驗證LIR基序突變影響自噬
在HEK293T細胞中進行co-IP，結果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結構。進一步研究發現，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結合，進而影響自噬指標的表達。
5. 在臨床樣本中檢測STBD1的表達
在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平，結果表明STBD1在*組織中***下調，與之前的預測結果一致。
6.細胞實驗研究STBD1的功能
在多種*細胞中進行細胞功能實驗，STBD1抑制*細胞生長，突變W203C會部分回復STBD1的抑制作用。
7.動物實驗驗證STBD1的功能
裸鼠成瘤實驗表明，STBD1抑制**生長。
8.轉錄組、代謝組分析
在細胞中干擾STBD1，然后進行轉錄組測序，分析表達水平***改變的基因，并進行通路富集分析。分析發現，STBD1抑制**生長可能是通過改變基因轉錄和重塑糖酵解/糖異生途徑。
為了進一步驗證STBD1是否重塑代謝，進行代謝組分析。結果表明，STBD1敲除后糖酵解增強。
9.構建LIRCP調節網絡
將LAMs對應蛋白、自噬相關基因按照生物學功能聚類，構建調節網絡，將自噬與**聯系起來。 動物建模模型實驗的整體服務。青海課題實驗外包
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標記Mab414，它可以識別包括Nup62在內的幾個Nups的FG結構域，我們發現在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個主要的同質的環狀標記。非腦外傷對照組的腹神經索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下，暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規則，顯示核形態紊亂。我們在腦外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團塊)的出現(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細胞百分比明顯高于非TBI對照(圖2B）。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細胞質共聚集，而對照大腦顯示很少或沒有共聚集(圖2C)。定量結果顯示，與對照組相比，tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽性細胞百分比***升高(圖2D)。 青海課題實驗外包可以推斷基因調控事件之間的關系。
褪黑素可減少TBI誘發的小鼠腦行為缺陷和病變體積
為了利用褪黑素對TBI誘導的神經系統結果和病變體積的影響，進行了行為分析以及HE染色。關于線握測試，與假手術組相比，TBI在第1-8天導致運動表現顯著下降，但與TBI組相比，褪黑素和Lip-1的***改善了第2-6天的運動表現。在MWM測試中觀察到，與假手術組相比，TBI在第10-15天導致潛伏期延長，但是褪黑素和Lip-1***的TBI小鼠均表現出比TBI小鼠明顯更短的逃避潛伏期。曠場試驗中，與假手術組相比，TBI組的動物的總距離、中心移動距離和花費時間明顯縮短。褪黑素***可顯著逆轉上述參。HE染色顯示，褪黑素和Lip-1***的TBI組在TBI后第16天的病變體積明顯小于TBI組。兩者合計，結果提供了褪黑素***小鼠中TBI后改善運動，記憶和焦慮結局以及病變體積的證據。
2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌
隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。
3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增
前人研究表明順鉑會影響**免疫微環境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體miR-208b對T細胞分化的影響。使用siRNA去除miR-208b，然后收集外泌體，將含有不同水平miR-208b的外泌體與原代CD4+T細胞共培養（圖4A-B）。6h后，受體CD4+T細胞中miR-208b***增加，尤其是SW480-OXA組，而外泌體miR-208b缺失組則沒有***改變，表明CD4+T細胞中miR-208b是由外泌體傳輸（圖4C-D）。此外，SW480和SW480-OXA來源外泌體處理組的CD4+CD25highFoxp3+Tregs細胞數***增加，而外泌體miR-208b缺失對其陽性細胞數則沒有明顯影響。表明外泌體miR-208b促進Treg擴增。 高通量分子實驗的后續標書申請指導服務。
HOXBLINClncRNA在NPM1c+白血病中特異性上調
HOX基因，特別是HOXA和HOXB聚類基因的上調不僅是AML發病的特點，也是其主要機制。HoxBlinclncRNA已經被證明是在發育過程中***前HoxB基因轉錄所必需的。為了確定HOXBLINC是否與HOXB基因一起在AML中異常表達，檢測了正常BMMNC細胞和CD34+陽性細胞，以及NPM1c+AML病人中HOXBLINClncRNA的表達，發現HOXBLINClncRNA在NPM1c+AML病人中***高表達，在TCGA數據發現一樣的結果（圖1A-B）。表明HOXBLINClncRNA在NPM1c+白血病中特異性上調。 ***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。四川課題服務價格
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二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷
接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異調控基因包括MK/紅系/肥大細胞譜系特異性基因，如GATA1、ITGA2B、PLEK、KLF1、HDC和MS4A3(圖2C)。 青海課題實驗外包
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗