如圖5所示,E8中的d-flow改變了白細胞流量和炎癥標志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調節(Adamts4, Lamb1, Timp3,和Timp4);血管調節(Nos3, Ptgs2,和Edn1);和脂質代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll),并與E2的s-flow進行比較(圖5A-5D)。這些結果表明,d-flow***了致***的內皮反應,同時通過改變轉錄和染色質可及性水平上的基因表達來抑制抗***通路。
三、體內血流依賴TF結合基序的鑒定
使用Signac和ChromVar軟件包通過我們的scATAC-seq數據集來識別流敏感的TF結合基序(圖6)。在每個內皮聚類(E1- E8)中識別出前20個TF結合基序,并繪制成熱圖(圖6A)。圖6B和6C顯示了TF結合基序和它們被發現的各自的細胞簇。 circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平。江蘇MCD誘導標書
以上數據提示,miR-934異常高表達與結直腸***進展及肝轉移***相關。生存分析顯示,與miR-934表達較低的患者相比,miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低(Fig.1f,g)。因此,在CRLM患者中,miR-934高表達與CRLM進展和預后不良呈正相關。
2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中
miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞(Fig.2a)。隨后,研究發現HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質(Fig.2b,c)。并且,miR-934在CM中的表達不隨RNaseA的處理而改變,而隨RNaseA+TritonX-100的處理***下降(Fig.2d),這表明細胞外的miR-934被膜包裹,而不是直接分泌。因此,推測miR-934可能是被外泌體傳輸。電鏡和納米顆粒追蹤分析表明,miR-934表達水平較高的CRC細胞分泌的外泌體比miR-934表達水平較低的CRC細胞分泌的外泌體更多(Fig.2e,f)。各組外泌體標志物CD9,ALIX,TSG101均被WB檢測到(Fig.2g)。為了闡明miR-934是否主要來源于CRC細胞的外泌體,使用GW4869抑制CRC細胞的外泌體分泌,發現miR-934在CRC細胞來源的外泌體中的表達水平明顯高于外泌體耗盡的CRC細胞(Fig.2h)。
深圳rip標書FMT處理可以促進下行運動通路的恢復。
npm1突變的AML原始病例中,免疫表型集群3和8的豐度明顯較高,這些集群3和8表型原始,由表達低水平的骨髓單核細胞分化標志物的CD34+ CD38lo(3)或CD34 CD38lo(8)細胞組成(圖4C, D,補充圖21)。非***白血病集群為CD34,但表達少量的骨髓單核細胞標記物。相比之下,npm1突變的急性髓細胞白血病committed 病例顯示出5個免疫表型集群(1,7,16,22和24)的豐度高于原始病例(圖4B, D)。這些免疫表型集群包括CD34?/lo CD38+ CD11c+細胞也表達CD33、CD14、CD16和HLA-DR的各種組合,顯示出異常的骨髓單核細胞分化(圖4C,補充圖21A)。在原始病例中,***原始免疫表型聚集的總豐度較低(平均值(9.4±11.4%),***分化免疫表型聚集(平均53±37%)。
單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術可以在單細胞水平下研究復雜的多細胞生物的轉錄組譜。這為科學家提供了一種研究表達模式中細胞異質性的新工具,尤其是疾病細胞的異質性。更重要的是,scRNA-seq的快速發展帶來了在疾病微環境中探索細胞亞群的見識,這有助于研究疾病的發***展,耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術已被廣泛應用于病例對照研究中差異表達基因的識別以及細胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=11.502),題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個人工收集的數據庫,能為研究者提供各種疾病的各種細胞類型準確的基因表達譜資源。該網站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻,并開發了SC2disease數據庫,通過疾病、組織和細胞類型整理數據。SC2disease包含946481條數據,對應341種細胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數據庫中的每個條目都包含不同細胞類型、組織和疾病相關健康狀況之間差異表達基因的比較。 檢測circNDUFB2是否作為miRNA海綿調節NSCLC的靶標.
此外,ChIP分析顯示,過表達ELNAT1增加了hnRNPA1和組蛋白甲基化(H3K4me3)在UBC9啟動子上的富集,而通過刪除hnRNPA1的ELNAT1結合位點則抑制了富集(Figure 5 K, L)。同時,ELNAT1沉默***降低了UM-UC-3和T24細胞UBC9啟動子的hnRNPA1占用率和H3K4me3甲基化(Figure 5 M, N),這證明了hnRNPA1通過調節UBC9啟動子上的組蛋白甲基化,促進ELNAT1誘導UBC9的轉錄***。以上結果說明,ELNAT1與UBC9啟動子形成DNA-RNA三聯體,通過招募hnRNPA1增強H3K4me3修飾。單細胞核測序能夠獲得組織的細胞圖譜.西安lncRNA標書
我們構建了生物素標記的circSDHC探針.江蘇MCD誘導標書
2021年6月,***一篇發表在Curr Biol(IF=9.601)的文章(The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.)從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用;CDK1在有絲分裂過程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用;RIT1是細胞有絲分裂及時進展所必需的;RIT1致病水平促進染色體分離錯誤。江蘇MCD誘導標書
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