系統性紅斑狼瘡(SLE)患者大多數存在I型IFN刺激基因(ISGs)的高表達。線粒體異常也有報道，但I型IFN暴露對這些變化的貢獻尚不清楚。此外，I型IFN通過上調脂肪酸氧化(FAO)和氧化磷酸化(OXPHOS)促進漿細胞樣樹突狀細胞（pDCs）的線粒體功能。本文數據表明，I型IFN暴露通過代謝重編程促進CD8 + T細胞死亡，有助于SLE發病。本文于2021年3月發表在《Nature Communications》IF:12.121。
1、ISGs高表達患者OXPHOS基因下調
為了確定是否T細胞的轉錄組特征可以幫助鑒定SLE患者的疾病活動，作者對來源于***和未***女性的CD8+T和CD4+T細胞的mRNA進行測序。對DEGs進行聚類熱圖分析，發現SLE患者根據ISG表達水平被分為***的兩類：SLE-1和SLE-2（Fig.1a,b）。在兩種T細胞中，SLE-2類群的患者具有更強烈的I型IFN特征。在CD4+T細胞中，這種特征伴隨著參與JAK-STAT信號和T細胞共刺激的基因，而在CD8+T細胞中，ISG基因的高表達與基因參與細胞周期，響應DNA損傷和凋亡有關（Fig.1a,b）。 將 CTD 暴露與 CTD 解剖學相結合使環境健康科學家能夠調查暴露研究和組織和系統暴露化學應激誘導表型的細節。臨床醫學課題推薦咨詢
7）miR-155負調控SOCS6表達，***NF-κB通路
為了進一步探討外泌體miR-155誘導EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機制，我們重點研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標數據庫預測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結合(圖7A)。結合GSE49329和GSE49330數據庫，我們發現miR-155的表達與SOCS6的表達呈負相關(圖7B)。為了進一步證實SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標，我們根據預測的結合位點(圖7C)構建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。熒光素酶報告實驗顯示，與對照組相比，共轉染SOCS6的WT-3’UTR時，miR-155過表達明顯降低了熒光素酶活性(圖7D)。qRT-PCR和westernblot進一步顯示，miR-155過表達導致SOCS6表達降低，而miR-155敲低上調SOCS6mRNA和蛋白水平(圖7E和F)。GO分析顯示miR-155可以負向調控細胞-細胞粘附，參與調控成纖維細胞增殖(圖7G)。從GO分析可知，miR-155可能介導NF-κB信號通路(圖7G)。過表達miR-155可***提高細胞質和細胞核中p65蛋白的水平，而敲低miR-155可起到相反的作用(圖7H)。 醫學相關課題創新服務高通量測序后續的機制實驗。
2）circPDE4B調節軟骨細胞活力和ECM代謝
為了評估circPDE4B在ECM代謝中的作用，我們分別用三種circPDE4BsiRNA轉染HCs(圖2A)。我們使用CCK-8方法評估了circPDE4B對軟骨細胞活力的影響。結果顯示，敲低circPDE4B的表達降低了軟骨細胞的活力(圖2B)。此外，shRNA腺病毒抑制circPDE4B***提高了MMP3、MMP13和ADAMTS4的表達，而SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan在HCs/MCs中的表達下調(圖2C和圖2D)。免疫熒光進一步證實，circPDE4B敲除影響了HCs/MCs的MMP3、MMP13、COL2和aggrecan水平(圖2E、F)。同時，HCs的阿爾新藍染色顯示，circPDE4B抑制導致軟骨細胞功能障礙，蛋白多糖藍染較少(圖2G)。然后通過CCK-8實驗(圖2H)發現，過表達circPDE4B增加了軟骨細胞的活力。在過表達circPDE4B-HCs中，MMP3、MMP13和ADAMTS4的mRNA和蛋白水平下調，SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan的mRNA和蛋白水平上調(圖2I-L)。此外，HCs的阿爾新藍染色表明，與單獨IL-1β***相比，circPDE4B過表達和IL-1β共處理減少了軟骨破壞(圖2M)。這些數據表明，circPDE4B/circPde4b在HCs中可以促進細胞活力，抑制分解代謝作用。
2017年俞立團隊進一步研究發現，整合素與ECM蛋白的配對結合決定了遷移體的形成[2]，該研究成果也發表在CellResearch期刊。2108年俞立團隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法[3]。2019年，俞立團隊發現Tspan4和膽固醇在遷移體形成時組織成為微米級大型微結構域，這一結構即遷移體的基本結構，還證實遷移體的形成是局部富集的Tspan4使遷移體所在膜結構的剛度增加而產生的一種生物物理過程[4]，該研究成果發表于NatureCellBiology期刊中（IF=）。并同年在同期刊中發表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態發生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生成相關基因）突變體斑馬魚的***形態發生受損，并闡明遷移體誘導胚胎細胞至正確的位置，從而影響***形態發生[5]。2019年俞立團隊還發表了關于遷移體標志物的文章[6]，該文章闡明了人血清中存在遷移體；與外泌體相比，遷移體中存在四種特異性蛋白：NDST1、EOGT、PIGK和CPQ。2021年5月，俞立團隊在Cell期刊（IF=）上發表文章，文章主要講述在外界刺激下，細胞中受損的線粒體外排至遷移體中[7]。同年6月，俞立團隊利用斷層成像技術研究不同物種的大規模細胞遷移和神經活動。我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。
急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進白血病*基因介導的細胞轉化和白血病發生。因此為大家介紹于2021年3月發表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m6A去甲基化活性。SsD在體外和體內均能***抑制AML細胞增殖，促進細胞凋亡和細胞周期阻滯。機制上，SsD直接靶向FTO，從而增加了m6A RNA的甲基化，降低了下游基因轉錄本的穩定性，導致相關通路的抑制。重要的是，SsD還克服了FTO/m6A介導的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性。總之，FTO依賴的m6A RNA甲基化介導了SsD的抗白血病作用，使SsD成為一種***白血病的藥物。可以上傳原始的fast文件。課題詢問報價
可以推斷基因調控事件之間的關系。臨床醫學課題推薦咨詢
6.大腸腺瘤預測模型的特異性驗證
提高標志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩病（CD），潰瘍性結腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）和2型糖尿病（T2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。
7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析
在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。比較腺瘤和CRC，輔助因子，輔基，電子載體，維生素生物合成（例如MK-10生物合成）以及氨基酸降解和發酵的途徑富含**。另一方面，腺瘤的細胞結構生物合成以及脂肪酸和脂質的生物合成/降解途徑減少。 臨床醫學課題推薦咨詢
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
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