7)NOX4通過氧化應激誘導的人體星形膠質細胞的脂質過氧化促進鐵死亡
為了探討NOX4調控AD星形膠質細胞氧化應激誘導的細胞死亡的分子機制,我們檢測NOX4的升高是否能通過氧化應激誘導的人星形膠質細胞脂質過氧化促進鐵死亡。我們用免疫熒光染色法測定了4-HNE在人星形膠質細胞中的蛋白水平。免疫熒光染色顯示,與對照組相比,NOX4的升高增加了4-HNE蛋白的水平,增加了質膜中脂質過氧化源性液滴的含量,細胞的形狀出現收縮(圖7A)。NOX4過表達使4-HNE陽性細胞數量***增加(圖7B)。NOX4過表達增加了4-HNE水平和MDA水平(圖7C)。值得注意的是,與對照組相比,NOX4的升高增加了鐵的積累,這是鐵死亡的特異性標志(圖7D)。 這些數據表明大黃酸***可以改善DSS誘導的結腸炎。心血管疾病芯片科研國家自然科學基金
褪黑素可減輕TBI引起的鐵死亡
為了確定褪黑素是否可以挽救TBI引起的鐵死亡,在相應的高峰表達(例如1天和3天)進行了與鐵死亡相關蛋白的蛋白質印跡分析。發現褪黑素給藥在TBI后1天抑制了TBI誘導的xCT,Cox2,Tfr1,Fpn和Nox2蛋白表達的上調。同樣,褪黑素***在TBI后3天阻止了Fth,Ftl和4HNE蛋白的表達。用促鐵蛋白抑制劑liproxstatin-1(Lip-1)也獲得了相似的結果。此外,免疫組化染色顯示,與對照組相比在TBI后第7天,褪黑素和Lip-1的處理減少了神經元中4HNE陽性細胞的數量,表明褪黑素對TBI誘導的脂質具有神經保護作用過氧化。褪黑素和Lip-1均抑制TBI誘導的皮質GSH水平降低。褪黑素和Lip-1抑制TBI誘導3天后損傷皮層中MDA含量的上調。這些數據表明,TBI導致了與鐵死亡相關蛋白表達的時間變化,以及同側皮層中某些受推定的鐵死亡生物標志物的變化,但是用褪黑素有效地挽救了TBI誘導的鐵死亡。 細胞連接通路發現者科研分子生物學實驗神經元中FTH的敲除抵消了褪黑素對創傷性腦損傷鐵死亡的保護作用。
4、CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移隨后,作者在體內進一步驗證CLF1的功能。結果如圖3所以,敲除CFL1后***降低了HCC細胞的**體積和**,并減少了肺轉移結節數量。IHC表明CLF1的敲除也導致EMT相關蛋白的抑制。總之,CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移。
5、CFL1是HIF-1α在HCC細胞中的下游靶基因為了闡明低氧對HCC中CFL1表達的影響,將HCCLM3和Hep3B細胞在低氧培養箱中培養48h。結果發現低氧誘導導致CFL1的表達升高,但是當HIF-1α敲除后,低氧誘導并不能提高CFL1的表達,并且使用HIF-1α的抑制劑處理HCCLM3和Hep3B細胞,也能降低因低氧誘導導致CFL1表達升高(圖4A-F)。ChIP-PCR檢測進一步發現,HIF-1α和HIF-1β與HCC細胞CFL1啟動子中的HRE直接結合(圖4G)。在低氧條件下,轉染HRE熒光素酶質粒或CFL1啟動子-熒光素酶質粒的HEK293T細胞中熒光素酶報告基因活性升高(圖4H)。
進一步使用E8聚類分析顯示,這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細胞樣類型(EndICLT)轉變,但沒有達到完全分化的免疫細胞狀態(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個標記物,分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比,慢性d-流在E8的啟動子區域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數據的小提琴圖中可以看出,E8中相應基因的表達量增加,進一步證實了這一結果(圖3E)。
如圖4所示,與LS相比,慢性OS降低了KLF2和KLF4的表達,同時誘導了EndMT標記物(SNAI1和TAGLN)。重要的是,慢性OS誘導了兩個巨噬細胞標記基因(C1QC和C5AR1)的表達,直接證明了OS可以在體外誘導EndICLT。此外,我們利用小鼠PCL模型進行了一項en - face共免疫染色研究,以確定體內CDH5+ ECs中是否表達巨噬細胞標記蛋白。如圖4A-4D所示,C1QA和LYZ在LCA ECs中明顯被誘導,而在rca中沒有,這為血流誘導的eniclt提供了更有力的證據。我們分析了由基因本體結果確定的d-flow條件***的致***通路(圖2E)。 評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子(METTL3、METTL14和WTAP)的表達。
7.質譜/蛋白質組學證據
質譜法是準確鑒定和表征蛋白質的重要方法。已經進行了數個大規模質譜實驗來研究人類蛋白質組,但是即使考慮蛋白質的翻譯后修飾,也只能可靠地將約50%的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明,非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質組”,其中也包括了可能來自circRNA的編碼產物。作者通過設計新的分析流程,從蛋白質譜數據中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽,并展示了所有原始質譜圖,這些質譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點的肽段。circRNA特異性ORF 為了闡明胰腺*中m6A水平升高的分子機制。解剖學科研分子生物學實驗
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一、人胎肝和骨髓造血室的單細胞轉錄組
為獲取胚胎發育期間造血細胞的全部譜系,研究者從17 – 22 PCW的胚胎肝臟、股骨和髖骨中對表型確定的血液群體進行單細胞分類,并對15個胚胎的單個細胞進行scRNA-seq檢測(圖1)。基于差異表達分析和標準化表達***性排名前20的標記基因,標注了23個不同的群體,發現在肝臟或股骨中檢測不到任何T細胞或先天淋巴細胞(ILCs),單細胞分析顯示在所有免疫表型定義的干細胞和祖細胞群體中存在大量的轉錄異質性,其中一些表型祖細胞群體(如HSCs,MPPs,CMPs,GMPs,MEPs和CLPs)由10多個不同的轉錄表型定義群體組成,這進一步證明人類臍帶血的祖細胞室具有高度的異質性。此外,該研究分析表明當前使用的細胞表面標記物不能很好地預測人類胚胎造血祖細胞的轉錄狀態。 心血管疾病芯片科研國家自然科學基金
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗