為了使細胞在G1/S檢查點同步，我們對它們施加雙胸腺嘧啶脈沖。這種處理有效地抑制了PTEN-WT和PTEN-398A細胞在G1/S邊界(圖4B)。然后在正常生長培養基中釋放細胞，在S期進展期間用IR處理，6小時后收集細胞，用流式細胞術分析細胞周期分布(實驗方案見補充圖7A)。大部分PTEN-WT細胞被阻滯在s期，而PTEN-398A細胞未能阻滯細胞周期，而是發展到G2/M期(圖4C)。通過測定表達磷酸化組蛋白H3(Ser10)的細胞比例，證實了這一觀察結果。磷酸化組蛋白H3(Ser10)標志著細胞處于有絲分裂階段。(圖4d)。完善的實驗平臺提供可視化的建模服務。microRNA課題產學研合作
越來越多的證據表明細胞外囊泡（EVs）通過促進實體**中**-內皮細胞之間的通訊來刺激血管生成。先前的研究表明miR-144是鼻咽*（NPC）細胞來源的EVs中的內含物之一，但EVs miR-144對**內皮細胞和血管生成的影響尚不清楚。2021年3月發表于“Molecular Therapy”（IF=11.454）的文章“miR-144 delivered by nasopharyngeal carcinoma-derived EVs stimulates angiogenesis through the FBXW7/HIF-1a/VEGF-A axis”對此展開了研究。本研究旨在探討**源性細胞外囊泡(EVs)在鼻咽*血管生成中的作用。我們初步采集鼻咽*活檢標本。代謝組學課題代發服務產生關于環境影響疾病的病因和分子機制的可測試的假設。
七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(圖7a)。有趣的是，未手術控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進展有關。從小鼠IRI到人類的細胞類型標記轉移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發現的修復失敗的近端小管細胞(FR-PTC)群體有關(圖7c)。
數據組織和訪問
LncExpDB 的中心實體是 lncRNA 基因，每個 lncRNA 基因都有一個對應的頁面，由兩個主要部分組成，即基本信息（例如基因符號、基因組上下文、長度、外顯子數、分類和對應的轉錄本信息）和表達譜。對于每個 lncRNA，LncExpDB 在所有收集的條件下分析其基因表達譜，并以交互方式可視化其表達譜。它以結構化的方式組織所有相關數據，以促進基于基因、數據集和基于上下文的數據瀏覽/搜索。它可以在一頁中可視化特定 lncRNA 的各種表達譜，促進對特征基因及其相關共表達網絡的探索，并提供有用的功能來捕獲不同生物條件下的表達情況。 也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。
接下來為了證明，SUMOylation對BCas誘導的淋巴內皮管的形成和遷移作用，通過其特異性抑制劑阻斷SUMOylation （2D-08）明顯抑制了該誘導過程（Figure 1 G-I）。以上數據表明，UBC9異常高表達與膀胱*進展和淋巴結轉移正相關，SUMOylation參與膀胱*的淋巴結轉移。
2.EVs介導的ELNAT1過表達與淋巴結轉移相關
EVs介導的lncRNA轉運是**細胞與TME之間通過信號轉導發生的一個關鍵過程。作者采集各5例的健康志愿者與BCas患者的尿液，通過NGS測序確定了EVs中lncRNA的整體表達譜，結合與SUMOylation途徑的相關性，**終篩選出EVs中異常高表達的lncRNAELNAT1（Figure2A,B）。結合BCa與LN轉移，ELNAT1在BCa與LN轉移中高表達（Figure2C,D），并且ELNAT1過表達與BCa患者預后不良相關（Figure2E,F）。另外，在瘤內和瘤旁區域ELNAT1的表達與淋巴管密度正相關（Figure2G,H），提示ELNAT1***參與BCa的淋巴管生成。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。肝脂肪變性課題協同創作
英拜提供生物醫學課題外包服務。microRNA課題產學研合作
PGE2 增強 IL4Rα 信號以增強巨噬細胞的 M2 ***
巨噬細胞能夠響應可變的局部微環境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經典的信號級聯（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發的代謝線索，以***它們的 M2表型。在這里，我們想知道 PGE2 是否也參與了 AP 損傷后胰腺巨噬細胞的 M2 極化。為此，我們首先檢查了 AP 損傷后 PGE2 的動態表達。COX1 和 COX2 是產生前列腺素的兩種關鍵酶。在這里我們發現Ptgs2 (COX2)的表達在第 3 天達到峰值，而Ptgs1 (COX1)的表達在第 1 天下降并在第 3 天回到基礎水平。一致地，免疫熒光分析顯示 PGE2 在第 3 天升高，并在第 5 天迅速恢復到基礎水平。值得注意的是，PGE2在第 3 天主要與導管樣細胞（CK19 +細胞）共表達，以及部分與巨噬細胞（F4/80 +細胞）共表達。此外，根據我們的 RNA-seq 數據和流式細胞術分析，我們發現巨噬細胞中 COX2 的表達也在第 3 天達到峰值。更有趣的是，與 IL4Rα -巨噬細胞和單核細胞相比，IL4Rα +巨噬細胞表達了更高水平的 COX2。 microRNA課題產學研合作
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗