四、TEA-seq轉(zhuǎn)錄本、表位和可及性的三峰測量
A.隨著從單個核中同時捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業(yè)平臺的發(fā)布，我們推斷通透細胞可以用于同時捕獲三個主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質(zhì)表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經(jīng)過試驗和關(guān)鍵步驟的優(yōu)化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達平臺上獲得文庫，該平臺使用46個低聚標(biāo)記抗體組合了數(shù)千個單細胞的所有三種測量結(jié)果.
B.D.在對裝入4孔的細胞進行初始數(shù)據(jù)處理后，我們鑒定出29264個通過上述scATAC-seqQC標(biāo)準(zhǔn)的細胞條形碼，有2,500,500個獨特的ATAC-seq片段(中值=8762個獨特的ATAC片段)，有>500個基因被scRNA-seq檢測到(中值=2399個RNAUMIs;中位數(shù)=檢測到129,249個基因)，500個ADTUMIs.
G.H.更敏感的蛋白質(zhì)豐度測量允許檢測許多附加的相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)，例如CCR2/CD192.
I.J.一種單核細胞上表達的趨化因子受體和CD38，一種表達于多種免疫細胞表面的糖蛋白. FMT處理可能促進了創(chuàng)傷性脊髓損傷后神經(jīng)元的存活和軸突再生。國自然 青年
盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進行整合分析。網(wǎng)站首頁如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁**終會給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖。
第一步：上傳表達文件
表達文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達矩陣
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達強度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達文件。
第二步：上傳分組文件
分組文件***列文樣本名，第二列為分組。“1”表示來自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推 國自然 青年circSDHC通過充當(dāng)miR-127-3p的海綿促進ccRCC的進展和轉(zhuǎn)移.
此外，GFP-INPP4B的表達在基礎(chǔ)和wnt刺激條件下降低了GSK3β蛋白水平，與GSK3β的增強破壞一致(圖6d)。通過Hrs shRNA消耗抑制晚期核內(nèi)體形成后，降低的GSK3β蛋白水平得以恢復(fù)(圖6f, g)。GFP-INPP4B而不是gfp載體細胞表現(xiàn)出明顯的GSK3β蛋白酶保護，這與GSK3β向晚期核內(nèi)體轉(zhuǎn)運的增強相一致(圖6h)。免疫熒光證實了這一點，在GFP-INPP4B中觀察到RFP-GSK3與LysoTracker共定位，這是一種積累在晚期核內(nèi)體/溶酶體中的染料，而不是gfp載體細胞(圖6i)。
背景：在異種造血干細胞移植(allogeneichematopoieticstemcelltransplantation,allo-HSCT)中，供者來源的干細胞輸注被用于***各種類型的血液病和非血液病。在異種造血干細胞移植患者中，移植后人體腸道菌群發(fā)生變化，這可能部分歸因于******和調(diào)理方案。隸屬于隸屬于梭狀芽孢桿菌目丁酸生成菌在移植后早期的腸道中枯竭,而變形菌門和乳酸菌門(如腸球菌)豐度增加,可能由于缺乏丁酸時腸腔內(nèi)的氧氣水平增加和***素耐藥性所致。然而，到目前為止，HSCT患者的微生物群動態(tài)主要在HSCT后的***個月進行詳細監(jiān)測，而不是長期監(jiān)測。因此，目前尚不清楚微生物群是否以及何時恢復(fù)到造血干細胞移植前類似微生物群落結(jié)構(gòu)。circNDUFB2可通過破壞CARDs與其解旋酶結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用。
4）APP/PS1小鼠大腦皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高
我們研究了NOX4來源的氧化應(yīng)激在APP/PS1小鼠受損星形膠質(zhì)細胞中的作用。我們用免疫熒光染色法測定了APP/PS1小鼠和野生型(WT)小鼠大腦皮層GFAP陽性星形膠質(zhì)細胞中4-HNE的蛋白水平(圖4A)。免疫熒光染色顯示，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)GFAP陽性星形膠質(zhì)細胞中4-HNE陽性染色強度增加(圖4A、C)。APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)受損的GFAP陽性星形膠質(zhì)細胞中4-HNE陽性染色強度升高。此外，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中4-HNE和GFAP亞細胞共定位呈陽性的受損星形膠質(zhì)細胞數(shù)量***增加(圖4D)。與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質(zhì)區(qū)GFAP陽性星形膠質(zhì)細胞(圖4B和E)和MDA與GFAP亞細胞共定位陽性的受損星形膠質(zhì)細胞(圖4F)數(shù)量增加。4-HNE在APP/PS1小鼠NOX4陽性星形膠質(zhì)細胞***定位(圖4G)。此外，APP/PS1小鼠NOX4和4-HNE陽性星形膠質(zhì)細胞數(shù)量***增加(圖4H)。這些結(jié)果提示APP/PS1受損小鼠星形膠質(zhì)細胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化水平升高。 DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。國自然標(biāo)書分析系統(tǒng)
FMT可能通過***NF -κB信號通路來緩解腸道炎癥。國自然 青年
Nup62 OE或?qū)φ展壌竽X的可溶性-不可溶性分選顯示，與對照相比，Nup62在運動神經(jīng)元中表達的上調(diào)***增加了不溶性，從而改變了Tbph的可溶性(圖4F和G)，表明Nup62水平是Tbph溶解度的重要決定因素。qPCR證實了Nup62的過表達(圖4H)。NUP62與內(nèi)源性TDP-43共聚合(圖4I)。與單獨mRuby相比，NUP62在HEK293T細胞中的表達導(dǎo)致TDP-43的溶解性***改變(圖4J和K）。檢測了nup62介導(dǎo)的TDP-43聚集物在HEK293T細胞中是否被磷酸化。內(nèi)源性與NUP62-mRuby共定位的TDP-43聚集體被磷酸化(圖4L)。國自然 青年
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗