6）FOXO3A通過調(diào)控乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)抑制增殖、遷移和侵襲，抑制糖酵解
我們研究了FOXO3A是否通過LINC00926調(diào)節(jié)這些效應(yīng)。細(xì)胞增殖和集落形成分析顯示FOXO3A過表達(dá)抑制了乳腺*細(xì)胞的生長，而LINC00926敲低則促進(jìn)了細(xì)胞的生長(圖6A和6B)。重要的是，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控細(xì)胞增殖的能力，表明FOXO3A主要通過表達(dá)LINC00926來降低乳腺*細(xì)胞的增殖。接下來，我們通過LINC00926檢測FOXO3A是否抑制細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解。如預(yù)期，F(xiàn)OXO3A減少了乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲(圖6C和6D)。敲除LINC00926**削弱了FOXO3A抑制細(xì)胞遷移和侵襲的能力。FOXO3A過表達(dá)抑制葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成，降低ECAR和增加OCR。然而，敲除LINC00926極大地減弱了FOXO3A調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解的能力(圖6C-6G)。綜上所述，F(xiàn)OXO3A抑制乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲，以及糖酵解主要依賴于LINC00926。 英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。重慶課題分子生物學(xué)
6、IFNα暴露增加CD8+T細(xì)胞的NAD+的消耗
為了了解慢性I型IFN與CD8+T細(xì)胞下游線粒體和代謝變化之間的機(jī)制聯(lián)系，首先在SLE患者CD8+T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)中探索了哪些通路與I型IFN信號(hào)相關(guān)。結(jié)果顯示煙酸/煙酰胺代謝途徑顯示出比較高的相關(guān)性（圖6a），并且在IFN-highSLE患者的CD8+T細(xì)胞中，NAD消耗酶，如ADP-核糖聚合酶（PARP9、PARP10和PARP12）和CD3828***上調(diào)（圖6b）。觀察到延長IFNα和TCR刺激后CD8+T細(xì)胞中NAD+/NADH比值***降低（圖6d），該實(shí)驗(yàn)條件模擬了在IFN-high的SLE患者CD8+T細(xì)胞中觀察到的線粒體和代謝異常，表明在活化的CD8+T細(xì)胞中，I型IFN信號(hào)引起的NAD消耗酶表達(dá)上調(diào)可導(dǎo)致NAD+耗竭和隨后的線粒體功能障礙。 醫(yī)學(xué)科研課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。
一、上傳數(shù)據(jù)
可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時(shí)序count表達(dá)文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個(gè)問題，然后點(diǎn)擊“Run”開始進(jìn)行質(zhì)控
二、初級(jí)分析
數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進(jìn)行初級(jí)分析，包括：差異表達(dá)量計(jì)算、基因簇分析。差異計(jì)算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實(shí)際情況自由選擇。
三、次級(jí)分析
次級(jí)分析用于評(píng)估豐富度、因子結(jié)合和時(shí)間關(guān)系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級(jí)分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識(shí)別基因簇中高表達(dá)的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預(yù)測影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子；TemporalRelations，識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRN）。
PGE2 增強(qiáng) IL4Rα 信號(hào)以增強(qiáng)巨噬細(xì)胞的 M2 ***
巨噬細(xì)胞能夠響應(yīng)可變的局部微環(huán)境信號(hào)從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經(jīng)典的信號(hào)級(jí)聯(lián)（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細(xì)胞還可以整合由細(xì)胞外刺激觸發(fā)的代謝線索，以***它們的 M2表型。在這里，我們想知道 PGE2 是否也參與了 AP 損傷后胰腺巨噬細(xì)胞的 M2 極化。為此，我們首先檢查了 AP 損傷后 PGE2 的動(dòng)態(tài)表達(dá)。COX1 和 COX2 是產(chǎn)生前列腺素的兩種關(guān)鍵酶。在這里我們發(fā)現(xiàn)Ptgs2 (COX2)的表達(dá)在第 3 天達(dá)到峰值，而Ptgs1 (COX1)的表達(dá)在第 1 天下降并在第 3 天回到基礎(chǔ)水平。一致地，免疫熒光分析顯示 PGE2 在第 3 天升高，并在第 5 天迅速恢復(fù)到基礎(chǔ)水平。值得注意的是，PGE2在第 3 天主要與導(dǎo)管樣細(xì)胞（CK19 +細(xì)胞）共表達(dá)，以及部分與巨噬細(xì)胞（F4/80 +細(xì)胞）共表達(dá)。此外，根據(jù)我們的 RNA-seq 數(shù)據(jù)和流式細(xì)胞術(shù)分析，我們發(fā)現(xiàn)巨噬細(xì)胞中 COX2 的表達(dá)也在第 3 天達(dá)到峰值。更有趣的是，與 IL4Rα -巨噬細(xì)胞和單核細(xì)胞相比，IL4Rα +巨噬細(xì)胞表達(dá)了更高水平的 COX2。 ***ATM對(duì)PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
在沒有RNA配體的情況下，RIG-I采用一種自動(dòng)抑制的構(gòu)象，CARDs發(fā)出信號(hào)。因此假設(shè)circNDUFB2可能通過促進(jìn)其CARDs釋放***RIG-I。用Co-IP檢測RIG-I的CARDs（FLAG-CARD）和螺旋酶結(jié)構(gòu)域（HA-ΔCARD）之間的相互作用。結(jié)果表明circNDUFB2抑制了RIG-I的CARDs和螺旋酶結(jié)構(gòu)域之間的相互作用。此外，circNDUFB2增強(qiáng)了CARDs與線粒體抗病毒信號(hào)蛋白（MAVS）的相互作用。這些結(jié)果表明circNDUFB2可能通過破壞CARDs與其解旋酶結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用來***RIG-I，并使RIG-I保持活性，從而***RIG-I-MAVS信號(hào)級(jí)聯(lián)。circNDUFB2的免疫反應(yīng)抑制NSCLC進(jìn)展我們接下來研究了Pex對(duì)HSCs生物學(xué)行為的影響。壞死性小腸課題協(xié)同創(chuàng)作
ATM對(duì)PTEN的磷酸化驅(qū)動(dòng)細(xì)胞周期進(jìn)程。重慶課題分子生物學(xué)
5）MAPK1-109aa對(duì)胃*有抑制作用
為了進(jìn)一步研究MAPK1-109aa的生物學(xué)功能，我們將circMAPK1ATG突變質(zhì)粒、circMAPK1IRES突變質(zhì)粒和circMAPK1過表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)染到MKN45和BGC823細(xì)胞中。如預(yù)期的那樣，當(dāng)轉(zhuǎn)染ATG突變質(zhì)粒和IRES突變質(zhì)粒時(shí)，沒有出現(xiàn)circMAPK1編碼的MAPK1-109aa13-kDa帶(圖5a)。CCK8實(shí)驗(yàn)(圖5b)、集落形成實(shí)驗(yàn)(圖5c，d)和EdU實(shí)驗(yàn)(圖5e，f)顯示過表達(dá)circMAPK1明顯抑制了細(xì)胞的增殖能力。流式細(xì)胞術(shù)顯示，處于S期的GC細(xì)胞數(shù)量也明顯減少(圖5g)。然而，當(dāng)circMAPK1的ATG或IRES序列發(fā)生突變時(shí)，MKN45和BGC823細(xì)胞的增殖能力沒有明顯變化。 重慶課題分子生物學(xué)
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)