多囊卵巢綜合征(PCOS)是一種復雜的內分泌和代謝紊亂疾病,通常伴有氧化應激。Tempol是一種超氧化物歧化酶(SOD)模擬物,可預防由氧化應激引起的多種疾病。但是,目前尚不清楚tempol對PCOS的影響。本文通過腸道微生物組的16S rDNA測序和非靶向代謝組學分析脫氫表雄酮(DHEA)誘發的PCOS卵巢功能障礙和葡萄糖耐量減輕的大鼠模型回答了該問題,并于2021年2月發表在《Redox Biol》IF:9.986。
1.Tempol減輕DHEA誘導的PCOS大鼠卵巢功能障礙和細胞凋亡
實驗過程設計如圖1A所示。用發情周期觀察DHEA和/或tempol對卵巢功能的影響,如圖1B所示,oil+PBS組大鼠的動情周期為4~5天,而DHEA+PBS組大鼠大多處于動情期(圖1B)。經tempol處理后,發情周期紊亂得到改善(圖1B)。 RCC細胞中CDKN3基因敲除導致細胞增殖率降低.深圳SCI標書
使用SmartSeq2協議對15個胎兒的單個細胞進行scRNA-seq處理(圖1 a)。
基于差異表達(DE)分析和按標準化表達***性排序的前20個標記基因。紅細胞(表達HBG1、HBA1、GYPA和ALAS2)、mk(表達FLI1、ITGA2B和GP9)、單核細胞祖細胞和單核細胞(表達CD14、MPEG1和CD33)、CD4+單核細胞、肥大細胞(表達CD63、GATA2和HDC)、漿細胞樣樹突狀細胞(pDCs;表達IL3RA,IRF8,MPEG1和JCHAIN)和另一簇高循環pDCs(表達pDC和增殖標記物;例如,MKI67)和粒細胞1、2和3(表達AZU1、MPO和PRTN3)(圖1B)單細胞分析顯示,在所有免疫表型定義的干細胞和祖細胞群體中存在***的轉錄異質性,一些表型祖細胞群體(如造血干細胞、MPPs、cmp、gmp、MEPs和CLPs)由超過10個不同的轉錄定義群體組成(圖1c).注釋了23個不同群體(圖1 d). lncRNA標書腸道微生物群和循環代謝產物之間的聯系.
3.TYRO3通過抑制鐵死亡和**TME,誘導抗PD-1/PD-L1耐藥性。
為探究TYRO3在TME中的功能,首先評估了TYRO3-OE4T1和4T1-P**之間免疫學特征的整體變化。免疫細胞譜分析發現在CD45-**細胞中,Tyro3過表達與PD-L1或caspase-3無關,Tyro3-OE**中M1樣巨噬細胞水平降低,M1/M2比值下降,提示**表達的Tyro3促進M1~M2巨噬細胞極化。用TYRO3-OEBT549細胞或TYRO3-OE和TYRO3–/–4T1**細胞的條件培養基孵育THP1單核細胞或骨髓源性巨噬細胞,進一步驗證TYRO3的體外***功能。RNA-Seq發現VEGF在耐藥細胞系4T1-R和Tyro3-OE中表達上調,TYRO3-OEBT549細胞的條件培養基CM***降低M1標記物的表達,增加M2標記物的表達,加入VEGFR抑制劑完全消除TYRO3對巨噬細胞極化的影響。這些結果表明TYRO3通過上調VEGF降低M1/M2比值,從而促進原瘤TME。
藥物基因組學(老年保護化合物)模塊
該老年保護化合物模塊專注于老年保護劑,允許用戶查詢與衰老相關的化合物,根據衰老表型、靶點、途徑和與年齡相關的疾病,提供應用于模型生物的相關化合物的匯總數據。該模塊目前包含來自藥物治療分析(體內和體外)的數百種化合物和組學數據集的列表,揭示由特定壽命/延長健康壽命的藥物引起的基因表達變化。在該模塊的首頁,用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能,每周更新列出搜索**多的化合物;“臨床試驗”提供了老年保護劑的臨床試驗數據;“專題文章”展示了衰老領域的***研究。重要的是,用戶可以通過藥物名稱、目標基因或來源論文的 DOI 輕松搜索,以獲取有關老年保護化合物的詳細信息。該模塊不僅提供了延長壽命和延長健康期的化合物列表,還提供了有關藥物引起的基因調控和表達變化的信息。 轉座酶染色質可及性單核測序(snATAC-seq)也是一種單細胞表觀遺傳組測序技術。
在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(Tyro3-OE)和4T1-P細胞對抗mPD-1***的反應。在荷4T1-P**的小鼠中,抗mPD-1******減少**的生長,并延長了生存期。這些結果表明,盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應,Tyro3的過表達促進了這些**的耐藥性。為進一步確定在4T1-R耐藥細胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3,敲除4T1-R細胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細胞的小鼠對抗mPD-1***敏感,**生長***減少,小鼠存活時間更長。這些結果證明TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的重要作用。注射circSDHC敲低*細胞的小鼠比對照組表現出更少的惡病質.浙江NF-kB標書
circNDUFB2通過增強泛素/蛋白酶體依賴性降解降低IGF2BPs的穩定性。深圳SCI標書
異種移植的CRC**增加了小鼠血漿中5’-tRF-GlyGCC的水平
為了評價體內CRC**對5’-tRF-GlyGCC表達的影響,使用BALB/c-nu-nu小鼠建立了人CRCHCT116異種移植瘤。與對照組相比,移植裸鼠血漿5’-tRF-GlyGCC水平***升高。此外,外周血中ALKBH3mRNA的表達***升高。小鼠CRCCT26細胞與BALB/c小鼠建立異種移植,結果顯示,外周血中5’-tRF-GlyGCC水平和ALKBH3mRNA表達***。此外,在荷瘤小鼠中5’-tRF-GlyGCC的表達水平與ALKBH3的表達***正相關。這些結果表明,CRC異種移植可促進血漿5’-tRF-GlyGCC水平,并伴有體內ALKBH3的上調。 深圳SCI標書
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗