三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調控的轉錄本
對YTHDF1基因敲除MGC-803細胞和對照細胞進行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導致轉錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調的基因在血管生成、細胞遷移、粘附和細胞生長等方面富集;而定位于負調控**進展的基因表達上調(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個結合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個基因，表明它們高度參與了**相關途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結合基因與YTHDF1未結合基因在轉錄水平上沒有***差異(圖3D)。這與之前的研究結果一致，即YTHDF1主要調控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調控的m6A修飾的轉錄本。2365個轉錄本檢測到m6A修飾，主要發生在mrna中(98%;圖3 e;補充表S7)，優先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測序結果一致，m6A峰在30UTR區域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉錄本進行富集分析，發現Wnt和Hippo信號通路受到了***影響(圖3H）。假設YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(圖3I)。 根客戶的研究方向查閱相關文獻。肝脂肪變性課題分子生物學
總之，如Fig. 9，CRC來源的外泌體miR-934可通過下調PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導M2巨噬細胞極化。此外，外泌體miR-934極化的M2巨噬細胞可以通過CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR934正反饋環促進CRLM。因此，研究闡明了促進**細胞和TAMs相互作用的CRLM的新分子機制，這將有助于開發CRLM的有效預防和***策略。更重要的是，血清外泌體中miR-934高表達與CRLM相關，提示其可能是未來液體活檢和預測CRLM風險的一個有前景的生物標志物。此外，靶向外泌體miR-934介導的**細胞與TAMs之間的串擾可能為CRLM的***提供新策略。rip課題實驗檢測服務我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。
四、atm依賴性PTEN磷酸化缺失的細胞中G1/S細胞周期檢查點受損
對表達PTEN-WT或PTEN-398A的MCF10A細胞進行了cDNA微陣列分析，并用順鉑誘導基因毒性應激。差異表達基因列表采用基因**富集分析[39]進行分析。有趣的是，表達PTEN-398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關，如G1/S期特異性轉錄、E2F靶標、Rb1通路控制的細胞周期調控基因等推測表達PTEN-398A的細胞對基因毒性脅迫的抗性可能是由于未能阻止細胞周期以應對DNA損傷。為了測試這種可能性，測量了表達野生型或突變PTEN的同步細胞在細胞周期阻滯在G1/S檢查點的能力，以應對DNA損傷。在表達PTEN-WT或PTEN-398A的正常周期細胞中，G1、S、G2/M期細胞比例沒有明顯差異(圖4A)。為了使細胞在G1/S檢查點同步，我們對它們施加雙胸腺嘧啶脈沖。這種處理有效地抑制了PTEN-WT和PTEN-398A細胞在G1/S邊界(圖4B)。
1、白樺素作為SREBP加工特異性抑制劑的鑒定
構建了一個由含SRE啟動子驅動的熒光素酶報告基因，并從人肝*細胞系Huh-7中生成了穩定表達該報告基因的細胞系(命名為Huh-7/SRE-Luc)。然后將該細胞與不同化合物孵育，并進行熒光素酶活性測定。有趣的是，只有白樺素[lup-20(29)-ene-3b,28-diol]有效降低了熒光素酶的活性。白樺素是一種天然存在的五環三萜，可以很容易地從樺樹皮中提取出來(比較高可達干重的30%)。
作者直接檢測了白樺素對SREBP加工的影響和特異性，并與25-HC進行比較。25-HC有三個主要作用：通過抑制SREBP-2的切割降低n-SREBP-2(圖1A)；***LXR，進而上調SREBP-1的轉錄，導致n-SREBP-1的增加(圖1A)；促進HMG-CoA還原酶(HMGCR)的降解，HMGCR是膽固醇生物合成中的限速酶(圖1B)。另一方面，白樺素有效降低了內源性的n-SREBP-1和n-SREBP-2(圖1A)，表明白樺素在不***LXR的情況下抑制了SREBP的加工。 caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。
第二次Ca2+升高，與RSL3處理常見，并被Fer-1抑制，對應的是針對鐵下垂的胞質Ca2+增加(Ca2+sp) (圖2F)。在Erastin-1處理后，Ca2+un增加，隨后Ca2+sp上升，細胞周圍和**終的PI攝入(圖2C-E)。相比之下，RSL3處理的細胞具有獨特和特定的Ca2+上升，隨后細胞圓整和**終的PI攝入(圖2F-H)。通過脂質過氧化傳感器C11 BODIPY 581/591觀察到RSL3處理促進了質膜和亞細胞膜上的脂質過氧化（圖2I），脂質過氧化先于細胞圓化(圖2J, K)。考慮到胞質Ca2+增加到細胞圓化之間的滯后時間始終低于脂質過氧化到細胞圓化之間的滯后時間，可以估計Ca2+的增加發生在脂質過氧化之后(圖2M)。這一估計是基于fluo- 4am(圖2F-H)和BODIPY氧化比(圖2K, L)的**動力學之間的推斷。提供整體課題外包實驗構思。肝損傷課題CRO
產生關于環境影響疾病的病因和分子機制的可測試的假設。肝脂肪變性課題分子生物學
然后使用單細胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細胞的轉錄譜（Fig.4G）。使用pseudobulkRNA-seq分析和預轉移體外培養的基因比較，生成了持續細胞的基因標記，其標志是記憶相關基因(Sell，Foxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達和效應相關基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(Fig.4H-I)。對先前的體外單細胞數據（Fig.2H-J）的進一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續性特征的細胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig.4J-K）。這些數據表明，抑制CDK4/6促進T細胞向真實的記憶表型分化，其特征是功能的長期持久性。肝脂肪變性課題分子生物學
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗