在MAD1與未連接的動點結合后,MAD2從開放的構象狀態(O-MAD2)轉化為封閉的構象狀態(C-MAD2), SAC信號被緊密調控和放大。MAD2的構象變化啟動了它與CDC20的結合。為了直接測試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關聯,進行了競爭性pull-down實驗來測試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽,它取消了MAD2- rit1的結合。評估了RIT1與O-或c -狀態穩定的MAD2突變體的結合(圖4C)。用過量的RIT1 c端尾肽孵育MAD2蛋白,并用凝膠過濾分離(圖4D)。大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。自噬醫學相關科研實驗可參觀
一、YTHDF1在胃*中的過表達
通過評估YTHDF1突變的分布,我們發現65%的突變是基因擴增,這通常會導致基因產物的過表達(圖1A).通過對TCGA數據集進行分析,發現YTHDF1在胃*患者中的表達確實明顯高于正常組織(圖1B)。YTHDF1的高表達與胃*進展(圖1C)和較差的總生存期(圖1D)相關。對正常胃組織和胃*標本進行免疫組化分析,證實**組織中YTHDF1蛋白表達上調(圖1F)。此外,YTHDF1在胃*患者中的異常高表達與更嚴重的臨床病理特征(如神經周圍侵犯、侵襲性**分期(III/IV期vs.I/II期)、靜脈侵犯等***相關(圖1G)。KaplanMeier生存分析也顯示,YTHDF1高表達的胃*患者4年總生存期較差。綜上所述,YTHDF1在胃*發生中具有潛在的致瘤作用。 浙江科研細胞實驗促進胰腺*的生長和轉移。
2)SsD響應相關基因和通路的鑒定
為了進一步確定可能與白血病細胞中SsD敏感性相關的潛在靶點,我們對SsD處理過的NB4細胞進行了RNA測序。我們共發現3732個上調基因和3442個下調基因(圖2A)。為了揭示SsD的潛在機制,我們進行了富集分析并研究了差異基因相關的通路。我們篩選了上調和下調基因富集的**個通路(圖2B)。此外,我們使用GSEA研究SsD處理影響的信號通路(圖2C)。我們的數據顯示,SsD處理導致MYC靶點、E2F靶點和G2M檢查點信號級聯受到抑制。有趣的是,這些發現與FTO抑制劑和內源性FTO的下調抑制的信號通路相一致。因此,SsD的抑制作用可能有助于FTO抑制細胞周期和增殖(圖2D-E)。此外,絕大多數通過FTO敲低而上調的信號通路對SsD富集,同樣,絕大多數被SsD抑制的信號通路也被FTO敲低而抑制(圖2F)。更重要的是,SsD介導的m6A相關基因的變化具有***的一致性(圖2G)。綜上所述,SsD可能參與了FTO介導的m6ARNA甲基化途徑。
3、MAO-A促進巨噬細胞免疫抑制極化
為了研究MAO-A對巨噬細胞極化的調控,體外培養MaoaWT和KOBMDMs,并通過添加***刺激(IL4和IL-13)使這些巨噬細胞向免疫抑制表型極化(圖3a)。觀察到,在M-CSF誘導的巨噬細胞分化過程中,MaoamRNA的表達在Maoa野生型BMDMs中有明顯的誘導作用,Maoa在成熟的BMDMs中表達趨于穩定,并維持IL-4/IL-13誘導的免疫抑制極化(圖3b-c)。MaoaKOBMDMs中MAO-A表達未檢測到,證實了其MAO-A缺失基因型(圖3b,d)。與野生型巨噬細胞相比,在IL-4/IL-13刺激下,MaoaKO巨噬細胞表現出更低的免疫抑制表型,這在其免疫抑制標記物的表達減少中得到了證明(圖3e-g)。在巨噬細胞/T細胞共培養試驗中(圖3h),IL-4/IL-13極化的MaoaKO巨噬細胞在抗CD3/CD28刺激下,與免疫抑制表型的減弱一致,其對野生型CD8+T細胞的抑制作用減弱(圖3i-k)。 大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應。
為了確定METTL3促進**細胞增殖的機制,檢測了METTL3在ESCC細胞上轉錄調節中的作用。METTL3缺失降低了KYSE180細胞中m6A的總豐度。甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)和m6A特異性抗體,然后進行RNA測序(MeRIP-seq),發現KYSE180的mRNA中鑒定的m6A位點與RRACH序列一致。m6A信號在mRNAs的終止密碼子和3′-非翻譯區富集。在MeRIP-seq中METTL3缺失減少了1101個基因的mRNAs中1199個m6A峰。轉錄組測序發現METTL3缺失調節2973個基因的表達。二者取交集發現共有93個基因重疊。MeRIP-seq中細胞成分(CC)項的基因本體(GO)富集分析表明,在METTL3缺失的KYSE180細胞中,β-連環蛋白降解復合物(的基因組(包括APC)中m6A水平***降低??傮w生存率低與m6A水平增高***相關。自噬醫學相關科研實驗可參觀
2108年俞立團隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法。自噬醫學相關科研實驗可參觀
系統性紅斑狼瘡(SLE)患者大多數存在I型IFN刺激基因(ISGs)的高表達。線粒體異常也有報道,但I型IFN暴露對這些變化的貢獻尚不清楚。此外,I型IFN通過上調脂肪酸氧化(FAO)和氧化磷酸化(OXPHOS)促進漿細胞樣樹突狀細胞(pDCs)的線粒體功能。本文數據表明,I型IFN暴露通過代謝重編程促進CD8 + T細胞死亡,有助于SLE發病。本文于2021年3月發表在《Nature Communications》IF:12.121。
1、ISGs高表達患者OXPHOS基因下調為了確定是否T細胞的轉錄組特征可以幫助鑒定SLE患者的疾病活動,作者對來源于***和未***女性的CD8+T和CD4+T細胞的mRNA進行測序。對DEGs進行聚類熱圖分析,發現SLE患者根據ISG表達水平被分為***的兩類:SLE-1和SLE-2(Fig.1a,b)。在兩種T細胞中,SLE-2類群的患者具有更強烈的I型IFN特征。在CD4+T細胞中,這種特征伴隨著參與JAK-STAT信號和T細胞共刺激的基因,而在CD8+T細胞中,ISG基因的高表達與基因參與細胞周期,響應DNA損傷和凋亡有關(Fig.1a,b)。比較SLE-1和SLE-2組的轉錄表達譜,結果顯示,除ISGs外,mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達差異比較大(Fig.1c,d)。 自噬醫學相關科研實驗可參觀
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗