們發(fā)現(xiàn)HMGB1信號與TYRO3表達呈負相關(guān)。以上表明，TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的作用，并表明TYRO3有利于***TME。
5）Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用
此前，我們發(fā)現(xiàn)IGF-1可以通過誘導補體C1q結(jié)合蛋白(C1QBP)從細胞質(zhì)轉(zhuǎn)位到膜上，驅(qū)動CD44v6/C1QBP復合物的形成，從而***IGF-1下游通路。因此，我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導的HSC活化。我們的結(jié)果表明C1QBP在Pex中的表達明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示，C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達高于Npex組。同時，與Pex處理的細胞相比，C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex轉(zhuǎn)移的CD44v6在HSCs中的位置一致，膜中也檢測到C1QBP，并與Pan-cadherin共定位(圖6C)。這些數(shù)據(jù)表明，C1QBP可以通過Pex傳遞到HSCs膜。免疫電鏡顯示CD44v6和C1QBP在Pex***表達(圖6D)。同時過表達CD44v6和C1QBP后，Co-IP檢測顯示CD44v6和C1QBP在Pex中相互作用(圖6E)。此外，通過近距離連接(圖6F)和免疫熒光分析(圖6G)，我們發(fā)現(xiàn)了CD44v6和C1QBP在Pex孵化的HSCs膜上的結(jié)合。這些發(fā)現(xiàn)表明，CD44v6在傳遞外泌體CD44v6/C1QBP復合物中起重要作用。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物。
結(jié)果1）AKI伴有明顯的脂質(zhì)積累，并與腎損傷的嚴重程度高度正相關(guān)
根據(jù)脂質(zhì)代謝組學分析結(jié)果，我們發(fā)現(xiàn)AKI組織中各類甘油三酯(TGs)含量***增加(圖1A)。考慮到AKI中的脂質(zhì)積累，我們進行實驗來確定其臨床意義。我們對不同嚴重程度的AKI動物標本進行油紅O染色。結(jié)果顯示，隨著疾病進展的延長，小鼠腎組織脂質(zhì)沉積逐漸增加(圖1B)。在體外也發(fā)現(xiàn)了類似的結(jié)果，即隨著細胞損傷的嚴重程度，脂質(zhì)積累的程度增加(圖1C)。這些結(jié)果說明AKI中的脂質(zhì)積累與疾病的嚴重程度呈正相關(guān)。 有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。VEGF課題基礎實驗外包
也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點。焦亡活化課題一站式
表達PTENWT的細胞，在雙胸苷激酶阻斷和輻射釋放后被阻滯在S期，表現(xiàn)出低水平的CDK2磷酸化(圖5A)。相反，經(jīng)過相同處理的PTEN-398A細胞有更高水平的磷酸化CDK2(圖5A)，這與DNA損傷檢查點的缺陷***一致。與PTEN-WT細胞相比，PTEN-398細胞中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高(圖5B)。雖然p27Kip1與CDK2和CyclinE在照射過的PTEN-WT細胞中有效地共免疫沉淀，但在PTEN-398A細胞中這些相互作用減弱(圖5C,D)。與我們在MCF10A細胞中觀察到的結(jié)果一致，免疫印跡分析顯示PTEN398A/398A裂解物中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高;MMTVNeu**與Pten+/+;MMTVNeu對應**進行比較(圖5E-H)。總之，***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***，反過來有利于CDK2/CyclinE復合物的活性，并驅(qū)動細胞周期進程。五、阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細胞定位。將MCF10A細胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細胞核和質(zhì)膜穩(wěn)定定位(圖6A,B)。經(jīng)過IR處理后，PTEN-WT在質(zhì)膜上積累(圖6A,B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A,B)。焦亡活化課題一站式
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