caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。確實，MMTVneu**的caspase-3陽性細胞比相應的Pten+/+少;綜上所述，這些結果表明，PTEN不能被ATM磷酸化的細胞對基因毒性應激誘導的細胞凋亡具有抗性。為了評估表達PTEN-398A且DNA損傷未解決的細胞在輻照(圖2B,C和補充圖4B,C)后的持續(xù)存在是否是誘導凋亡反應失敗的結果，我們在IR之前先用泛caspase抑制劑z-VAD-FMK(zVAD)對細胞進行預處理。與DMSO處理相比，zVAD增加了PTEN-WT細胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量，其水平與DMSO處理的PTEN-398A細胞相當(補充圖5F)。然而，需要注意的是，zVAD預處理也略微增加了IR后PTEN-398A細胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。采用UPGMAPCoA和NMDS評估不同群體的腸道菌群β-多樣性.服務標書地區(qū)科學基金
為了驗證MAO-A缺乏是否直接有助于減輕Maoa KO巨噬細胞的免疫抑制極化，進行拯救實驗。構建MIG-Maoa逆轉錄病毒載體，利用該載體轉導Maoa KO BMDMs，并在這些巨噬細胞中實現(xiàn)了MAO-A的過表達（圖3l-n）。MAO-A過表達***加劇了IL-4/ IL-13刺激的Maoa KO BMDMs的免疫抑制表型（圖3o-p）。綜上所述，這些結果表明，MAO-A作為一種自主因子，在***刺激下促進巨噬細胞免疫抑制極化。
4、MAO-A通過ROS上調促進巨噬細胞免疫抑制極化
接下來，研究調控MAO-A促進巨噬細胞免疫抑制極化的分子機制。據(jù)報道，細胞內活性氧(ROS；氧化應激)會引起巨噬細胞的免疫抑制特征。MAO-A催化單胺的氧化脫氨，從而產生過氧化氫(H2O2)作為副產物，可以增加細胞內ROS水平。因此，推測MAO-A可能通過上調TAM中的ROS水平，促進TME中TAM的免疫抑制極化（圖4a）。為了驗證這一假設，測量了從攜帶B16-OVA**的MaoaWT和KO小鼠中分離的TAMs中的ROS水平，并檢測到MaoaKOTAMs中ROS水平***降低（圖4b-c）。 臨床醫(yī)學標書中標率高為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RNA下拉沉淀物進行質譜分析。
1）SsD在AML中表現(xiàn)出抗增殖活性
為了闡明SsD在白血病中的藥理作用，我們在10個人白血病細胞系中探討了一系列SsD濃度的影響。我們發(fā)現(xiàn)SsD在大多數(shù)白血病細胞系中以劑量依賴的方式抑制細胞活力(圖1A)。為了進一步研究SsD對白血病的抑制作用，我們在4種白血病細胞系NB4、kas1、MV4-11和U937(SsD敏感性排名前4位的細胞)進行了集落實驗。與細胞活力結果相似，SsD***抑制了所測細胞系的集落數(shù)量和大小(圖1B-E)。有趣的是，SsD對細胞增殖和活力的抑制可能是由于細胞周期阻滯在G1期和NB4細胞凋亡增加(圖1F-G)。
七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續(xù)至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(圖7a)。有趣的是，未手術控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進展有關。從小鼠IRI到人類的細胞類型標記轉移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發(fā)現(xiàn)的修復失敗的近端小管細胞(FR-PTC)群體有關(圖7c)。 轉座酶染色質可及性單核測序(snATAC-seq)也是一種單細胞表觀遺傳組測序技術。
2、miR-208b由結腸*細胞以外泌體的方式分泌
隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導。分離鑒定了3株CRC細胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達。外泌體中miR-208b的表達模式和在細胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關。
3、SW480細胞分泌的外泌體miR-208b促進Treg擴增
前人研究表明順鉑會影響**免疫微環(huán)境。MiRNA可能通過促進Treg擴增誘導免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體miR-208b對T細胞分化的影響。使用siRNA去除miR-208b，然后收集外泌體，將含有不同水平miR-208b的外泌體與原代CD4+T細胞共培養(yǎng)（圖4A-B）。6h后，受體CD4+T細胞中miR-208b***增加，尤其是SW480-OXA組，而外泌體miR-208b缺失組則沒有***改變，表明CD4+T細胞中miR-208b是由外泌體傳輸（圖4C-D）。此外，SW480和SW480-OXA來源外泌體處理組的CD4+CD25highFoxp3+Tregs細胞數(shù)***增加，而外泌體miR-208b缺失對其陽性細胞數(shù)則沒有明顯影響。表明外泌體miR-208b促進Treg擴增。 在786-O和A498細胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實了這一關系.推廣標書省自然科學基金
circRNAs在**的發(fā)展和進展中發(fā)揮著重要的調控作用.服務標書地區(qū)科學基金
4）CircMAPK1編碼109個氨基酸的新蛋白MAPK1-109aa
根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫circRNADb的預測結果，circMAPK1序列中包含一個開放閱讀框，起始密碼子為ATG，IRES位于274-327nt。這一觀察結果表明circMAPK1具有編碼109aa蛋白的潛能，本研究將其命名為MAPK1-109aa(圖4a)。為了驗證預測的IRES在circMAPK1中的活性，我們進行了雙熒光素酶檢測，結果顯示野生型IRES報告基因的熒光素酶活性明顯高于突變型IRES報告基因的熒光素酶活性(圖4b)。為了進一步證實MAPK1-109aa的存在，我們將circMAPK1IRES突變質粒和circMAPK1過表達質粒轉入HEK293T細胞。銀染色結果顯示，在分子量為13kDa時存在明顯的蛋白帶，與MAPK-109aa的預測大小一致。MS檢測到AMEIMLNSKLCL序列，與MAPK1-109aa含有特定C端序列LCL的氨基酸序列一致(圖4c)。為了檢測該多肽產物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。WesternBlot檢測40對胃*組織(圖4e)和細胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。 服務標書地區(qū)科學基金
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗