6.大腸腺瘤預測模型的特異性驗證
提高標志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩病（CD），潰瘍性結腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）和2型糖尿病（T2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。
7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析
在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。比較腺瘤和CRC，輔助因子，輔基，電子載體，維生素生物合成（例如MK-10生物合成）以及氨基酸降解和發(fā)酵的途徑富含**。另一方面，腺瘤的細胞結構生物合成以及脂肪酸和脂質的生物合成/降解途徑減少。 英拜提供分子生物學以及免疫病理相關實驗。四川科研創(chuàng)新服務
三、pten-s38a突變誘導細胞凋亡抵抗
為了進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應，我們使用抗體陣列評估了表達PTEN-wt或PTEN-398a的MCF10A細胞裂解液的應激反應和凋亡通路的活性。Pten+/+和Pten398A/398AMEF培養(yǎng)，表達Pten-wt的MCF10A細胞與表達Pten-398A的MCF10A細胞在正常培養(yǎng)條件下的生長速率均無差異(圖3A和補充圖5C)。對細胞進行不同的基因毒性脅迫處理:IR、順鉑和柔紅霉素。在所有條件下，Pten398A/398AMEFs和PTEN-398A表達的MCF10A細胞對基因毒性脅迫的抗性均高于野生型PTEN的細胞(圖3BD和SupplementaryFig.5D,E)。通過流式細胞儀AnnexinV染色判斷(圖3E)。通過使用caspase-3抗體對Pten+/+、MMTVneu和Pten398A/398A、MMTVneu**進行免疫組化染色，證實了這些觀察結果。 山西科研整體服務代謝變化被認為是腸病**重要的特征之一。
二、改進標簽轉移和差異分析
研究了方法差異對下游生物學分析的影響
A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.
C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產生了更多具有高標記轉移評分的細胞.
D所有方法產生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞，這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細胞可能丟失，或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型.
三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協(xié)議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質量。盡管如此，ICICLE-seq結果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質可達性和高質量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細胞類型特異性標記與聚類的明確關聯(lián)識別細胞類型特異性聚類。 英拜是您身邊的科研小助手。
編碼PI3Kαp110α亞基的PIK3CA在多達40%的乳腺*中發(fā)生突變，**常見的是雌***受體陽性(ER+)**。突變的PIK3CA在校正ER陽性等有利風險變量時并不是預后的**標記物，但它是改善晚期ER+乳腺*內分泌和PI3K聯(lián)合***應答的預測生物標記物。有趣的是，與PTEN等其他PI3K通路改變的**相比，pikca突變ER+乳腺*顯示出極少的AKT***和對AKT信號的依賴。
NPP4B抑制AKT信號，并在三陰性(ER/PR/HER2)和基底樣乳腺*中表現(xiàn)出**抑制活性。此外，INPP4B蛋白在黑色素瘤、卵巢*和前列腺*中表達減少。在小鼠模型中，Inpp4b消融與Tp53/Brca1缺失共同增加了乳腺**外顯率，并與Pten雜合子缺失共同促進體內甲狀腺**的發(fā)生和轉移。值得注意的是，INPP4B通過降解PI(3,4)P2，抑制早期核內體的局部AKT2信號通路和EGFR降解。 文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結腸炎有療效。cancer免疫科研歡迎咨詢
Th1/Th2細胞失衡也是結腸炎的一個重要特征。四川科研創(chuàng)新服務
3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調IL-6和IL-10
據(jù)報道，DRD2可調節(jié)M1的極化。結果顯示，在DRD2表達水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤增加，M2Mφ的浸潤減少(圖3A)。為進一步研究DRD2對TAMs的調控作用，構建了BrCa與Mφ共培養(yǎng)體系。當Mφ與表達DRD2的BrCa細胞共培養(yǎng)時，qRT-PCR顯示M1表型標記增加，M2Mφ標記下調(圖3B-C)。qRT-PCR也證實了載體轉染的BrCa細胞將Mφ調節(jié)為M2型(圖3C)[12]。WB結果顯示，表達DRD2的BrCa細胞上調M1標記iNOS，下調M2標記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達DRD2的**細胞共培養(yǎng)后，Mφ表現(xiàn)為M1表型(圖3E)。上述結果表明，BrCa中的DRD2具有將Mφ重新編碼為M1表型的能力。為了探索使Mφ向M1表型分化的關鍵調控因子，我們進行了細胞因子陣列分析。結果表明，TNF-α和兩種誘導M1極化的經(jīng)典細胞因子IFNγ均未增加。而與Mφ共培養(yǎng)后，DRD2***下調IL-6和IL-10(圖3F)。分析熒光值，進一步證實IL-6和IL-10下調(圖3F)。因此，DRD2可以將Mφ重新編碼為M1表型，并在crosstalk過程中***下調IL-6和IL-10。 四川科研創(chuàng)新服務
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