大約 1% 的人類基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經典鏈特異性 DNA 結構。G4 的熱穩定性不同，這可能會影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復制、轉錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩定性和突變率。因此，根據其基因組位置、熱穩定性和功能性，G4 基因座可能會在不同的選擇壓力下進化，而這一點從未被研究過。
一、基因組中G4基因座的密度不均勻
與全基因組平均值相比，CpG島、上游區域和轉錄鏈的G4密度的倍數差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內含子的非轉錄和轉錄鏈、非轉錄外顯子鏈和3'UTR的非轉錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢不變，復制起點和增強子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高6.88倍和3.03倍。 促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。免疫微環境
在整個細胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細胞基本沒有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發現SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數量進一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時為17%)(圖1D)對2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個樣本的序列reads使用R軟件包進行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個細胞群，它們以流量和時間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過Signac將scATAC-seq數據轉換為基因活性指數，并使用上述scRNA-seq研究中描述的相同標記基因確定細胞身份。在13個簇中，8個是內皮簇(E1E8)，其次是SMCs、Fibro、巨噬細胞、dc、T細胞和未定義(ND)(圖1G)。股骨頭缺血性壞死課題CRO服務找上海英拜。
6）FPN蛋白在肺*細胞中的穩定性需要USP35
USP35屬于DUBs家族，在控制各種蛋白質的Ub依賴性降解中起關鍵作用。此外，FPN泛素化和隨后的內吞作用導致鐵超載和鐵死亡。因此，我們研究了USP35是否通過影響其蛋白質穩定性來調節FPN表達。如圖8A所示，USP35敲除增加，而USP35過表達降低泛素化FPN水平。用MG132蛋白酶體抑制劑***后，shUSP35***細胞的全部或膜裂解物中FPN水平的降低被阻止(圖8B)。隨后，我們檢查了USP35是否是FPN的直接結合伙伴。IP分析的數據揭示了內源性USP35和FPN之間的聯系(圖8C)。總之，這些數據表明USP35可以直接與FPN相互作用，并作為deubiquitinase發揮作用，以保持其蛋白質穩定性。
4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發現CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導的HSC活化(圖5E，F)、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用，我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明，CD44v6在Pex誘導的HSC***中發揮了重要作用。 IGF-1信號在Pex誘導的肝纖維化中起重要作用。
與對照組相比，乳腺*來源的外泌體miR-138-5p降低了M1相關表型，相反，M2標志物增加并伴隨著CD163陽性細胞數的增加（圖6G-I）。用從乳腺*細胞中分離出來的外泌體處理THP-1細胞導致了M2極化，抑制miR-138-5p的表達可挽救這種極化（圖4J-L）。總之，這些結果表明外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達調節巨噬細胞極化。
5、KDM6B去甲基化酶活性增加了M1相關基因的表達
抑制KDM6B的組蛋白去甲基化酶活性可抑制其靶基因的轉錄。因此，使用雙熒光素酶實驗來分析M1靶基因的啟動子活性。KDM6B的過表達特異性地刺激了促炎因子IL-6、IL-1β和TNF-α編碼基因的啟動子活性（圖5A）。相反，沉默KDM6B活性則導致他們的啟動子活性抑制，而過表達KDM6B降低了H3K27me3的水平（圖5B）。ChIP檢測顯示，與對照相比，THP-1細胞中KDM6B的過表達或敲除***增加或減少了KDM6B啟動子在不同區域的占用(圖5C-D)。與此結果一致，啟動子區域H3K27me3的募**降低或增加當KDM6B過表達或沉默時（圖5E-F）。總之，下調KDM6B可提高H3K27me3水平和促炎因子編碼基因的轉錄活性，導致抑制M1極化。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。異丁醇
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二、腸道微生物群落動態變化
確定每個個體部位12個**豐富的科。HSCT后，在腸內第II期Lachnospiraceae的豐度減少，從檢查前的13%減少到第1周的4.7%，然后在第III期開始的第3個月恢復到27.5%(圖2A)。同時，腸球菌科在II期的擴張(檢查前:6.1%;第1周:22.8%)和第二階段的乳酸菌科(預檢:2%;第3個月后，第三階段分別減少到0.2%和0.6%(圖2A)。LDA在腸道中顯示了19個支系(共102個ASVs)，這些支系在時間點上對樣品的分離效果比較好(圖2B)。兩個相當有鑒別能力且LDA系數為正的進化支系包括腸球菌科(Enterococcaceae)和乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)的ASVs(圖2B)。從第3個月開始，它們的豐度再次下降到與預處理時間相當的水平(圖2C)。其中，ASV 78的數量**多，觀察頻率比較高(圖2D)，其16S rRNA部分基因序列與wexlerae序列相似性較高。另一項PCA分析也支持這些發現(圖2E)。腸球菌科(Enterococcaceae)在II期樣品中更為豐富，Lachnospiraceae和Ruminococcaceae在I期和III期樣品中更為豐富(圖2E)。 免疫微環境
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