目前，CTD中超過247000種化學(xué)-表型相互作用使用了870個(gè)解剖學(xué)術(shù)語。 用戶可以通過選擇門戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項(xiàng)，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互；這可用于識別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨(dú)有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合，使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。***，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。FMT可能通過***NF -κB信號通路來緩解腸道炎癥。VEGF標(biāo)書國家自然科學(xué)基金
磷酸甘油酸激酶1 (PGK1)是糖酵解途徑的重要組成部分，與多種**的發(fā)***展有關(guān)。然而，PGK1抑制劑在*細(xì)胞中的***機(jī)制和生理意義尚不清楚。因此，***給大家介紹于2021年4月發(fā)表于“Molecular Therapy”（IF=8.986）的文章“FOXO3A-induced LINC00926 suppresses breast tumor growth and metastasis through inhibition of PGK1-mediated Warburg effect”。在這里，我們鑒定了一個(gè)負(fù)調(diào)控PGK1表達(dá)的lncRNA LINC00926，并預(yù)測乳腺*良好的臨床預(yù)后。我們的研究建立了FOXO3A/LINC00926/PGK1作為調(diào)節(jié)乳腺*生長和進(jìn)展的關(guān)鍵軸。靶向PGK1或補(bǔ)充LINC00926或FOXO3A可能是乳腺*的潛在***策略。焦亡標(biāo)書中標(biāo)率高水蘇糖可減少卵巢囊泡數(shù)量黃體形成.
6）FOXO3A通過調(diào)控乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)抑制增殖、遷移和侵襲，抑制糖酵解
我們研究了FOXO3A是否通過LINC00926調(diào)節(jié)這些效應(yīng)。細(xì)胞增殖和集落形成分析顯示FOXO3A過表達(dá)抑制了乳腺*細(xì)胞的生長，而LINC00926敲低則促進(jìn)了細(xì)胞的生長(圖6A和6B)。重要的是，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控細(xì)胞增殖的能力，表明FOXO3A主要通過表達(dá)LINC00926來降低乳腺*細(xì)胞的增殖。接下來，我們通過LINC00926檢測FOXO3A是否抑制細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解。如預(yù)期，F(xiàn)OXO3A減少了乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲(圖6C和6D)。敲除LINC00926**削弱了FOXO3A抑制細(xì)胞遷移和侵襲的能力。FOXO3A過表達(dá)抑制葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成，降低ECAR和增加OCR。然而，敲除LINC00926極大地減弱了FOXO3A調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解的能力(圖6C-6G)。綜上所述，F(xiàn)OXO3A抑制乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲，以及糖酵解主要依賴于LINC00926。
然后使用單細(xì)胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜（Fig.4G）。使用pseudobulkRNA-seq分析和預(yù)轉(zhuǎn)移體外培養(yǎng)的基因比較，生成了持續(xù)細(xì)胞的基因標(biāo)記，其標(biāo)志是記憶相關(guān)基因(Sell，F(xiàn)oxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達(dá)和效應(yīng)相關(guān)基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(dá)(Fig.4H-I)。對先前的體外單細(xì)胞數(shù)據(jù)（Fig.2H-J）的進(jìn)一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續(xù)性特征的細(xì)胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig.4J-K）。這些數(shù)據(jù)表明，抑制CDK4/6促進(jìn)T細(xì)胞向真實(shí)的記憶表型分化，其特征是功能的長期持久性。采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。
circACTN4 在 BC 組織和細(xì)胞中高度表達(dá)并與臨床病理特征相關(guān)
為探討circACTN4的表達(dá)及其臨床意義，qRT-PCR檢測80對BC組織及鄰近非**組織中circACTN4的表達(dá)。circACTN4在BC組織中的表達(dá)顯著高于配對的*旁組織。qRT-PCR檢測20對BC和*旁組織中線性ACTN4的表達(dá)，數(shù)據(jù)顯示線性ACTN4在BC組織中高表達(dá)。Pearson相關(guān)分析顯示circACTN4的水平與BC組織中線性ACTN4的表達(dá)呈正相關(guān)。結(jié)果表明 circACTN4 和 ACTN4 的共過表達(dá)協(xié)同促進(jìn)了乳腺*的進(jìn)展。RO曲線分析，circACTN4的AUC（曲線下面積）為0.719，診斷特異性和敏感性分別為70%和70。circACTN4 在 BC 細(xì)胞中的表達(dá)顯著高于正常乳腺上皮細(xì)胞 MCF-10A。 miR-127-3p是一種*****因子可下調(diào)CDKN3/E2F1軸的活性。重慶RNA PULLdown標(biāo)書
為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RNA下拉沉淀物進(jìn)行質(zhì)譜分析。VEGF標(biāo)書國家自然科學(xué)基金
4.m6A位點(diǎn)
N-6-甲基腺苷（m6A）是**常見的RNA修飾，存在于許多類型的編碼和非編碼RNA中。作者團(tuán)隊(duì)曾報(bào)道circRNA具有***的m6A修飾，并可以通過募集YTHDF3及相互作用的翻譯起始因子（例如eIF4G2）起始circRNA翻譯。數(shù)據(jù)庫采用了REPIC數(shù)據(jù)庫已發(fā)布的m6A修飾數(shù)據(jù)（由三種不同的工具識別），并將其比對到circRNA序列中。circRNA中已經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的m6A位點(diǎn)也整合到該數(shù)據(jù)庫中。
5.ORF長度
潛在的開放閱讀框（ORF）的長度是編碼RNA與非編碼RNA的共同預(yù)測指標(biāo)。通常在非編碼RNA中找不到長的ORF，數(shù)據(jù)庫將ORF長度>20aa作為circRNA編碼肽的比較低要求。值得注意的是，ORF長度是一個(gè)相對較弱的預(yù)測因子，因?yàn)?*近發(fā)現(xiàn)許多小肽是由人類轉(zhuǎn)錄組中的“非編碼”RNA編碼的，而具有長ORF的circRNA更有可能成為編碼RNA。 VEGF標(biāo)書國家自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)