三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動態
由于技術限制，scRNA-seq難以檢測低豐度轉錄本（如轉錄因子TFs），而通過染色質的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細胞的單細胞染色質可及性，分別對18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個細胞進行了測序，基于SNN算法，共得到7個不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數據中檢測了所選標記基因的可及性，與干細胞相關的標記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細胞的未分化特性一致(圖3B)。生成的軌跡顯示出兩個分支，每個分支的染色質可及性和分化有明顯的趨勢(圖3D和3E)。 細菌可能是導致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。甲基科研實驗可參觀
熒光原位雜交和核胞質RNA分數實驗結果顯示，MIR210HG在Ishikawa細胞和HEC-1A細胞中均位于核和細胞質內(圖3D和3E)。我們假設MIR210HG對miRNAs起海綿作用。為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數據庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，23個miRNA轉染細胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***降低，其中轉染miR-337-3p和miR-137時，熒光素酶活性降低**多。利用生物信息學數據庫TargetScan預測miR-337-3p和miR-137中與HMGA2結合的位點。雙熒光素酶基因報告基因檢測結果顯示，miR-337-3p和miR-137在其預測的結合位點上結合HMGA2(圖3H)。細胞質科研中標率高METTL14的上調可以通過m6A修飾降低PERP水平。
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)信號通路在**中經常過度***。在胞外刺激下，I類PI3K在質膜內葉上轉化為磷脂酰肌醇3,4,5-三磷酸(PI(3,4,5)P3)，通過肌醇聚磷酸5-磷酸酶快速轉化為磷脂酰肌醇3,4-二磷酸(PI(3,4)P2)。PI(3,4,5)P3和PI(3,4)P2共同增加了致*PI3K信號的中樞效應蛋白激酶AKT2,3的招募和***。PI(3,4,5) P3/PI(3,4)P2信號通路***質膜上的許多其他效應因子，包括蛋白激酶PDK1，該蛋白激酶進而磷酸化AKT和其他AGC激酶，如SGK34。**抑制因子，磷酸酶和張力蛋白同源物(PTEN)，將PI(3,4,5)P3轉化為PI(4,5)P2，從而抑制PI3K/AKT信號。II類肌醇多磷酸4-磷酸酶(INPP4B)可使I類PI3K下游的PI(3,4)P2去磷酸化，形成磷脂酰肌醇3-磷酸(PI(3)P)，也可抑制AKT信號，并被認為在某些**中起抑*作用。
靶向**相關巨噬細胞(TAMs)是一種很有前途的策略，可以改變免疫抑制**微環境，改善**免疫***。單胺氧化酶A (MAO-A)是一種因其在大腦中的功能而***的酶，小分子MAO抑制劑(MAOIs)用于臨床***神經系統疾病。這里作者發現MAO-A誘導人和小鼠的TAMs進而可用于**的免疫***。該文2021年6月發表于《nature communications》IF：14.919期刊上。
主要實驗結果：1、MAO-A缺陷小鼠顯示與TAM極化改變相關的**生長減少
將同基因B16-OVA黑色素瘤接種給C57BL/6J小鼠，分離出TAM并評估TAM基因表達譜。除了參與調節巨噬細胞免疫應答的經典基因的變化，還觀察到一個Maoa基因在TAMs中的上調表達（圖1a），這表明MAO-A可能參與了TAM活性的調節。 英拜生物擁有一支高精尖的技術豐富的技術團隊。
六、INPP4B通過增強GSK3β的溶酶體降解促進pi3k依賴的Wnt/β-catenin信號轉導
通過nanoString RNA譜分析，我們檢測了GFP-INPP4B和gfp載體表達MCF-7細胞中已知的**通路，結果顯示幾種Wnt/β-catenin通路基因的表達發生了改變(圖6a)。定量RTPCR證實GFP-INPP4B-MCF-7細胞中Wnt/β-catenin靶基因AXIN2(1.8倍)、LEF1(5.6倍)、DKK1(3.3倍)和MYCN(2倍)的mRNA表達增加，表明Wnt/β-catenin信號通路增加(圖6b)。它結合TCF/LEF轉錄因子，促進Wnt靶基因的轉錄。Wnt/β-catenin信號通路被Wnt3a和R-spondin處理***，在這些條件下，與gfp載體對照相比，GFP-INPP4B細胞表現出AXIN2 mRNA表達和非磷酸化-β- catenins33 /S37/T41(活性-β-catenin)水平增加(圖6c, d)。 英拜提供生命科學內的一體化服務。丁酸水平科研中標率高
大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。甲基科研實驗可參觀
4.YTHDC2抑制依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取
Xc-系統是一個胱氨酸/谷氨酸逆向轉運蛋白，捕獲細胞外的胱氨酸，用于谷胱甘肽的合成，以交換谷氨酸的釋放。在圖3中，被抑制的Xc-系統功能與YTHDC2受損的胱氨酸攝取有關，然而YTHDC2如何調節Xc-系統依然未知。文獻報道催化亞基SLC7A11在維持Xc-系統活性方面起著重要作用。作者通過IB和RT-qPCR發現，SLC7A11蛋白和mRNA水平均受YTHDC2負調控(圖4A、B)。在小鼠中，與KPE和KPYΔYTH小鼠相比，KPYWT小鼠的**中SLC7A11表達下調(圖4C、D)。這證明YTH結構域是YTHDC2抑制SLC7A11表達的前提。 甲基科研實驗可參觀
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗