在缺氧條件下的持續***誘導不同的細胞內程序
已知的缺氧信號靶點BNIP3在缺氧下升高，mTORC1在持續刺激下被***(圖3a)。從這四種條件中獲得的RNA序列被用來比較培養物和之前公布的數據之間的轉錄組。主成分分析顯示，所有四個群體的轉錄組都不同(圖3b)。缺氧條件下的持續刺激并沒有誘導持續刺激和缺氧誘導基因的組合，而是驅動了一個不同的轉錄譜(圖3c）。基因本體論表明，連續刺激條件之間共享的基因簇與負調控和代謝變化相關(簇3和簇5)(圖3b)。與缺氧條件下持續刺激相關的基因(聚類1和7)主要由抗病毒和抗增殖基因驅動。 METTL14上調促進胰腺*生長和轉移。代謝綜合癥MS鼠模型科研實驗可參觀
熒光原位雜交和核胞質RNA分數實驗結果顯示，MIR210HG在Ishikawa細胞和HEC-1A細胞中均位于核和細胞質內(圖3D和3E)。我們假設MIR210HG對miRNAs起海綿作用。為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數據庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，23個miRNA轉染細胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***降低，其中轉染miR-337-3p和miR-137時，熒光素酶活性降低**多。利用生物信息學數據庫TargetScan預測miR-337-3p和miR-137中與HMGA2結合的位點。雙熒光素酶基因報告基因檢測結果顯示，miR-337-3p和miR-137在其預測的結合位點上結合HMGA2(圖3H)。表觀遺傳科研省自然科學基金嘌呤在細胞中執行許多重要的功能。
顯微圖像補充了流式細胞術數據，顯示在來IFN-High的SLE的CD8+ T細胞中，線粒體在形態上與IFN -Neg的SLE患者不同，在IFN-High CD8+ T細胞中，每個細胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述，這些數據表明，在SLE患者中，長期暴露IFNα可能會觸發CD8+細胞的線粒體變化，但不會觸發CD4+和T細胞的線粒體變化，這可能導致代謝紊亂的細胞，對其功能具有潛在的影響。
3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細胞的SRC減少
接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細胞外通量分析儀，發現IFN-Neg患者的CD8+T細胞具有與HC相似的基礎和比較大耗氧量率(OCR)，而IFN-High患者的CD8+T細胞表現出較少的基礎和比較大OCR（圖3a）。
7）miR-155負調控SOCS6表達，***NF-κB通路
為了進一步探討外泌體miR-155誘導EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機制，我們重點研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標數據庫預測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結合(圖7A)。結合GSE49329和GSE49330數據庫，我們發現miR-155的表達與SOCS6的表達呈負相關(圖7B)。為了進一步證實SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標，我們根據預測的結合位點(圖7C)構建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。熒光素酶報告實驗顯示，與對照組相比，共轉染SOCS6的WT-3’UTR時，miR-155過表達明顯降低了熒光素酶活性(圖7D)。qRT-PCR和westernblot進一步顯示，miR-155過表達導致SOCS6表達降低，而miR-155敲低上調SOCS6mRNA和蛋白水平(圖7E和F)。GO分析顯示miR-155可以負向調控細胞-細胞粘附，參與調控成纖維細胞增殖(圖7G)。從GO分析可知，miR-155可能介導NF-κB信號通路(圖7G)。過表達miR-155可***提高細胞質和細胞核中p65蛋白的水平，而敲低miR-155可起到相反的作用(圖7H)。 m6A表達水平較高的**患者淋巴轉移***增加。
四、原始和committed亞型的免疫表型
我們采用質譜耦合流式細胞儀(CyTOF)分析，在單細胞水平上探討9例原始AML npm1突變和8例committed npm1突變的患者的免疫表型差異。我們使用細胞術(diffcyt)27管道來計算定義具有相似高維表型的細胞群(免疫表型簇)。每個免疫表型聚類映射到二維t-隨機近鄰嵌入(t-SNE)圖上的離散區域(圖4A;補充圖20、21)，證實它們表達不同的免疫表型。分析顯示，七種不同水平的CD45和造血祖細胞標記物(CD34, CD38)或骨髓單核細胞分化標記物(CD33, CD14, CD11c, CD16, HLA-DR)的惡性免疫表型集群在這兩種亞型之間差異豐富(圖4B，C)。確診病例中也包含較高豐度的非白血病免疫表型集群，包括CD45hi T (CD3+)、B (CD19+)和NK (CD3 CD56+ CD16+)細胞(補充圖20)。 METTL14是其***的潛在靶點。染色科研實驗外包
為了闡明胰腺*中m6A水平升高的分子機制。代謝綜合癥MS鼠模型科研實驗可參觀
同樣，Transwell實驗(圖5h)也證明了**細胞的遷移能力。綜上所述，circMAPK1在沒有其編碼蛋白MAPK1-109aa的情況下，不能抑制GC細胞的惡性表型。隨后，為了進一步驗證MAPK1-109aa的功能，我們在SGC7901和MGC803細胞中恢復了MAPK1-109aa的表達，無論是否穩定敲除circMAPK1，Western blot驗證了這一點(圖6a)。將MAPK1-109aa質粒轉染到SGC7901和MGC803細胞株后，細胞的增殖能力(圖6b-g)和遷移能力(圖6h)得到了有效的抑制。在轉染了shcirMAPK1的細胞系中，恢復了MAPK1-109aa的表達也逆轉了穩定敲除circMAPK1所導致的惡性表型。綜上所述，上述結果表明circMAPK1對GC細胞惡性生物學行為的抑制作用依賴于其編碼蛋白MAPK1-109aa。代謝綜合癥MS鼠模型科研實驗可參觀
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗