circNDUFB2抑制NSCLC進展
體外研究表明circNDUFB2過表達顯著抑制了NSCLC細胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進了這些表型。體內實驗表明circNDUFB2過表達可顯著抑制NSCLC細胞的致瘤性和轉移。這些數據表明circNDUFB2可能在NSCLC進展中起抑制作用。
circNDUFB2與NSCLC細胞中的IGF2BP1/2/3相互作用
為了探索circNDUFB2是否通過與蛋白質相互作用發揮功能，RNA pulldown來鑒定與其相關的蛋白質。RNApulldown沉淀物通過SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的有義特異性條帶，并使用質譜進行分析。發現**個豐富的蛋白質分別是IGF2BP2，IGF2BP1和IGF2BP3。使用Western blot和RIP分析證實了這一結果。此外， RNA FISH免疫熒光分析，發現circNDUFB2與IGF2BPs共定位在細胞質中。為了探討IGF2BPs的KH域對于與circNDUFB2之間的相互作用，構建IGF2BPs突變體，KH結構域突變明顯減少了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。接下來進行了circNDUFB2突變，發現circNDUFB2突變顯著降低了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。 也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。推廣課題服務兩年
三、INPP4B促進晚期核內體上PI(3,4)P2到PI(3)P的轉化
使用了幾種基于無偏性蛋白質組學的技術來表征INPP4B在pik3a突變ER+乳腺*中的下游信號功能。首先，利用液相色譜-串聯質譜(LC-MS/MS)進行全細胞蛋白質組學研究，確定GFP-INPP4B與gfp載體表達MCF-7細胞中蛋白水平的差異(2倍)。功能注釋分析顯示，inpp4b過表達細胞中上調的蛋白與內溶酶體系統密切相關，內溶酶體系統是介導細胞外受體和貨物內化和降解的囊泡運輸途徑(圖3a)。免疫沉淀質譜(IP-MS)對受EGF刺激的MCF-7細胞進行GFP-INPP4B蛋白復合物的分析，以***I類PI3K信號。從該分析中鑒定出的**富集的結合伙伴是RAB7A (Rab7)，這是一種定位于晚期核內體的小GTPase(圖3b)。GFP-INPP4B與內源性Rab7的共免疫共沉淀證實了INPP4B與Rab7的結合(圖3c)。通過免疫電鏡進一步分析INPP4B定位于晚期核內體，結果顯示GFPINPP4B定位于晚期核內體的限制膜和內膜(圖3d)，之前的研究已經確定了PI(3,4)P2和PI(3)P。在皂苷處理的MCF-7細胞中，觀察到內源性INPP4B與HARab7WT或HA-Rab7Q67L共同定位于cd63陽性的晚期核內體(圖3e)。 泌尿課題中標率高高通量分子實驗的后續標書申請指導服務。
六、多組學方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉變過程中染色質可及性的變化。VCAM1和TPM1轉錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區域染色質可及性增加相關(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉錄降低(圖6c)與染色質可及性降低相關(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉錄因子的活性，我們發現了可能調節近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質區域，該區域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調控VCAM1表達提供了實驗證據。
在確定了UCP1與AKI中的脂質積累負相關后，我們試圖闡明其潛在的關系。首先，我們使用UCP1特異性過表達慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構建UCP1上調的細胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達***降低了順鉑暴露HK2的脂質積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質積累的調節。為了進一步驗證這一調控關系，提高證據的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質積累(圖3E)。***，使用UCP1激動劑CL316243在AKI動物模型中誘導UCP1過表達，也觀察到了相同的結果(圖3F-H)。因此，所有證據表明，隨著UCP1表達的增加，AKI模型中的脂質含量降低。英拜提供生物醫學課題外包服務。
細胞周期蛋白依賴性激酶4和6(CDK4/6)的藥理學抑制劑是***受體陽性乳腺*的獲批***藥物，目前正在其他**類型的數百項臨床試驗中進行評價。這些抑制劑的臨床成功在很大程度上歸因于定義明確的**內在細胞抑制機制，而其作為免疫調節劑的新作用知之甚少。本研究利用整合的表觀基因組、轉錄組學和蛋白質組學分析，證明了CDK4/6抑制劑在促進免疫T細胞記憶的表型和功能獲得中的新作用。本文的機制見解拓寬了CDK4/6抑制劑作為增強抗**T細胞免疫的臨床工具的前瞻性效用。本研究于2021年5月14日發表在《Cancer Discovery》IF:29.497期刊上。動物建模模型實驗的整體服務。泌尿課題中標率高
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相反，miR-199a-5p抑制劑處理可提高WT小鼠脾CD4+T細胞中Sirt1的表達(圖5E)，并降低衰老標志物p21,p16和乙酰p53水平(圖5F)。***，與MRL/lpr相比，hUC-MSCs可增加miR-199a-5p的產生，表明hUC-MSCs是miR-199a-5p來源的關鍵調控因子(圖5G)。在transwell系統中，hUC-MSCs與MRL/lpr脾CD4+T細胞共培養48h后，細胞內miR-199a-5p升高，Sirt1基因表達降低，CD4+T細胞中衰老標志物的表達水平恢復，而miR-199a-5p抑制劑處理后仍處于抑制狀態(圖5G-I)。總的來說，這些數據表明hUC-MSCs通過miR-199a-5p介導的Sirt1下調和隨后p53去乙酰化的減少，增加了脾臟CD4+T細胞的衰老。推廣課題服務兩年
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