再生胰腺中胰腺巨噬細胞的動態轉錄組譜
為了進一步了解 AP 恢復過程中巨噬細胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細胞用于 RNA-seq 分析。顯著性差異表達基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網絡工具 DAVID Gene Ontology (GO) 進行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1 特征簇）高度表達的基因特別富集炎癥反應和 CCR2 依賴性趨化性。簇 25 和 27 包含在 ADM 階段（第 3 天）高表達的基因，具有不同的表達模式和功能，表明該階段的巨噬細胞異質性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關的基因在簇27中富集，而與細胞周期相關的基因在簇25中富集。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物。壞死性小腸結腸炎小鼠模型
對離體培養的Maoa野生型和KO BMMDs中ROS水平的測定也顯示，在IL-4/IL-13刺激或不刺激下，Maoa KO BMMDs中ROS水平降低，與體內TAM結果一致（圖4d）。向IL-4/ IL-13刺激的Maoa WT和KO BMDMs補充H2O2可將其細胞內ROS水平提高到相似水平，并消除它們在免疫抑制標記物和特征基因表達的差異（圖4e-g）。另一方面，補充酪氨酸(MAO-A的底物)可增加ROS水平，并上調免疫抑制基因在Maoa WT BMDMs中的表達，但在Maoa KO BMDMs中不上調（圖4h-j）。綜上所述，這些數據表明MAO-A通過調節巨噬細胞內ROS水平來調節巨噬細胞的免疫抑制極化。肝損傷課題CRO可以推斷基因調控事件之間的關系。
然后使用單細胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細胞的轉錄譜（Fig. 4G）。使用pseudobulk RNA-seq分析和預轉移體外培養的基因比較，生成了持續細胞的基因標記，其標志是記憶相關基因(Sell，Foxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達和效應相關基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(Fig. 4H-I)。對先前的體外單細胞數據（Fig. 2H-J）的進一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續性特征的細胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig. 4J-K）。這些數據表明，抑制CDK4/6促進T細胞向真實的記憶表型分化，其特征是功能的長期持久性。
2、hUC-MSCs增加MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞的衰老通過Sirt1/p53信號
作者推測hUC-MSCs***MRL/lpr小鼠的潛在機制可能是通過增強CD4+T細胞的衰老來抑制其積累。為了驗證這一點，作者從脾細胞懸液中分離出單核細胞，然后純化CD4+T細胞用于RNA和蛋白質制備。測量了p21和p16水平作為早衰的標記物。結果顯示與WT對照組相比，p21和p16的mRNA和蛋白質水平在MRL/lpr小鼠中***降低，與此同時，與接受PBS處理的MRL/lpr小鼠相比，p21和p16的mRNA和蛋白表達在hUC-MSCs***組中***增加(圖2A-C)。研究還發現，與WT小鼠相比，MRL/lpr脾臟CD4+T細胞的Sirt1表達水平升高，在Lys-379位點的p53乙酰化水平降低，而hUC-MSCs***可以通過降低Sirt1水平、增加p53水平和p53乙酰化水平來逆轉這一變化(圖2C-E)。總之，上述結果提示，MRL/lpr小鼠脾臟CD4+T細胞的衰老可能是有缺陷的由于Sirt1/p53的信號改變導致，這可能導致CD4+T細胞的過度增殖。因此，hUC-MSCs的臨床作用可能與脾CD4+T細胞衰老通路的恢復有關。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構。
7、LncHrt對梗死心臟的***潛力
在證明LncHrt可以保護心臟免受心肌梗死損傷后，接下來探討LncHrt是否可以作為***梗死心臟的潛在***靶點。MI后向心肌內注射AAV9-LncHrt或AAV9-CTRL，并持續監測LncHrt的表達，直至其在兩組間表現出***差異。結果發現，LncHrt敲除后改善了心臟的形態，***降低了HW/BW比值。注射2周后，LncHrt敲除改善了心臟功能，表現為縮短分數增加，心室內經減小。組織學也表明LncHrt敲除后心臟組織的病理性變化***減少。此外，敲除LncHrt后心臟代謝內穩態也得到恢復，表現在氧通量，呼吸作用和ATP等。總之，這些表明LncHrt對梗死心臟的有***潛力。 高通量分子實驗的后續標書申請指導服務。基礎分子實驗課題產學研合作
英拜生物對實驗可行性分析。壞死性小腸結腸炎小鼠模型
隨后，通過進行spearman分析，研究了所有三組循環代謝產物豐度與腸道微生物群之間的聯系，以測試33個屬與52個代謝產物之間的關聯，其中有11個代謝物與各屬均無***相關(圖7A)。其余甘油磷脂類只與一兩種屬相關，而多不飽和脂肪酸(8-HETE, 8,9 - DiHETrE, 20-羥基二十甲酸)與至少7個屬***相關。此外，血清水蘇糖與瘤胃球菌1或2之間的相關性表明，PCOS大鼠血清水蘇糖水平降低與瘤胃球菌1豐度降低和瘤胃球菌2豐度增加有關(圖7B-C)。當tempol干預改變瘤胃球菌_1和_2的豐度時，PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。壞死性小腸結腸炎小鼠模型
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗