大約 1% 的人類基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經典鏈特異性 DNA 結構。G4 的熱穩定性不同，這可能會影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復制、轉錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩定性和突變率。因此，根據其基因組位置、熱穩定性和功能性，G4 基因座可能會在不同的選擇壓力下進化，而這一點從未被研究過。
一、基因組中G4基因座的密度不均勻
與全基因組平均值相比，CpG島、上游區域和轉錄鏈的G4密度的倍數差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內含子的非轉錄和轉錄鏈、非轉錄外顯子鏈和3'UTR的非轉錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢不變，復制起點和增強子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高6.88倍和3.03倍。 英拜生物對實驗可行性分析。結腸炎課題分子生物學
5.Caspase-11缺乏抑制小鼠肝細胞焦亡
我們評估了Caspase-11缺乏對MCD處理后小鼠焦亡活化的影響。我們檢測了Gsdmd和IL-1β的***，這是焦亡的兩個關鍵因素。我們在未處理的野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟中檢測到類似的Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)和pro-IL-1β(圖5A和D)蛋白水平。此外，我們在野生型和Caspase-11缺陷小鼠的肝臟中均未檢測到成熟的IL-1β蛋白(圖5A和E)。MCD處理誘導了野生型小鼠肝臟中pro-Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)、pro-IL-1β(圖5A和D)和成熟IL-β(圖5A和E)的表達，表明MCD誘導了Gsdmd和IL-1β的***。相比之下，與MCD處理的野生型相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中pro-Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)、pro-IL-1β(圖5A和D)和成熟IL-β(圖5A和E)的蛋白水平***降低。 實驗設計課題基礎實驗外包表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。
乳腺*(BrCa)是世界范圍內**常見的**，診斷為IV期患者的5年相對生存率有所下降。晚期BrCa被認為是不可***的，目前仍缺乏有效的***策略。識別和表征新的**抑制基因對于建立有效的晚期BrCa預后生物標志物或***靶點非常重要。2021年3月發表于Theranostics（IF=11.556）的文獻“Tumor suppressor DRD2 facilitates M1 macrophages and restricts NF-κB signaling to trigger pyroptosis in breast cancer”對此展開了研究。在本文中，在BrCa中，DRD2被發現由于啟動子甲基化而下調。DRD2的高表達與更長的生存時間正相關，尤其是在HER2陽性患者中。DRD2還能促進BrCa細胞對紫杉醇的敏感性。DRD2異位表達***抑制BrCa**發生。在體內和體外，DRD2也能誘導細胞凋亡和壞死。DRD2通過與β-arrestin2、DDX5和eEF1A2相互作用抑制NF-κB信號通路的***。有趣的是，DRD2還調節微環境，促進巨噬細胞M1極化，并觸發GSDME執行的焦亡。
比較SLE-1和SLE-2組的轉錄表達譜，結果顯示，除ISGs外，mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達差異比較大（Fig. 1c, d）。總之，SLE患者純化T細胞的轉錄組學分析根據ISG表達水平將其分為兩組，表達高I型IFN標記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關代謝途徑的表達減少，在CD8 + T細胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關的線粒體功能失調。
2、ISGs高表達患者CD8+T細胞線粒體異常
在研究I型IFN信號與線粒體異常之間的潛在聯系之前，應用計算機模擬和體外相結合的方法，根據I型IFN信號的強弱程度對SLE患者進行分層：高水平的ISGs(IFN-high)、低水平的ISGs(IFN-low)和無ISGs(IFN-Neg)。隨后，探究IFN-high和IFN-Neg的SLE患者中T細胞的線粒體基因型，以類風濕性關節炎（RA）患者為疾病對照。結果發現，與健康組，IFN-Neg組和RA組相比，來源于IFN-high的SLE患者的CD8+T細胞表現出線粒體大小增加（圖2a,b）和線粒體膜超極化（圖2c）。在IFN-High的SLE患者中，也觀察到細胞ROS(cROS)陽性CD8+T細胞比例增加，但只是線粒體ROS(mROS)染色細胞比例有上升趨勢（圖2d）。在IFN-Neg的SLE患者中也檢測到更高比例cROS陽性細胞，這表明了一種疾病特異性效應（圖2d）。 高通量測序后續的機制實驗。
circRNA是一種新型的非編碼RNA，已被報道通過多種機制參與疾病的發生和發展。MAPK通路是一種常見的信號轉導通路，參與細胞增殖、炎癥和凋亡，在**中起著特別重要的作用。然而，與MAPK通路相關的circRNA在胃*中的作用尚未被探索。因此，小編為大家帶來一篇于2021年4月發表于影響因子為15.302的雜志Molecular Cancer上的文章“A novel protein encoded by circMAPK1 inhibits progression of gastric cancer by suppressing activation of MAPK signaling”。在本研究中，我們發現circMAPK1在胃*組織中較鄰近正常組織表達下調。重要的是，較低的circMAPK1表達預示著GC患者較差的生存。CircMAPK1在體內外均能抑制胃*細胞的增殖和侵襲。接下來，我們發現circMAPK1編碼了一個長度為109個氨基酸的新蛋白。通過一系列功能實驗，我們證實了circMAPK1通過編碼的蛋白MAPK1-109aa發揮了抑制**的作用。在機制上，**抑制因子MAPK1-109aa通過競爭性結合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化，從而抑制MAPK1及其下游因子在MAPK通路中的***。可以上傳原始的fast文件。TBI課題
外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物。結腸炎課題分子生物學
CD8+T細胞是**重要的**適應性免疫調節細胞，通過直接殺死*細胞來介導抗**免疫。PD-1抑制***CD8+T細胞以增加T細胞***，從而導致**消退。因此，CD8+T細胞的***可能是通過免疫療法***LSCC的關鍵。這篇文章以生信分析開篇，篩選出關鍵基因后在動物模型與臨床樣本中進行了簡單的驗證。實驗思路如下：
1.下載GEO數據并進行數據篩選下載數據集GSE17710，選擇變異系數＞0.1的5000個基因進行后續WGCNA分析2.CIBERSORT分析免疫浸潤分析獲得每個樣本中22種免疫細胞的豐度，選擇T細胞作為WGCNA分析的性狀**（其中，T細胞包括7中亞型）3.WGCNA構建基因網絡使用R包“WGCNA”對5000個WGCNA分析，構建LSCC基因共表達網絡，軟閾值β=5（R2=0.9）構建無標度網絡。動態混合切割來建立分層聚類樹，樹枝**了一系列具有相似表達數據的基因，每個樹葉**了樹上的單個基因。生成了十八個模塊。 結腸炎課題分子生物學
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗