SP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡
我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節性細胞死亡，它與包括肺*在內的**生長的發病機制有關。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，Fer-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。 根客戶的研究方向查閱相關文獻。甘油三酯課題產學研合作
tiRNA-Gly通過RBM17調節增殖或遷移相關基因的選擇性剪接
由于RBM17是一種參與mRNA選擇性剪接的剪接體蛋白，研究tiRNA-Gly在與RBM17結合時是否調節下游基因的選擇性剪接將是一項有趣的研究。對過表達tiRNA-Gly后的K1細胞系進行RNA測序，所有的選擇性剪切事件如6A所示，外顯子跳躍（cassette外顯子）占37.67%，A5SSs剪接占6.78%，A3SSs剪接占4.99%，備選***外顯子(AltStart)剪接占18.19%，備選末端外顯子（AltEnd）剪接占18.74%，互斥事件（MEXs）占5.12%，內含子保留剪接（IR）占8.51%。外顯子跳躍顯然是tiRNA-Gly誘導的**頻繁的選擇性剪接事件。MAP4K4、POSTN、HACE1、DPP9和BRCA1是外顯子跳躍導致表達變化比較大的基因。tiRNA-Gly誘導了MAK4K4第16外顯子的跳躍，POSTN第21外顯子的跳躍，HACE1第8外顯子的跳躍，DPP9第21外顯子的跳躍和BRCA1第13外顯子的跳躍（圖6B）。如圖6C-D所示，升高的tiRNA-Gly誘導了MAP4K4一個截斷型(NM_4834.4)的mRNA水平，降低了一個長型(NM_1242560.1)的mRNA水平，而下調的RBM17則起相反的作用。重要的是，RBM17的敲除阻斷了由tiRNA-Gly誘導的MAP4K4截斷變體(NM_4834.4)的增加，表明tiRNA-Gly誘導的選擇性剪接依賴于RBM17。 天津課題第三方實驗室提供***科研設計咨詢及輔助實驗。
SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析的支持，表明FOXA1基元在siSIM2-DN arb上的富集少于在AR結合沒有變化的位點上的富集(圖7d）。
4）APP/PS1小鼠大腦皮質區受損星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高
我們研究了NOX4來源的氧化應激在APP/PS1小鼠受損星形膠質細胞中的作用。我們用免疫熒光染色法測定了APP/PS1小鼠和野生型(WT)小鼠大腦皮層GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE的蛋白水平(圖4A)。免疫熒光染色顯示，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質區GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度增加(圖4A、C)。APP/PS1小鼠皮質區受損的GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度升高。此外，與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠中4-HNE和GFAP亞細胞共定位呈陽性的受損星形膠質細胞數量***增加(圖4D)。與WT小鼠相比，APP/PS1小鼠皮質區GFAP陽性星形膠質細胞(圖4B和E)和MDA與GFAP亞細胞共定位陽性的受損星形膠質細胞(圖4F)數量增加。4-HNE在APP/PS1小鼠NOX4陽性星形膠質細胞***定位(圖4G)。此外，APP/PS1小鼠NOX4和4-HNE陽性星形膠質細胞數量***增加(圖4H)。這些結果提示APP/PS1受損小鼠星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高。 英拜提供生物醫學課題外包服務。
4）SsD通過直接抑制FTOm6A去甲基化活性來誘導m6A修飾
為了檢測m6A在RNA上的變化，我們在SsD處理的白血病細胞中進行了m6A點印跡實驗。如圖4A所示，SsD***增加了m6A在轉錄組中的豐度。此外，HPLC-MS/MS定量證實了SsD處理的NB4和Kas-1細胞mRNA中細胞m6A的增加(圖4B)。接下來，我們檢測了FTO的兩個直接靶點MYC和RARA在SsD處理的細胞中的表達。SsD在mRNA和蛋白水平***下調了NB4和Kas-1細胞的MYC，而上調了RARA(圖4C-D)。有趣的是，SsD依賴的MYC和RARA的減少是由于FTO過表達細胞中mRNA和蛋白穩定性的降低(圖4E-4H)。綜上所述，這些結果證明了FTO及其下游靶點(如MYC,RARA)是FTO過表達白血病細胞中SsD的主要效應因子。 TIMEOR用于推斷基因調控事件之間的關系。巨噬細胞課題實驗外包
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4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發現CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導的HSC活化(圖5E，F)、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用，我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明，CD44v6在Pex誘導的HSC***中發揮了重要作用。 甘油三酯課題產學研合作
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