二、偽時間軌跡，染色質可及性和基因表達分析揭示Flow-Dependent內皮細胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細胞類型:(1)ec，(2)免疫細胞(巨噬細胞，樹突狀細胞和T細胞)，以及(3)SMCs和纖維細胞(圖3A)。此外，在每一細胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細胞出現，表明它們響應d-flow的過渡性去分化狀態。為了更好地理解軌跡結果，我們將分析分為四種實驗條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細胞分化良好，少數細胞處于過渡狀態。相反，d-flow條件誘導許多ec進入過渡狀態，潛在地向smc和纖維轉化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發現許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細胞轉移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進一步增加。 評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。標志物科研整體服務
接著作者為了進一步證明YTHDC2與LUAD的關系，與相鄰的*旁組織相比，在LUAD**中觀察到YTHDC2 mRNA和蛋白的***下調(圖1E-G)，組織芯片檢測(TMA)評估cohort #1中YTHDC2的表達，結果顯示51% (98/192) LUAD患者的YTHDC2表達下調(圖1H、I)。值得注意的是，YTHDC2表達下調與更大的**直徑和更晚期的分期相關(圖1J、K)。表明抑制YTHDC2可促進LUAD的**進展。
2.過表達YTHDC2抑制細胞活力和**發生為了探索YTHDC2在體內的m6A解讀器功能，作者構建AAV5表達系統(KPYWT、KPYΔYTH和對照KPE)(圖2A)。與KPE小鼠***25周后的**相比，KPYWT和KPYΔYTH小鼠的**證實了YTHDC2持續上調(圖2B)，這表明AAV5表達系統具有持久的效率。雖然YTHDC2不能阻止**的發生，但**發生時間延遲，**負荷明顯受到抑制，KPYWT小鼠的生存時間比KPE小鼠和KPYΔYTH小鼠更長(圖2C-F)。 細胞發育與分化科研省自然科學基金上海英拜生物提供可靠可信可參觀的實驗平臺。
LC3陽性囊泡在質膜損傷后在修復部位積聚用激光照射*細胞MCF7，致使細胞膜上形成小孔。使用膜不可滲透的FM1-43染料測量膜完整性，發現在Ca2+存在下，細胞能夠在20到30s內修復它們的質膜(Fig.1,AandB,left)；在缺乏Ca2+的培養基中受損的細胞無法修復并繼續吸收細胞不可滲透的染料(Fig.1B,right)。使用穩定表達融合蛋白增強型綠色熒光蛋白(eGFP)-LC3的MCF7細胞研究激光照射后自噬是否參與該過程，結果顯示，LC3陽性點在損傷后大約8-10min開始在修復部位形成（Fig.1C）；在未損傷區域中LC3陽性點未增加（Fig.1D）；LC3依賴于ATG7（Fig.1E-H）。
一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數據不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例原發人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(圖1c)。INPP4B表達降低與三陰性乳腺*相關，而***增加的INPP4B表達在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(圖1c, d和補充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數據集，我們發現只有1%的乳腺*表現出INPP4B基因改變，如突變、截斷、擴增或缺失。INPP4B mRNA表達與PTEN或AKT1突變無關，但與pik3a突變狀態正相關(圖1e和補充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達也***升高(補充圖1g)。進一步分層研究發現，INPP4B高表達與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(圖1f)。 FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。
為了研究ESCRT-III在ferroptosis中的功能作用，作者評估了抑制CHMP4B對NIH-3T3細胞死亡的影響(圖5A, B)。與對照組相比，CHMP4B敲除細胞的死亡發生率更高、更快，特別是在早期時間點(1-3 h)，這表明CHMP4B的缺失導致細胞對ferroptosis的敏感性更高。另外，作者使用蛋白質組譜儀XL細胞因子陣列試劑盒(圖5C)，確定ferroptosis是否可以直接調節不同細胞系和不同處理下的細胞因子分泌。在誘導ferroptosis時，作者檢測到細胞因子亞群水平的變化，這些變化與細胞系和***有關。此外，敲除CHMP4B改變了RSL3處理后獲得的細胞因子譜(圖5C, D)。這些結果表明，盡管具體的細胞因子改變依賴于***，但ESCRT-III通常影響ferroptotic細胞的細胞因子分泌。另外，RSL3處理的沉默CHMP4B細胞的上清能夠增加小鼠巨噬細胞的CD14表面表達(圖5E)。這些結果表明，與壞死和焦亡相似，ESCRT-III也調節ferroptotic細胞的免疫輸出。
結論：ESCRT-III在ferroptosis微環境中調節細胞因子水平，揭示了這一機制在調控ferroptosis炎癥的作用。這些發現支持了一個普遍的模型，在這個模型中，質膜孔的形成和膜修復是控制不同類型的壞死及其炎癥特征的中心和相反的調控機制。 大黃酸處理改變腸道菌群組成。廣州上皮細胞科研
大黃酸可以改變腸道菌群組成。標志物科研整體服務
1、白樺素作為SREBP加工特異性抑制劑的鑒定
構建了一個由含SRE啟動子驅動的熒光素酶報告基因，并從人肝*細胞系Huh-7中生成了穩定表達該報告基因的細胞系(命名為Huh-7/SRE-Luc)。然后將該細胞與不同化合物孵育，并進行熒光素酶活性測定。有趣的是，只有白樺素[lup-20(29)-ene-3b,28-diol]有效降低了熒光素酶的活性。白樺素是一種天然存在的五環三萜，可以很容易地從樺樹皮中提取出來(比較高可達干重的30%)。
作者直接檢測了白樺素對SREBP加工的影響和特異性，并與25-HC進行比較。25-HC有三個主要作用：通過抑制SREBP-2的切割降低n-SREBP-2(圖1A)；***LXR，進而上調SREBP-1的轉錄，導致n-SREBP-1的增加(圖1A)；促進HMG-CoA還原酶(HMGCR)的降解，HMGCR是膽固醇生物合成中的限速酶(圖1B)。另一方面，白樺素有效降低了內源性的n-SREBP-1和n-SREBP-2(圖1A)，表明白樺素在不***LXR的情況下抑制了SREBP的加工。 標志物科研整體服務
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗