二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎
CDH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調節因子15。類似地，G蛋白偶聯受體12(GPR12)在原始亞型中上調，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據報道它是WNT信號通路的調節因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在committedcluster中其他基因的高表達包括免疫相關基因，如C1QA,CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committedcluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed亞型中，免疫反應通路如干擾素-γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C,D,SupplementaryFigs.16,18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關性一致。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構。代謝課題整體服務
此外，有報道稱DRD2可在神經系統中與EGFR結合。在BrCa細胞中，293T和MDA-MB231中也證實了DRD2和EGFR的結合(圖6E)。DRD2的表達下調ERBB1 (EGFR)和ERBB2 (HER2)的表達(圖6F)。在異位表達DRD2的BrCa細胞中，DDX5可以促進p-IκBα的磷酸化，增加磷酸化p65的蛋白水平(圖6G)。eEF1A2可直接***上調p-p65的表達，而不影響IKKα/β或IκBα，甚至在沒有LPS的情況下，eEF1A2可上調表達DRD2的MDA-MB231的p-p65蛋白水平(圖6G)。以上結果表明，DDX5和eEF1A2對NF-κB信號通路的促進作用受DRD2異位表達的抑制。
結論：這項研究新發現了一種**抑制基因-DRD2，可以提高BrCa患者的生存率和PTX***反應。DRD2誘導細胞凋亡和壞死，并在Mφ向M1重編程過程中進一步觸發焦亡。DRD2通過與β-arrestin2結合，下調DDX5和eEF1A2，從而限制NF-κB信號通路的***。DRD2是一種潛在的預測預后的生物標志物，并且DRD2是BrCa中一個很有前途的***靶點。 醫學相關課題詢問報價TRF測序課題整體服務。
circNDUFB2抑制NSCLC進展
體外研究表明circNDUFB2過表達顯著抑制了NSCLC細胞的增殖，遷移和侵襲，而circNDUFB2敲低顯著促進了這些表型。體內實驗表明circNDUFB2過表達可顯著抑制NSCLC細胞的致瘤性和轉移。這些數據表明circNDUFB2可能在NSCLC進展中起抑制作用。
circNDUFB2與NSCLC細胞中的IGF2BP1/2/3相互作用
為了探索circNDUFB2是否通過與蛋白質相互作用發揮功能，RNA pulldown來鑒定與其相關的蛋白質。RNApulldown沉淀物通過SDS-PAGE分離。銀染后，切下約65 kDa的有義特異性條帶，并使用質譜進行分析。發現**個豐富的蛋白質分別是IGF2BP2，IGF2BP1和IGF2BP3。使用Western blot和RIP分析證實了這一結果。此外， RNA FISH免疫熒光分析，發現circNDUFB2與IGF2BPs共定位在細胞質中。為了探討IGF2BPs的KH域對于與circNDUFB2之間的相互作用，構建IGF2BPs突變體，KH結構域突變明顯減少了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。接下來進行了circNDUFB2突變，發現circNDUFB2突變顯著降低了IGF2BP與circNDUFB2之間的相互作用。
五、NF-κB調節表達VCAM1的近端小管亞群的分子特征
檢測了一組近端小管細胞，VCAM1的表達和染色質可及性增加，我們將其命名為PT_VCAM1(圖1)。免疫熒光研究表明，VCAM1在近端小管上皮中呈散在分布的表達(圖5a)。我們的單細胞研究估計PT_VCAM1占總細胞數的2%，近端小管上皮細胞數的6%。我們還證實，在LTL+ PT細胞中，VCAM1+小管細胞占4.19 1.58%，而在腎皮質的UMOD+ TAL細胞中，VCAM1+細胞未被檢測到(圖5b)。雖然之前的研究表明VCAM1在亨利氏襻(dTL)的降肢表達，但我們*通過AQP1對腎臟切片進行鏈紋檢測，觀察到VCAM1在dTL的一個亞組表達(圖5c)。這些數據表明，VCAM1+小管細胞大部分位于皮質內近端小管內。與VCAM1+ PT細胞相比，有少數dTL小管表達VCAM1。免疫熒光分析確定了一個VCAM1+近端小管細胞亞群表達CD24或CD133(圖5d)。 高表達的外泌體CD44v6和C1QBP是預測PDAC患者預后和肝轉移的很有前途的生物標志物。
隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當YTHDC2在H1299細胞中過表達時，并過表達SLC7A11完全恢復了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉錄的關鍵轉錄因子，ATF4在H1299細胞中上調SLC7A11(圖4H、I)。過表達YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結合臨床分析，YTHDC2表達下調，而SLC7A11表達上調(圖4K、L)，并且它們在**中呈負相關(圖4M)。
5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩定
作者為研究YTHDC2是否在轉錄被阻斷后調控SLC7A11mRNA的穩定性，通過泛轉錄抑制劑ActD處理H1299和H1975細胞，發現YTH結構域對于YTHDC2縮短H1299細胞中SLC7A11mRNA的半衰期至關重要(圖5A)。在H1975細胞中，CRISPR/Cas9技術使YTHDC2功能喪失，然后YTHDC2重構，進一步證實YTHDC2加速了SLC7A11mRNA的衰變(圖5B)。EXOSC10是一種外切酶，負責3’-5’外切酶活性。EXOSC10的缺失，減弱了YTHDC2縮短SLC7A11mRNA半衰期的作用(圖5C、D)。在藥理學水平上，用兩種泛-RNase抑制劑DEPC和RNasin***H1299細胞，也阻斷了YTHDC2的功能(圖5D)。 表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。WNT課題基礎實驗外包
ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。代謝課題整體服務
2021年6月，在Oncogene雜志上發表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報道通過運用了一種強大的染色質導向蛋白質組學方法，稱為ChIP-SICAP，揭示去勢抗性前列腺*(CRPC)細胞中內源性AR周圍染色質蛋白網絡(染色質蛋白網絡)的組成。在CRPC細胞雄***信號通路的背景下，進一步研究了與AR相關蛋白作用的染色質重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq和功能實驗的數據，揭示SMARCA4和AR在染色質上***共存，SMARCA4缺失影響了一組AR靶基因的染色質可及性和表達，也抑制了CRPC細胞的生長，驗證了SMARCA4在CRPC細胞中的功能。雖然SIM2的沉默同樣降低了染色質的可及性，但它影響了更多的雄***調節基因的表達。在雞胚絨膜尿囊膜實驗中，SIM2沉默也降低了CRPC細胞的增殖和**的大小。總之，此研究鑒定的AR染色體是研究這一重要藥物靶點的重要資源。代謝課題整體服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗