circACTN4促進BC細胞增殖并調節細胞凋亡
為了探索 circACTN4 在 BC 細胞中的生物學功能，將circACTN4過表達質粒和circACTN4的siRNA轉染到BC細胞中。qRT-PCR驗證敲低過表達效率及不影響ACTN4線性轉錄本的表達水平。集落形成、EdU和CCK-8檢測表明 circACTN4的過表達顯著增強了BC細胞的增殖能力，而circACTN4的敲低顯著抑制了細胞活力。hoechst 33342染色顯示，轉染si-circACTN4后，BC細胞出現明顯的凋亡形態特征，包括熒光更強、核片段、染色質聚集和凋亡小體。使用AnnexinV/PI染色通過流式細胞術檢測細胞凋亡率，結果表明circACTN4敲低可以誘導BC的細胞凋亡。WB結果顯示，circACTN4 的下調導致更高水平的caspase-3和Bax以及更低的Bcl-2表達。 Pex調節HSC的ECM分泌。發育芯片
6）SsD抑制患者原代細胞
我們從吉林大學***醫院**組織/生物標本庫獲取AML患者外周血，進一步評估SsD對白血病進展的影響。SsD***抑制了白血病細胞增殖(圖6A)、集落形成能力(圖6B)、誘導細胞周期阻滯(圖6C)。在機制上，這是由FTO介導的m6ARNA甲基化及其在SsD處理的原代細胞中的靶點調控的(圖6D-G)。當我們使用“人-鼠”異種移植白血病模型來評估SsD在體內對白血病進展的影響時(圖6H)，與上述類似，使用SsD******抑制AML進展，包括降低WBC，減少BM中的白血病母細胞，減少脾腫大，抑制肺轉移，延長AML原代細胞異種移植小鼠的存活時間(圖6I-N)。因此，這些體內研究結果表明SsD具有***FTO介導的AML的潛力。 芯片定制服務公共比較毒理基因組學數據庫。
2021年，美國華盛頓大學生物醫學信息學與醫學教育系和華盛頓大學兒科等團隊合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報道開發了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對細胞表面標記物和染色質可及性進行配對測量:染色質環境和表位的整合細胞索引，稱為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學平臺擴展了這種方法，開發了一種三峰分析方法，可以同時測量數千個單細胞的轉錄組學(scRNA-seq)、表位和染色質可及性(scATAC-seq)，并稱之為TEA-seq。這些多模式單細胞檢測提供了一個新的工具箱來識別基于表型定義的細胞類型的類型特異性基因調控和表達。
三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動態
由于技術限制，scRNA-seq難以檢測低豐度轉錄本（如轉錄因子TFs），而通過染色質的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細胞的單細胞染色質可及性，分別對18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個細胞進行了測序，基于SNN算法，共得到7個不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數據中檢測了所選標記基因的可及性，與干細胞相關的標記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細胞的未分化特性一致(圖3B)。生成的軌跡顯示出兩個分支，每個分支的染色質可及性和分化有明顯的趨勢(圖3D和3E)。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。
第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）
附加文件中可以包括平臺、批次等信息。 例如，在平臺列中，“1”表示數據來自 Affymetrix U133 plus2 平臺，“2”表示來自安捷倫微陣列芯片的數據，“3”表示來自 Illumina Hiseq 2000 的數據等。
第四步：填寫電子郵箱（選填，建議填寫）
如果填寫郵箱，結果會以郵件形式發送至該郵箱。
第五步：提交
數據文件全部上傳后，點擊“Submit”進行提交，頁面會自動跳轉至結果頁。也可以根據頁面給出的job ID查詢結果。
總而言之，我們可以使用Rank-In對**的芯片和 RNA-seq中的混合數據進行綜合轉錄組學分析。 阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配。活細胞成像
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此外，生存分析顯示，EV中CD44v6和C1QBP高表達的患者的生存結局明顯較差(圖7F)。循環外泌體的隨訪數據也顯示了一致的結果。PDAC患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于健康對照組(圖7G)， PDAC伴有肝轉移的患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的患者(圖7G)。免疫電子顯微鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC患者的循環外泌體***表達(圖7H)。高循環外泌體表達CD44v6和C1QBP的患者比其他患者更容易發生肝轉移 (圖7I)。然而，高表達循環外泌體CD44v6和C1QBP的患者生存率明顯較差(圖7J)。總之，我們的研究結果證實了CD44v6和C1QBP在組織源性EV和循環外泌體中的表達可以預測PDAC患者的預后和肝轉移。
結論：我們揭示了原代PDAC細胞和HSCs之間通過PDAC來源的外泌體進行遠距離的細胞通信。此外，Pex通過促進肝纖維化微環境的形成來指示肝特異性轉移。更重要的是，我們發現外泌體CD44v6/C1QBP復合物傳遞到HSC的質膜上誘導IGF-1信號通路的***。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物，也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。 發育芯片
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗