特色lncRNA基因
LncExpDB 表征了在特定細胞系/組織中特異性表達、在**或病毒***背景下差異表達、在特定細胞器中富集、在細胞分化或胚胎/***發育過程中動態表達或隨晝夜節律周期性表達的特征 lncRNA 基因韻律。基于大量RNA-seq數據，共鑒定出25191個特征lncRNA，其中***發育7922個，正常組織/細胞系7498個，亞細胞定位5292個，植入前胚胎4343個，*細胞系2907個，1740個晝夜節律，外泌體中為 1538，細胞分化中為 1232，病毒***中為 985。
LncRNA-mRNA相互作用
為了促進對特征 lncRNA 分子機制的深入研究，LncExpDB 通過共表達網絡預測 lncRNA-mRNA 相互作用。LncExpDB 總共包含 28 443 865 個預測的 lncRNA-mRNA 相互作用；這些相互作用中的大多數 (96.4%) 存在于一種生物環境中，并且在五種環境中發現了 12 種相互作用。 METTL14的上調可以通過m6A修飾降低PERP水平。神經性疼痛和炎癥科研實驗外包
CircACTN4 直接與 FUBP1 相互作用并*** MYC 的轉錄
為了探索circACTN4的分子機制，首先進行了pull down和質譜分析circACTN4結合蛋白，發現FUBP1在circACTN4上顯著富集。RIP 檢測進一步證實 FUBP1 可以通過qRT-PCR與BC細胞中的內源性circACTN4 特異性結合。FISH-IF 分析顯示 circACTN4和FUBP1共定位于細胞核中。但是circACTN4 的上調和敲低并沒有改變 FUBP1的表達水平，表明circACTN4不參與FUBP1的翻譯后調控。ChIP-PCR測定證實FUBP1與BC細胞中MYC啟動子結合。構建了 FUBP1 和 FIR 過表達和敲低質粒。通過qRT-PCR和蛋白質印跡確定轉染效率。qRT-PCR和WB的結果表明，FUBP1的上調或下調分別顯著增加或降低了BC細胞中MYC的表達水平。此外， qRT-PCR發現FUBP1在BC組織中的表達明顯高于鄰近正常組織中的表達。Pearson相關分析表明circACTN4的水平與BC組織中FUBP1的表達呈正相關。 接異體科研英拜專注高通量測序行業的整體服務。
2）M1-BMDMs來源的外泌體加重了bEnd.3細胞的EndoMT
我們評估了M1-BMDMs對bEnd.3細胞的影響。結果表明，M1-BMDMs條件培養基(M1-CM)***降低了bEnd.3細胞TEER值(圖2A)，并增加通透性(圖2B)。此外，TJs蛋白熒光染色顯示，M1-CM處理***降低了bEnd.3細胞膜ZO-1和Occludin的表達(圖2C和D)。為了進一步研究M1-BMDMs是否通過外泌體破壞血管內皮細胞的TJs，我們使用外泌體分泌抑制劑GW4869預處理M1-BMDMs。我們發現，加入GW4869部分逆轉了M1-CM誘導的TEER值的下降(圖2A)，滲透率增加(圖2B)；GW4869也逆轉了TJs蛋白熒光強度下降的趨勢(圖2C和D)。相應的，TJs蛋白表達水平也出現了類似的結果(圖2E)。有趣的是，通過對脊髓切片中的α-SMA和CD31進行共染色，我們發現損傷部位的共定位比未損傷部位更多(圖2F和G)。M1-CM***改變bEnd.3細胞形態，分枝減少，胞體拉長(圖2H)。此外，M1-CM暴露***降低了CD31的表達，并強烈增強了EndoMT標記物膠原I、III和α-SMA在bEnd.3細胞中的表達(圖2I)。然而，GW4869可以部分扭轉這些影響。綜上所述，外泌體可能介導巨噬細胞和血管內皮細胞之間的相互作用，并可能是巨噬細胞誘導血管內皮細胞EndoMT的原因。
一、腦損傷改變了果蠅的大腦蛋白質組，擾亂了NCT蛋白和Nup蛋白水平
為了研究創傷性腦損傷的機制，我們使用了一個具有良好特征的創傷性腦損傷果蠅模型，該模型顯示了強大的表型，如TDP-43同源物(Tbph)、p62、應激顆粒和泛素病理，以識別和研究創傷性腦損傷后大腦蛋白質組的變化(圖1A)。對暴露于重復TBI的三齡果蠅幼蟲大腦中的2000個蛋白質進行了無偏性蛋白質組學分析(w1118)，發現361個蛋白質在創傷損傷后發生了***變化(p 0.05，學生t檢驗)。基于基因本體論(GO)的復雜網絡分析在BiNGO (Cytoscape 3)中對tbi相關腦蛋白質組與非tbi對照進行了關聯分析，確定了不同類別的改變蛋白，其中大多數上調(圖1B和C;圖1圖補充1A-E;補充文件1和3)。TBI后上調的比較高類別是微管細胞骨架、蛋白質折疊和蛋白酶體。此外，我們還鑒定了涉及**白復合體和剪接體的蛋白質。核孔復合體(NPC)和NCT通路的組成部分是tbi后上調的主要蛋白子集(圖1圖補充1F)。 英拜提供一年三節的購物卡津貼。
根據我們的研究結果，與第1天相比，第3天的胰腺巨噬細胞具有更高的增殖能力。這可能部分解釋了第3天巨噬細胞的增加。此外，流式細胞術數據顯示M2樣巨噬細胞(CD206+IL4RA+)的百分比在第1天（急性炎癥期）下降并從第3天開始增加（ADM階段），而這些M2樣巨噬細胞的數量在第3天達到峰值，然后迅速減少。此外，流式細胞術數據與免疫熒光分析一致，其中F4/80+CD206+細胞在第3天**豐富。
接下來，我們想知道這些CCR2+單核細胞/巨噬細胞是否可以在胰腺損傷后重新編程為M2樣巨噬細胞。在植入和誘導AP8周后，我們發現第3天的增殖巨噬細胞(Ki67+)主要來自CCR2WT小鼠。與來自CCR2KO小鼠的巨噬細胞相比，來自CCR2WT小鼠的巨噬細胞表現出更高的CD206和IL4RA表達水平。綜上所述，結果表明，ADM階段的M2樣巨噬細胞主要來源于CCR2+單核細胞/巨噬細胞，這些細胞在AP早期募集。 大黃酸導致嘌呤代謝正常化和腸道尿酸水平的降低。成都細胞凋亡甲基化芯片科研
FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。神經性疼痛和炎癥科研實驗外包
3、tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調控RBM17在PTC細胞中的表達
為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機制，作者合成了生物素標記的tiRNA-Gly及其反義序列，進行RNApull-down實驗，進而挖掘K1細胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結果發現了一個50KD左右大小的條帶，選擇經質譜測定肽數>3和獨特肽數>3的蛋白，獲得了5個可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過了WB驗證（圖2B）。RIP實驗也證實tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進一步RIP實驗表明，tiRNA-Gly在RBM17全長序列中***富集，但在UHM截斷后的序列中富集度***下降，表明tiRNA-Gly和RBM17的相互作用依賴UHM（圖3D）。此外，與tiRNA-Gly的相互作用促進了K1細胞RBM17從細胞質轉移到細胞核，雖然tiRNA-Gly主要定位于細胞質，但同時導致K1細胞胞質RBM17蛋白水平降低，核RBM17蛋白水平升高（圖3E-G）。因此，這些研究表明tiRNA-Gly與RBM17的UHM結合促進RBM17的核轉運。 神經性疼痛和炎癥科研實驗外包
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1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗