空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實驗外包

了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達在轉(zhuǎn)錄和體內(nèi)外遺傳性染色質(zhì)易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標(biāo)部分頸動脈結(jié)扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導(dǎo)，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結(jié)扎左側(cè)頸總動脈(LCA)的4個遠端分支中的3個以誘導(dǎo)d-血流，同時使用繼續(xù)暴露于s-血流的對側(cè)右側(cè)頸總動脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進一步開發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-seq)分析這些聚合的整體RNA，以識別mRNA轉(zhuǎn)錄組和受ECs流量調(diào)節(jié)的microRNAs。促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實驗外包

第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）

附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數(shù)據(jù)來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù)，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。

第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫）

如果填寫郵箱，結(jié)果會以郵件形式發(fā)送至該郵箱。

第五步：提交

數(shù)據(jù)文件全部上傳后，點擊“Submit”進行提交，頁面會自動跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁。也可以根據(jù)頁面給出的job ID查詢結(jié)果。

總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。 黑龍江課題推薦咨詢完善的實驗平臺提供可視化的建模服務(wù)。

此外，circPDE4B不影響MID1水平(圖4E)。RPD和序列IP分析都顯示circPDE4B促進了RIC8A和MID1的結(jié)合(圖4F，G)。與這一發(fā)現(xiàn)相一致的是，體外結(jié)合試驗表明，circPDE4B增加了重組RIC8A和MID1蛋白之間的關(guān)聯(lián)(圖4H)。通過co-IP，MID1與RIC8A在N端調(diào)控域結(jié)合(圖4I)。此外，我們檢測了RIC8A的功能位點。在HCs中免疫沉淀RIC8A并進行MS分析，證實了RIC8A中氨基酸殘基的泛素化(圖4J)。在RIC8A、K143和K187中鑒定出10個泛素化位點，并且在人類和小鼠之間并不保守(圖4J)。因此，我們將保守的RIC8A位點從賴氨酸(K)突變?yōu)榫彼?R)，以排除泛素化。IP結(jié)果表明，與WT相比，K415的取代**降低了RIC8A的泛素化位點(圖4K)。有趣的是，K415在哺乳動物中高度保守(圖4L，M)。此外，在K415突變后，circPDE4B過表達或抑制不再調(diào)節(jié)RIC8A的泛素化水平(圖4N)。這些結(jié)果表明circPDE4B可以作為促進RIC8A和MID1之間聯(lián)系的支架。

然而，在單細胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細胞類型。我們系統(tǒng)地測試了PBMCs的全細胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測量中超過了傳統(tǒng)的細胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺相結(jié)合，從而能夠同時測量細胞的三個不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)。總之，對單細胞水平上基因調(diào)控和表達的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。

二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎(chǔ)

CDH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調(diào)節(jié)因子15。類似地，G蛋白偶聯(lián)受體12 (GPR12)在原始亞型中上調(diào)，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發(fā)揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據(jù)報道它是WNT信號通路的調(diào)節(jié)因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521 (ZNF521)是一種轉(zhuǎn)錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。 Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。青海課題實驗可參觀

ATM對PTEN的磷酸化驅(qū)動細胞周期進程。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實驗外包

四、scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)整合

目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質(zhì)可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)。首先使用6種豐富的細胞類型對scRNA-seq實驗中篩選出的CD34+CD38-細胞進行分類，結(jié)果顯示scATAC-seq數(shù)據(jù)集中指定細胞類型的頻率與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的頻率高度一致，這表明染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組具有相關(guān)性。然而，不同類型的細胞在整個軌跡上有相當(dāng)大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質(zhì)啟動，從而導(dǎo)致了異質(zhì)性。之后研究者比較了7個集群中HSCs/MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結(jié)果顯示在轉(zhuǎn)錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達的TFs的活性存在***差異。***，研究者進一步探索分化過程中染色質(zhì)可及性和基因表達之間的“時滯”，結(jié)果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調(diào)節(jié)子靶基因的啟動子在任何明顯基因表達之前均是開放的，這證實HSCs/MPP中染色質(zhì)的可及性早于轉(zhuǎn)錄變化。 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實驗外包

公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。

1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)

2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。

3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究

4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗