五、YTHDF1以m6a依賴的方式調控FZD7的表達
在GC-803和胃*細胞株基礎上，進行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實，在FZD7 mRNA中觀察到兩個m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細胞中證實了與YTHDF1的關聯(圖5A和B)。標記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個關鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉染到MGC-803和HGC- 27細胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉染的胃*細胞中觀察到的FZD7表達上調在YTHDF1- mut中被消除，但在YTHDF1-WT和YTHDF1-MUT兩種細胞系中，FZD7的mRNA水平相當(圖5E)。RIP-qPCR分析顯示，FZD7 mRNA與突變體YTHDF1的相互作用明顯受損(圖5F)。 提供生物醫學領域內的課題思路設計。課題省自然科學基金
在野生型小鼠和Caspase-11缺陷小鼠中，MCD處理***降低了pro-caspase1的蛋白水平(圖5A和F)，而增加了活性Caspase-1的蛋白水平(圖5A和G)。此外，Caspase-11缺陷小鼠的活性caspase-1水平明顯低于野生型小鼠，說明MCD處理Caspase-11缺陷小鼠肝臟中Caspase-1的***較少。同樣，我們在MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠的肝細胞中檢測到較少的Gsdmd-N表達(圖5H和I)。這些結果表明，Caspase-11缺失減弱了MCD誘導的Gsdmd和IL-1β的***。
6.Caspase-11缺乏抑制脂多糖誘導的肝細胞焦亡和體外損傷
我們在體外評價Caspase-11缺乏對肝細胞焦亡的影響。我們用脂多糖(LPS)處理野生型小鼠原代肝細胞，發現LPS誘導了pro-caspase-11和caspase-11的表達(圖6A和B)，表明LPS誘導了原代肝細胞中caspase-11的***。我們進一步處理來自野生型和Caspase-11缺陷小鼠的原代肝細胞，并監測Gsdmd的表達和***。如圖6C和D所示，LPS處理未在野生型和Caspase-11缺陷的原代肝細胞中誘導pro-Gsdmd的表達。 常規課題創新服務表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。
揭示轉錄因子如何隨著時間的推移在DNA、RNA和蛋白質水平上調節其靶標，對于定義基因調控網絡(GRN)和分配正常和疾病狀態的機制至關重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調控的標準方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數據（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配GRN內的因果關系。此外，也需要將有序的RNA-seq數據與蛋白質-DNA結合數據相結合以區分直接與間接相互作用的方法。TIMEOR是***個基于Web的自適應時間序列多組學管道方法，它可以推斷基因調控事件之間的關系。TIMEOR通過利用時間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質-DNA結合數據和蛋白質-蛋白質相互作用網絡，解決了對確定因果調節機制網絡的方法的關鍵需求。
***，分析了MAOA基因表達水平與幾種**病人臨床預后的關系，結果顯示瘤內MAOA基因與卵巢*，淋巴*和乳腺*患者的臨床總生存率呈現負相關關系（圖6o-q）。此外，黑色素瘤患者**內高水平的MAOA表達很大程度上抵消了PD-1***提供的生存好處，提示MAO-A阻斷***與PD-1/PD-L1阻斷***聯合可能通過調節TAM極化，從而改變免疫抑制TME，提高抗**免疫能力，提供協同***好處（圖6r）。綜上所述，人類TAM和臨床相關性研究證實了MAO-A作為人類TAM中一個有前途的藥物靶點，并支持了MAO-A通過靶向TAM重編程阻斷**免疫***的翻譯潛力。可以推斷基因調控事件之間的關系。
circRNA是一種新型的非編碼RNA，已被報道通過多種機制參與疾病的發生和發展。MAPK通路是一種常見的信號轉導通路，參與細胞增殖、炎癥和凋亡，在**中起著特別重要的作用。然而，與MAPK通路相關的circRNA在胃*中的作用尚未被探索。因此，小編為大家帶來一篇于2021年4月發表于影響因子為15.302的雜志Molecular Cancer上的文章“A novel protein encoded by circMAPK1 inhibits progression of gastric cancer by suppressing activation of MAPK signaling”。在本研究中，我們發現circMAPK1在胃*組織中較鄰近正常組織表達下調。重要的是，較低的circMAPK1表達預示著GC患者較差的生存。CircMAPK1在體內外均能抑制胃*細胞的增殖和侵襲。接下來，我們發現circMAPK1編碼了一個長度為109個氨基酸的新蛋白。通過一系列功能實驗，我們證實了circMAPK1通過編碼的蛋白MAPK1-109aa發揮了抑制**的作用。在機制上，**抑制因子MAPK1-109aa通過競爭性結合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化，從而抑制MAPK1及其下游因子在MAPK通路中的***。ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。炎癥課題詢問報價
可以上傳原始的fast文件。課題省自然科學基金
4、CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移隨后，作者在體內進一步驗證CLF1的功能。結果如圖3所以，敲除CFL1后***降低了HCC細胞的**體積和**，并減少了肺轉移結節數量。IHC表明CLF1的敲除也導致EMT相關蛋白的抑制。總之，CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移。
5、CFL1是HIF-1α在HCC細胞中的下游靶基因為了闡明低氧對HCC中CFL1表達的影響，將HCCLM3和Hep3B細胞在低氧培養箱中培養48h。結果發現低氧誘導導致CFL1的表達升高，但是當HIF-1α敲除后，低氧誘導并不能提高CFL1的表達，并且使用HIF-1α的抑制劑處理HCCLM3和Hep3B細胞，也能降低因低氧誘導導致CFL1表達升高（圖4A-F）。ChIP-PCR檢測進一步發現，HIF-1α和HIF-1β與HCC細胞CFL1啟動子中的HRE直接結合（圖4G）。在低氧條件下，轉染HRE熒光素酶質粒或CFL1啟動子-熒光素酶質粒的HEK293T細胞中熒光素酶報告基因活性升高（圖4H）。 課題省自然科學基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗