5）DRD2通過阻斷TAK1的磷酸化來限制NF-κB信號的***NF-κB信號的***
對于觸發炎癥小體組裝和隨后的焦亡是必不可少的。IF染色顯示DRD2幾乎阻斷了p-p65的核易位(圖5A)，但這種抑制被Mφ所抵消(圖5B)。核和細胞質提取物也顯示DRD2抑制了p-p65的核易位(圖5C)。如WB結果所示，在LPS刺激下，DRD2抑制IKKα/β、IκBα和p65的磷酸化(圖5D)。異位DRD2表達也***抑制了Mφ誘導的p65磷酸化和IKKα/β的上游***(圖5E)。WB結果顯示DRD2下調NF-κB的下游靶點ICAM-1。然而，這種下調被Mφ所抵消(圖5E)。抑制IKKα/β磷酸化提示DRD2負向介導IKK復合物上游。TAK1在催化IKKα和IKKβ中起關鍵作用。TAK1的磷酸化被異位DRD2表達***抑制(圖5D-E)。因此，DRD2通過阻斷上游激酶TAK1來抑制NF-κB信號通路的***。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構。糖尿病課題創新服務
2020年12月，埃默里大學在Cell Rep（IF=8.087） 雜志上發表了文章“Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study”。此報道在PCL后，使用從小鼠頸動脈腔內獲得的富含內皮細胞的單細胞和細胞核進行了scRNA-seq和scATAC-seq檢測，以確定d-flow和s-flow對基因轉錄本和染色質可及性譜的基因組和表觀基因組調控的差異影響。對scRNA-seq和scATAC-seq數據的單獨分析以及對兩個數據集的綜合分析顯示，即使在s-flow下，頸動脈內的ECs也是異質性的。D-flow***改變了內皮轉錄組和表觀基因組譜，將它們重新編程為炎癥細胞、間充質細胞、干細胞/祖細胞樣細胞、造血細胞和免疫細胞樣表型。此外，我們還發現了一種依賴于d-flow和s-flow的TF結合位點和順式調節元件的富集。江西課題技術指導阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配
同時，circNDUFB2顯著增加了p-P65，p-IRF3，p-STAT1和p-STAT2。circNDUFB2還促進了IRF3和P65進入核內的易位。免疫熒光分析證實circNDUFB2促進了IRF3的磷酸化，并隨后觸發其轉移到細胞核中。更重要的是，RIG-1的敲除顯著消除了這些基因的蛋白質水平或磷酸化水平的上調以及由circNDUFB2誘導的A549細胞中IRF3和P65的核易位。ELISAs測量細胞培養上清液中的細胞因子水平，發現RIG-1敲低顯著消除了對CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的誘導。上述結果表明RIG-1在介導NSCLC細胞中circNDUFB2的免疫應答中起關鍵作用，而circNDUFB2引發的免疫應答不依賴于circNDUFB2中m6A的修飾。
5.ELNAT1與UBC9啟動子形成DNA-RNA三聯體，通過招募hnRNPA1增強H3K4me3修飾
為了探索ELNAT1誘導BCa淋巴轉移的分子機制，我們使用NGS檢測過表達ELNAT1的BCa細胞和對照細胞（Figure5A），由于SUMOylation已經被證明可以調節特異性RNA的識別，并參與RNA分選進入EVs的過程，因此鑒定ELNAT1的SUMOylation相關靶基因。在受ELNAT1調控的925個基因中，作者發現UBC9是SUMOylation相關基因變化*****的（Figure5B-D）。接著通過RNA純化（ChIRP）檢驗ELNAT1與UBC9中P1（153~143bp）啟動子區域存在生理相互作用（Figure5E,F）。CD光譜證實ELNAT1/UBC9TTS1組在270~280nm處有一個***的正峰，在210nm處有一個負峰。 zVAD預處理也略微增加了IR后PTEN-398A細胞中未解決的DNA損傷灶的數量。
接下來，通過體外復制、配對子細胞實驗和體內競爭移植研究了HoxBlinc過表達對造血干細胞自我更新和再生能力的影響。在HoxBlincTg LSK細胞中，連續4輪的復制電位均***高于WT細胞(圖3d)。使用WT和HoxBlincTg原始CD34?LSK細胞的配對子細胞檢測顯示，具有對稱自我更新能力的HoxBlincTg CD34?LSK細胞比例更高，而進行對稱分化或不對稱自我更新的細胞比WT減少（圖3e）。競爭移植實驗表明，HoxBlincTg BM細胞移植后，受體外周血中供體細胞(CD45.2+)嵌合率穩定上升，移植7個月后達到~80%，而WT BM細胞移植后小鼠外周血中CD45.2+細胞群保持在~50%（圖3f）。有趣的是，接受HoxBlincTg BM細胞的小鼠在移植后2.5-7個月死亡率更高(圖3g)。總體而言，HoxBlinc基因在小鼠中的表達增強了HSC的自我更新，并擴大了骨髓形成，導致AML樣疾病，與NPM1c/+小鼠中看到的表型相似。
Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。糖尿病課題創新服務
6.翻譯產物的序列組成
所有天然蛋白質的氨基酸（aa）序列*占據可能序列空間的一小部分，主要是因為只有一小部分序列可以形成穩定的蛋白質。因此，具有“非天然”序列的蛋白質傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質的序列相似性可以作為強有力的預測指標，以鑒定隨機氨基酸序列中的真實蛋白質。使用機器學習方法來預測天然蛋白給定序列的可能性，并應用該預測來對circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進行評分。
7.質譜/蛋白質組學證據
質譜法是準確鑒定和表征蛋白質的重要方法。已經進行了數個大規模質譜實驗來研究人類蛋白質組，但是即使考慮蛋白質的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質組”，其中也包括了可能來自circRNA的編碼產物。作者通過設計新的分析流程，從蛋白質譜數據中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質譜圖，這些質譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點的肽段。circRNA特異性ORF 糖尿病課題創新服務
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗