北京細胞連接通路發現者科研

來源: 發布時間:2021-10-21

HoxBlinc直接與靶基因結合,介導染色質相互作用,驅動HSPC中的基因調控網絡

CTCF邊界促進了受限拓撲相關域(TADs)內增強子/啟動子的相互作用。作者之前報道了后HOXA位點的CTCF邊界建立和維持活躍的TAD,以驅動后HOXA基因表達。為了研究HoxBlinc過表達是否會影響CTCF定義的HoxB位點前TAD域和增強子/啟動子調控網絡,使用高通量測序捕捉環狀染色體構象(4C-seq)使用HoxB位點CTCF結合位點(cbs)作為HoxBlincTg與WTLin?c-Kit+細胞(圖5a)。有趣的是,HoxBlinc過表達增強了這些由CBS5/5和/或+43CBS介導的HoxB前位點內的長程相互作用(圖5b)。而+73KbCBS(+73CBS)和HoxB13CBS(CBS13)與前HoxB基因不互作,盡管+73CBS與CBS5/6和CBS8/9存在交互作用,但不受HoxBlinc過表達的影響(圖5b)。此外,HoxBlinc過表達也誘導了CBS4/5和/或+43CBS與HoxBlinc靶基因如Stat1、Crd2和后HoxA基因啟動子區域的長程相互作用,而非HoxBlinc靶基因HoxD(圖5c)。這些數據表明,HoxBlinc與CBS4/5和+43CBS協調,促進并維持與NPM1c+標記基因位點的長期染色質相互作用,從而***它們。 FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。北京細胞連接通路發現者科研

驗證LIR基序突變影響自噬

在HEK293T細胞中進行co-IP,結果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結構。進一步研究發現,STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結合,進而影響自噬指標的表達。

5.  在臨床樣本中檢測STBD1的表達

在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平,結果表明STBD1在*組織中***下調,與之前的預測結果一致。

6.細胞實驗研究STBD1的功能

在多種*細胞中進行細胞功能實驗,STBD1抑制*細胞生長,突變W203C會部分回復STBD1的抑制作用。

7.動物實驗驗證STBD1的功能

裸鼠成瘤實驗表明,STBD1抑制**生長。

8.轉錄組、代謝組分析

在細胞中干擾STBD1,然后進行轉錄組測序,分析表達水平***改變的基因,并進行通路富集分析。分析發現,STBD1抑制**生長可能是通過改變基因轉錄和重塑糖酵解/糖異生途徑。

為了進一步驗證STBD1是否重塑代謝,進行代謝組分析。結果表明,STBD1敲除后糖酵解增強。

9.構建LIRCP調節網絡

將LAMs對應蛋白、自噬相關基因按照生物學功能聚類,構建調節網絡,將自噬與**聯系起來。 遼寧TH系列科研專注于生命科學內的前沿研究。

氧化應激增強版PCR芯片可以用于檢測84個與氧化應激相關的基因,以及確定實驗樣品中的氧化應激信號通路活性是否增加或者發生變化。該芯片涵蓋的基因有:過氧化物酶,比如谷胱甘肽過氧化物酶(GPx)和peroxiredoxins(TPX);與氧自由基(ROS)代謝相關的基因,比如氧化應激反應基因;與超氧化物代謝相關的基因,比如超氧化物歧化酶(SOD);此外,這款芯片還包含了16個經過實驗驗證的分子標記物基因,通過這16個基因的表達數據以及特定的分類算法,可以計算樣品中該信號通路的活性分值。每張芯片中還包含了一系列內參,以便于客戶通過00CT法對數據進行相對定量分析,評估逆轉錄和PCR的效率,判斷是否存在基因組DNA污染。通過實時定量PCR方法,研究者可以方便并且可信地判斷氧化應激通路的活性,并對相關基因的表達進行集中的分析。

SP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡

我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A,B所示,用Nec-1,Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡,表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節性細胞死亡,它與包括肺*在內的**生長的發病機制有關。因此,我們使用兩種鐵死亡抑制劑,Fer-1和Lip-1,探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A,B所示,鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中,集落形成被抑制,但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。 神經元中FTH的敲除抵消了褪黑素對創傷性腦損傷鐵死亡的保護作用。

二、改進標簽轉移和差異分析

研究了方法差異對下游生物學分析的影響

A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.

C使用這些工具,中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分,與核基方法相比,滲透性細胞產生了更多具有高標記轉移評分的細胞.

D所有方法產生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞,這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中,CD16+單核細胞可能丟失,或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型. 文章使用FMT(糞微生態移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結腸炎有療效。深圳壞死性小腸結腸炎小鼠模型科研

英拜注重客戶的隱私。北京細胞連接通路發現者科研

    HE染色服務免疫組化實驗技術服務免疫組織化學技術又稱免疫細胞化學技術,是利用特異性抗原抗體結合性質定量檢測化學物質的技術。應用免疫學基本原理--抗原抗體反應,即抗原與抗體特異性結合的原理,通過化學反應使標記抗體的顯色劑(熒光素、酶、金屬離子、同位素)顯色來確定組織細胞內抗原(多肽和蛋白質),對其進行定位、定性及定量的研究。HE染色服務免疫組化實驗技術服務HE染色蘇木精—伊紅染色法(hematoxylin-eosinstaining),簡稱HE染色法,石蠟切片技術里常用的染色法之一。蘇木精染液為堿性,主要使細胞核內的染色質與胞質內的核酸著紫藍色;伊紅為酸性染料,主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。HE染色法是組織學、胚胎學、病理學教學與科研中基本、使用比較廣的技術方法。北京細胞連接通路發現者科研

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5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗

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