六、多組學方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉變過程中染色質可及性的變化。VCAM1和TPM1轉錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區域染色質可及性增加相關(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉錄降低(圖6c)與染色質可及性降低相關(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉錄因子的活性，我們發現了可能調節近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質區域，該區域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調控VCAM1表達提供了實驗證據。 這些細胞表現出更強的攻擊性和增殖能力.江蘇TBI標書
6）MAPK1-109aa通過競爭性結合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化
為了研究MAPK1-109aa抑制GC的分子機制，我們將標記的MAPK1-109aa質粒轉染HEK293T細胞。在flag標記的MAPK1-109aa免疫沉淀復合物中，潛在的相互作用蛋白被拉下(圖7a)。采用蛋白MS分析對差異表達蛋白進行鑒定。在被識別的蛋白質列表中，豐度比較高的蛋白質是MEK1，表明MEK1是MAPK1-109aa潛在的相互作用蛋白(圖7b，c)。此外，flag標記的MAPK1-109aa可以與MEK1相互作用，證實了MAPK1-109aa與MEK1之間的直接相互作用(圖7d)。免疫熒光染色顯示MAPK1-109aa與MEK1共定位(圖7e)。此外，我們采用MEK1抗體免疫共沉淀，探討MAPK1-109aa對MAPK1通路的潛在調控作用。 細胞功能標書SCI小鼠的握力在損傷后逐漸持續恢復。
我們進一步發現，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)。總之，我們的結果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導的小鼠肝臟脂肪變性。
3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化
通過測量纖維化相關因子的表達我們評估Caspase-11缺失對MCD誘導的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和Col1a1的表達***上調。相比之下，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠TGF-β、α-Sma和Col1a1的mRNA水平***降低。這些結果表明，Caspase-11缺乏可減少MCD處理小鼠的肝纖維化。
三、INPP4B促進晚期核內體上PI(3,4)P2到PI(3)P的轉化
使用了幾種基于無偏性蛋白質組學的技術來表征INPP4B在pik3a突變ER+乳腺*中的下游信號功能。首先，利用液相色譜-串聯質譜(LC-MS/MS)進行全細胞蛋白質組學研究，確定GFP-INPP4B與gfp載體表達MCF-7細胞中蛋白水平的差異(2倍)。功能注釋分析顯示，inpp4b過表達細胞中上調的蛋白與內溶酶體系統密切相關，內溶酶體系統是介導細胞外受體和貨物內化和降解的囊泡運輸途徑(圖3a)。免疫沉淀質譜(IP-MS)對受EGF刺激的MCF-7細胞進行GFP-INPP4B蛋白復合物的分析，以***I類PI3K信號。從該分析中鑒定出的**富集的結合伙伴是RAB7A (Rab7)，這是一種定位于晚期核內體的小GTPase(圖3b)。GFP-INPP4B與內源性Rab7的共免疫共沉淀證實了INPP4B與Rab7的結合(圖3c)。通過免疫電鏡進一步分析INPP4B定位于晚期核內體，結果顯示GFPINPP4B定位于晚期核內體的限制膜和內膜(圖3d)，之前的研究已經確定了PI(3,4)P2和PI(3)P。在皂苷處理的MCF-7細胞中，觀察到內源性INPP4B與HARab7WT或HA-Rab7Q67L共同定位于cd63陽性的晚期核內體(圖3e)。 circRNAs在腎細胞*(RCC)中的表達模式和生物學功能.
7、CFL1/PLD1軸介導低氧誘導的HCC細胞中AKT途徑的***之前的一項研究表明，PLD1***AKT及其下游mTOR通路促進HCC細胞增殖、侵襲。與此一致，作者觀察到CFL1敲除降低了p-AKT水平，在HCCLM3細胞中通過PLD1恢復增強了p-AKT水平（圖7A，C）。此外，PLD1沉默逆轉了CFL1誘導的Hep3B細胞中AKT信號轉導通路的活化（圖7B，D）。值得注意的是，CFL1或PLD1敲除抑制了肝*細胞中缺氧誘導的AKT通路***和EMT過程（圖7E，F）。之后，進行拯救實驗探討HIF-1α-CFL1-PLD1軸中PLD1的功能。在HCCLM3細胞中過表達的PLD1可以逆轉低氧條件下CFL1-shRNA引起的對AKT磷酸化或EMT過程的抑制（圖7G，H）。總的來說，證實CFL1/PLD1軸在缺氧誘導的HCC進展中起重要作用。
總之，該研究表明HCC中過表達CFL1與較差的臨床病理學參數呈正相關。體外和體內實驗證實CFL1是HCC**生長和轉移的驅動因素。PDL1/AKT通路介導CFL1的致*功能。此外，CFL1是一個缺氧反應基因，通過***PLD1/AKT信號轉導參與缺氧誘導的HCC進展（圖8）。綜上所述，該研究表明CFL1是低氧微環境與HCC進展之間的一種新的連接體。 短鏈脂肪酸與運動恢復/腸屏障通透性的相關性。江蘇流式標書
E2F1是一種有效的轉錄調控因子.江蘇TBI標書
A.29名兒童在進行異體造血干細胞移植前、移植時、移植后即刻以及后期隨訪時均進行了監測。監測患者的基線特征、臨床結果、免疫細胞計數以及炎癥和***標志物。表S1(附加文件1)詳細描述了患者特征。宿主免疫系統參數與腸道、口腔和鼻腔微生物群的縱向動力學相關，這些微生物群在指定的時間點進行了評估。
B.每個身體部位HSCT前、移植時和移植后的細菌α多樣性以log10變換后的y軸顯示。星號表示時間點間的中值逆Simpson指數存在***差異。C.相對于HSCT的時間點LDA分析。對于糞便樣本，HSCT后立即采集的樣本LDA評分為陽性。對于口腔和鼻腔樣本，在HSCT前和后期隨訪時間點樣本的LDA評分均為陽性 江蘇TBI標書
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗