2021年，美國華盛頓大學生物醫學信息學與醫學教育系和華盛頓大學兒科等團隊合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報道開發了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對細胞表面標記物和染色質可及性進行配對測量:染色質環境和表位的整合細胞索引，稱為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學平臺擴展了這種方法，開發了一種三峰分析方法，可以同時測量數千個單細胞的轉錄組學(scRNA-seq)、表位和染色質可及性(scATAC-seq)，并稱之為TEA-seq。這些多模式單細胞檢測提供了一個新的工具箱來識別基于表型定義的細胞類型的類型特異性基因調控和表達。促進胰腺*的生長和轉移。貴州科研服務價格
作者進行了PAR-CLIP實驗，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結果表明，在H1299細胞中，通過過表達METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結合(圖6D)。無論METTL3是否過表達，YTH結構域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進行RNA-pull down實驗，發現YTHDC2WT，優先結合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結合m6A共識基元GGAC (圖6E)。通過在H1299和H1975細胞中進行METTL3的功能增加和丟失實驗，發現細胞內SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平決定的(圖6F和G)。這些數據表明YTHDC2優先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結合。江蘇科研實驗可參觀增加乳酸桿菌水平導致尿酸水平下降。
這些基因的體細胞突變狀態如圖所示。平均突變頻率比較高的基因是TP53（31.4%）、PTEN（5.7%）、NOTCH1（3.6%）、CTNNB1（3.6%）、XIST（3.4%）和MALAT1（3.4%）。還觀察到在子宮內膜體*（UCEC）中有相對較高的突變頻率（7.6%）。
在泛*中構建 m6A 亞型和特征
我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數秩檢驗發現，在排除死亡比例的**后，27種**中有24種**的定義亞型與總生存率***相關?<?10%。具體來說，我們定義了按中位生存時間（MST）排序的聚類。MST**長的組定義為第1組，MST**短的組定義為第3組，中間組定義為第2組。與第1組相比，第2組和第3組在27種**中有22種的生存率***降低。此外，當臨床結果為無進展間期（PFI）時，分類在大多數**類型中仍然***（16/26）或疾病特異性生存率（DSS）（18/26）。在總體人群的KM生存率分析中，m6A亞型在調整**類型后可***分層患者的生存率。四個體細胞突變在不同m6A亞型中的分布有***性差異，包括TP53、NOTCH1、CTNNB1和PTEN。
采用LEfSe方法分析經DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統發育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+ PBS組，而Muribaculaceae 和Alloprevotella屬富集于DHEA+ PBS和DHEA+ tempol組 (圖5A-B)，這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結構。
通過分析細菌分類在門和屬水平上的相似性程度，進一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上，厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個類群的優勢門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、Patescibacteria、軟毛桿菌門(Tenericutes)和Verrucomicrobia的豐度，減少了psilonbacteraeota和變形菌門(Proteobacteria)的數量。然而，在tempol干預下，放線菌門、Patescibacteria門、變形菌門和Tenericutes門的變化減弱了(圖5D)。在屬水平上，Lachnospiraceae_NK4A136_group和Multibaculaceae為優勢屬(圖5E)。DHEA***提高了thaauera、葡萄球菌、Ideonella、棒狀桿菌和瘤胃球菌_2的豐度，降低了瘤胃球菌_1的豐度。這些變化被tempol處理抵消了(圖5F)。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。
四、INPP4B促進pi3kα依賴的晚期核內體形成
五、阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配
對MCF-7細胞內溶酶體室的檢查顯示，GFP-INPP4B不影響eea1陽性的早期內溶體，但***增加了cd63陽性的晚期內溶體(2.5倍)和lamp1陽性的溶酶體(1.7倍)(圖4a,b)。提示INPP4B促進晚期內吞體/溶酶體的形成。使用bsa-gold標記MCF-7細胞內溶酶體室，在電鏡下進行超微結構分析。GFP-INPP4B增加了類似晚期核內體的bsa陽性空泡結構的數量(圖4c)。利用染料淬滅的BSA(BSA-dq)檢測了運往溶酶體的貨物運輸，BSA-dq通過液相內吞進入內吞體，溶酶體水解酶隨后促進去淬和***熒光信號。GFP-INPP4B***增加了bsa-dq陽性結構的數量(2倍)(圖4d,e)，表明INPP4B增強了內吞貨物通過晚期內吞體到溶酶體的運輸。相比之下，使用泛I類PI3K抑制劑BKM120、PI3Kα特異性抑制劑BYL719(補充圖5f)或使用兩種不同的siRNAs耗盡PIK3CA抑制GFP-INPP4B細胞中晚期核內體形成的增加(圖4f,g和補充圖5i,j)。通過在晚期核內體上產生PI(3)P,INPP4B通過Hrs促進晚期核內體的形成。 英拜提供一年三節的購物卡津貼。湖北科研細胞實驗
大黃酸處理改變腸道菌群組成。貴州科研服務價格
來自4個不同腺泡性LUAD患者的PDX模型被給予XC-系統抑制劑erastin(PKE)和多激酶抑制劑索拉非尼(sorafenib)。與DMSO***的對照組相比，PKE和sorafenib給藥時觀察到***的**消退(圖7G-J)。此外，PKE和sorafenib給藥小鼠也導致**中MDA和4-HNE的***增加(圖7K和L)，提示誘導的脂質過氧化可能是抑制腺泡LUADs**發生的結果。圖7M顯示，與*旁組織相比，**組織中MDA和YTHDC2表達量都降低，而SLC7A11mRNA和蛋白水平都升高，證明在LUAD中抑制YTHDC2可通過SLC7A11表達上調阻止脂質過氧化。同樣地，MDA和YTHDC2與**期數呈負相關，而SLC7A11與分期呈正相關(圖7N)，說明SLC7A11的升高可能是抑制YTHDC2促進LUAD進展的關鍵。
結論：本研究強調了m6A閱讀器YTHDC2在LUAD中的重要性。XC?系統活性可能通過抑制YTHDC2來誘導促進**發生。此外，基于YTHDC2表達的分子模型可能有助于預測LUAD的預后。抑制劑靶向XC?系統可能有助于***預后不良的LUAD患者。因此，本研究對LUAD的**發生、分子分型和藥物敏感性提供了有價值的見解。 貴州科研服務價格
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