在單細胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應用于高度特定的功能免疫細胞類型。我們系統(tǒng)地測試了PBMCs的全細胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測量中超過了傳統(tǒng)的細胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細胞方法可以與基于液滴的多組學平臺相結(jié)合，從而能夠同時測量細胞的三個不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標記抗體)和DNA(通過scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)。總之，對單細胞水平上基因調(diào)控和表達的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。circNDUFB2敲低可降低細胞培養(yǎng)上清液中這些細胞因子的水平。TRF標書上海
從各組小鼠中分離出外周血CD4+T細胞，結(jié)果顯示miR-208b-OE組中PDCD4的***下調(diào)，miR-208-KD組的結(jié)果則相反(圖7E和7F)。然而，在PDCD4mRNA水平上沒有觀察到差異(圖7G)。從血清中分離出外泌體，檢測miR-208b水平(圖7H)。如預期的，miR-208b在miR-208b-OE組中***升高，而miR-208b-KD組中miR-208b水平下降(圖7I)。這些結(jié)果表明，**分泌的miR-208b在體內(nèi)可以充分地傳遞到CD4+T細胞中，抑制PDCD4的表達。此外，這種現(xiàn)象在奧沙利鉑***組更加***(miR-208b-OE+OXA和miR-208b-KD+OXA)。浙江SCI標書FMT處理可能促進了創(chuàng)傷性脊髓損傷后神經(jīng)元的存活和軸突再生。
作為一種典型的G蛋白偶聯(lián)受體， DRD2的內(nèi)化誘導其受體β-arrestin2在質(zhì)膜上的募集，并增加其與β-arrestin2的親和力。LPS和CM刺激了DRD2和β-arrestin2的蛋白-蛋白結(jié)合(圖5F-G)。同時，通過IF染色觀察到，經(jīng)過LPS處理后，DRD2似乎在細胞質(zhì)中與p-p65結(jié)合(圖5A)， Co-IP和IB進一步證實了這種結(jié)合(圖5F)。據(jù)報道，β-arrestin2信號的***會破壞星形膠質(zhì)細胞中TAK1-Tab1的結(jié)合，而這種結(jié)合對于TAK1的***至關(guān)重要。本研究還證實，內(nèi)化的DRD2可以促進TAB1與β-arrestin2的結(jié)合，削弱TAB1與TAK1的結(jié)合(圖5H)。綜上所述，DRD2***的β-arrestin2通過競爭性地結(jié)合TAB1來拮抗TAK1的磷酸化。
4）LINC00926通過增強STUB1介導的泛素-蛋白酶體途徑調(diào)節(jié)PGK1蛋白的穩(wěn)定性
亞細胞定位結(jié)果顯示，LINC00926主要定位于細胞質(zhì)，F(xiàn)ISH實驗進一步證實了這一點(圖4A和4B)。結(jié)合LINC00926沒有改變PGK1mRNA水平的事實，我們推測LINC00926在轉(zhuǎn)錄后水平下調(diào)了PGK1的表達。事實上，蛋白酶體抑制劑MG132的加入阻斷了LINC00926過表達介導的PGK1降解，這表明泛素-蛋白酶體途徑參與了LINC00926對PGK1蛋白穩(wěn)定性的調(diào)節(jié)(圖4C)。LINC00926過表達增加PGK1泛素化(圖4D)。下調(diào)LINC00926基因后，PGK1蛋白水平升高，泛素化水平降低(圖4E)。為了尋找負責LINC00926調(diào)控PGK1蛋白穩(wěn)定性的E3泛素連接酶STUB1，我們接下來通過RNA下拉實驗確定了LINC00926在乳腺*細胞中的蛋白伴侶。質(zhì)譜分析結(jié)果顯示了特異性差異表達譜帶。 我們進行了熒光素酶報告基因檢測.
利用高通量RNA-seq和m6A-seq鑒定WTAP靶基因
為了進一步驗證WTAP介導的m6A甲基化對DLBCL細胞的影響，對對照組和WTAP缺失的SU-DHL-8細胞進行m6A測序(m6A-seq)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，一致motifDRACH在免疫純化的RNA中富集(圖5A)，m6A位點主要存在于外顯子和3’-UTR中，且m6A位點在終止密碼子附近富集程度比較高(圖5B)，并通過篩選差異表達基因中出現(xiàn)的m6A低甲基化峰，鑒定出136個基因(圖5C)。HK2基因有助于**高糖酵解率，同時DLBCL在缺氧脅迫下促進生長需要HK2。GSEA分析表明，WTAP的潛在靶基因與缺氧信號***相關(guān)(圖5D)，提示HK2是DLBCL中WTAP的關(guān)鍵靶基因。m6A-seq數(shù)據(jù)顯示，WTAP靶向HK2轉(zhuǎn)錄本的5’-UTR,WTAP的敲除導致5’-UTR的m6A水平***下降(圖5E)。***作者為了驗證HK2是否是WTAP靶基因，通過構(gòu)建熒光素酶報告載體和CRISPR/CAS9敲除實驗，證明了HK2是WTAP在DLBCL中的直接下游靶點(圖5F,5G,5H,5I,5J)。 circRNAs在**的發(fā)展和進展中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用.北京snoRNA標書
FMT處理調(diào)節(jié)SCI小鼠的腸道微生物組成。TRF標書上海
PGE2增強IL4Rα信號以增強巨噬細胞的M2***巨噬細胞能夠響應可變的局部微環(huán)境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經(jīng)典的信號級聯(lián)（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發(fā)的代謝線索，以***它們的M2表型。在這里，我們想知道PGE2是否也參與了AP損傷后胰腺巨噬細胞的M2極化。為此，我們首先檢查了AP損傷后PGE2的動態(tài)表達。COX1和COX2是產(chǎn)生前列腺素的兩種關(guān)鍵酶。在這里我們發(fā)現(xiàn)Ptgs2(COX2)的表達在第3天達到峰值，而Ptgs1(COX1)的表達在第1天下降并在第3天回到基礎(chǔ)水平。一致地，免疫熒光分析顯示PGE2在第3天升高，并在第5天迅速恢復到基礎(chǔ)水平。值得注意的是，PGE2在第3天主要與導管樣細胞（CK19+細胞）共表達，以及部分與巨噬細胞（F4/80+細胞）共表達。此外，根據(jù)我們的RNA-seq數(shù)據(jù)和流式細胞術(shù)分析，我們發(fā)現(xiàn)巨噬細胞中COX2的表達也在第3天達到峰值。更有趣的是，與IL4Rα-巨噬細胞和單核細胞相比，IL4Rα+巨噬細胞表達了更高水平的COX2。TRF標書上海
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