蛋白組學科研中標率高

來源: 發(fā)布時間:2021-10-23

采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+PBS組,而Muribaculaceae和Alloprevotella屬富集于DHEA+PBS和DHEA+tempol組(圖5A-B),這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結(jié)構(gòu)。通過分析細菌分類在門和屬水平上的相似性程度,進一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上,厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個類群的優(yōu)勢門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、Patescibacteria、軟毛桿菌門(Tenericutes)和Verrucomicrobia的豐度,減少了psilonbacteraeota和變形菌門(Proteobacteria)的數(shù)量。然而,在tempol干預下,放線菌門、Patescibacteria門、變形菌門和Tenericutes門的變化減弱了(圖5D)。在屬水平上,Lachnospiraceae_NK4A136_group和Multibaculaceae為優(yōu)勢屬(圖5E)。DHEA***提高了thaauera、葡萄球菌、Ideonella、棒狀桿菌和瘤胃球菌_2的豐度,降低了瘤胃球菌_1的豐度。這些變化被tempol處理抵消了(圖5F)。細菌可能是導致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。蛋白組學科研中標率高

三、INPP4B促進晚期核內(nèi)體上PI(3,4)P2到PI(3)P的轉(zhuǎn)化

使用了幾種基于無偏性蛋白質(zhì)組學的技術(shù)來表征INPP4B在pik3a突變ER+乳腺*中的下游信號功能。首先,利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)進行全細胞蛋白質(zhì)組學研究,確定GFP-INPP4B與gfp載體表達MCF-7細胞中蛋白水平的差異(2倍)。功能注釋分析顯示,inpp4b過表達細胞中上調(diào)的蛋白與內(nèi)溶酶體系統(tǒng)密切相關(guān),內(nèi)溶酶體系統(tǒng)是介導細胞外受體和貨物內(nèi)化和降解的囊泡運輸途徑(圖3a)。免疫沉淀質(zhì)譜(IP-MS)對受EGF刺激的MCF-7細胞進行GFP-INPP4B蛋白復合物的分析,以***I類PI3K信號。從該分析中鑒定出的**富集的結(jié)合伙伴是RAB7A (Rab7),這是一種定位于晚期核內(nèi)體的小GTPase(圖3b)。GFP-INPP4B與內(nèi)源性Rab7的共免疫共沉淀證實了INPP4B與Rab7的結(jié)合(圖3c)。通過免疫電鏡進一步分析INPP4B定位于晚期核內(nèi)體,結(jié)果顯示GFPINPP4B定位于晚期核內(nèi)體的限制膜和內(nèi)膜(圖3d),之前的研究已經(jīng)確定了PI(3,4)P2和PI(3)P。 細胞系識別科研中標率高m6A表達水平較高的**患者淋巴轉(zhuǎn)移***增加。

這可能部分解釋了第3天巨噬細胞的增加。此外,流式細胞術(shù)數(shù)據(jù)顯示M2樣巨噬細胞(CD206+IL4RA+)的百分比在第1天(急性炎癥期)下降并從第3天開始增加(ADM階段),而這些M2樣巨噬細胞的數(shù)量在第3天達到峰值,然后迅速減少。此外,流式細胞術(shù)數(shù)據(jù)與免疫熒光分析一致,其中F4/80+CD206+細胞在第3天**豐富。

接下來,我們想知道這些CCR2+單核細胞/巨噬細胞是否可以在胰腺損傷后重新編程為M2樣巨噬細胞。在植入和誘導AP8周后,我們發(fā)現(xiàn)第3天的增殖巨噬細胞(Ki67+)主要來自CCR2WT小鼠。與來自CCR2KO小鼠的巨噬細胞相比,來自CCR2WT小鼠的巨噬細胞表現(xiàn)出更高的CD206和IL4RA表達水平。綜上所述,結(jié)果表明,ADM階段的M2樣巨噬細胞主要來源于CCR2+單核細胞/巨噬細胞,這些細胞在AP早期募集。

Pearson相關(guān)分析表明circACTN4的水平與BC組織中FUBP1的表達呈正相關(guān)。此外,MYC在BC組織中高表達,并與 FUBP1的表達呈正相關(guān)。為了確認ACTN4在BC中的生物學功能,構(gòu)建了ACTN4過表達和干擾質(zhì)粒,為了探究 circACTN4 的作用與 ACTN4 無關(guān),進行了共轉(zhuǎn)染實驗,結(jié)果表明 ACTN4 敲低不影響促進作用circACTN4 對 MYC 轉(zhuǎn)錄的過度表達,ACTN4 的上調(diào)并沒有逆轉(zhuǎn) qRT-PCR 和蛋白質(zhì)印跡對 circACTN4 敲低對 MYC 表達的抑制作用。WB結(jié)果表明circACTN4可以促進MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2的表達。這些數(shù)據(jù)表明 circACTN4 可以與 FUBP1 結(jié)合并促進 MYC 的表達。METTL14的上調(diào)可以通過m6A修飾降低PERP水平。

越來越多的證據(jù)表明**相關(guān)巨噬細胞(TAMs)和外泌體在轉(zhuǎn)移前niche(生態(tài)位)形成中發(fā)揮重要作用。TAMs是轉(zhuǎn)移前生態(tài)位形成和結(jié)直腸*肝轉(zhuǎn)移(CRLM)的基礎(chǔ)。然而,**來源的外泌體miRNAs與TAMs相互作用的分子機制仍然很大程度上未知。本研究發(fā)現(xiàn)**來源外泌體miR-934可以誘導巨噬細胞M2極化,進而促進CRC的肝轉(zhuǎn)移。該文于2020年11月發(fā)表在《Journal of Hematology and Oncology》IF:11.059期刊上。

1、miR-934表達升高與CRLM進展及預后不良呈正相關(guān)

為了揭示參與CRLM的miRNA,作者基于TCGA數(shù)據(jù)庫比較了CRC的1期**和4期**的miRNA表達譜,發(fā)現(xiàn)miR-934是在4期**中高表達差異表達*****的miRNA(Fig.1a,b)。此外,作者將110個CRC組織按有無肝轉(zhuǎn)移分為兩組,發(fā)現(xiàn)肝轉(zhuǎn)移組與未轉(zhuǎn)移組相比,組織和血清miR-934表達上調(diào)(Fig.1c,d)。接下來,為了研究miR-934在CRLM進展中的作用,使用ISH比較了miR-934在包含308個CRC樣本的組織芯片(TMA)中的表達,與正常粘膜組織相比,CRC組織中miR-934的表達明顯上調(diào);miR-934表達增加與T分期、M分期、晚期AJCC分期和**復發(fā)呈正相關(guān),尤其是在肝轉(zhuǎn)移的病例中(Fig.1e)。


尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。XIAP科研實驗可參觀

METTL14是其***的潛在靶點。蛋白組學科研中標率高

細胞間的相互作用在**進展和轉(zhuǎn)移中發(fā)揮關(guān)鍵作用。目前關(guān)于這些**細胞是如何與其他細胞相互交流的仍有很多是未知的。**釋放的外泌體被認為是**進行細胞間溝通的有效介質(zhì)。Dong等探索了肝細胞*(HCC)外泌體在其轉(zhuǎn)移和預后價值中的功能。本文于2021年6月發(fā)表在《Signal Transduction and Targeted Therapy》期刊上,IF:13.493。

1、外泌體的分離與鑒定以及HCC細胞的釋放和吸收

使用投射電子顯微鏡觀察了外泌體的形態(tài)和形狀;納米粒子**分析發(fā)現(xiàn)外泌體直徑在40-200nm之間,并且在6個HCC細胞系外泌體中都檢測到了外泌體標志物CD63,CD9,和Alix的表達;然后使用DIO標記高轉(zhuǎn)移性HCC細胞的外泌體(HMH-exo)和低轉(zhuǎn)移性HCC細胞外泌體(LMH-exo),在激光掃描共焦顯微鏡下觀察到綠色標記的HMH-exo和LMH-exo都可以被低轉(zhuǎn)移性HCC細胞細胞系有效吸收(圖1)。這些結(jié)果表明已經(jīng)成功分離和純化HCC來源的外泌體并且他們可以被其它HCC細胞吸收。 蛋白組學科研中標率高

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5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗

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