基序分析發現E2F TF基序在乙酰化降低相關區域***富集，在T細胞記憶驅動因子相關基序乙酰化增加，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對不同細胞狀態的長期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對體外活化的T細胞進行了ATAC-seq，觀察到染色質開放性的整體降低，T細胞記憶相關基因區域的開放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開CDK4/6抑制后記憶和效應特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對體外活化T細胞進行了單細胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以及整體G1細胞周期停滯(Fig. 2H-I)。接下來對記憶和效應基因標記，并使用AUCell比較富集評分，確定細胞池中不同的記憶樣和效應樣簇(Fig. 2J)。有趣的是，CDK4/6i處理后增加的細胞簇2和5是記憶樣細胞，8是效應樣細胞，證明CDK4/6i抑制促進異質T細胞池中表型不同的亞群細胞的記憶分化，增***應功能。FMT處理加速SCI小鼠的胃腸道消化。成都VEGF標書
二、腸道微生物群落動態變化
確定每個個體部位12個**豐富的科。HSCT后，在腸內第II期Lachnospiraceae的豐度減少，從檢查前的13%減少到第1周的4.7%，然后在第III期開始的第3個月恢復到27.5%(圖2A)。同時，腸球菌科在II期的擴張(檢查前:6.1%;第1周:22.8%)和第二階段的乳酸菌科(預檢:2%;第3個月后，第三階段分別減少到0.2%和0.6%(圖2A)。LDA在腸道中顯示了19個支系(共102個ASVs)，這些支系在時間點上對樣品的分離效果比較好(圖2B)。兩個相當有鑒別能力且LDA系數為正的進化支系包括腸球菌科(Enterococcaceae)和乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)的ASVs(圖2B)。從第3個月開始，它們的豐度再次下降到與預處理時間相當的水平(圖2C)。其中，ASV 78的數量**多，觀察頻率比較高(圖2D)，其16S rRNA部分基因序列與wexlerae序列相似性較高。另一項PCA分析也支持這些發現(圖2E)。腸球菌科(Enterococcaceae)在II期樣品中更為豐富，Lachnospiraceae和Ruminococcaceae在I期和III期樣品中更為豐富(圖2E)。 成都VEGF標書采用LEfSe方法分析經DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統發育類型。
顯微圖像補充了流式細胞術數據，顯示在來IFN-High的SLE的CD8+ T細胞中，線粒體在形態上與IFN -Neg的SLE患者不同，在IFN-High CD8+ T細胞中，每個細胞的平均線粒體總體積更大(圖2e)。綜上所述，這些數據表明，在SLE患者中，長期暴露IFNα可能會觸發CD8+細胞的線粒體變化，但不會觸發CD4+和T細胞的線粒體變化，這可能導致代謝紊亂的細胞，對其功能具有潛在的影響。
3、來自IFN-High的SLE患者的CD8+T細胞的SRC減少
接下來比較了從SLE患者和HC外周血分選的離體CD4+和CD8+T細胞的線粒體呼吸和有氧糖酵解。使用Seahorse細胞外通量分析儀，發現IFN-Neg患者的CD8+T細胞具有與HC相似的基礎和比較大耗氧量率(OCR)，而IFN-High患者的CD8+T細胞表現出較少的基礎和比較大OCR（圖3a）。
Il4ra缺陷小鼠的M2樣巨噬細胞減少和再生失調
為了探索再生過程中胰腺巨噬細胞的調節機制，我們進行了基因集富集分析(GSEA)以比較第3天和第1天巨噬細胞的轉錄組譜。巨噬細胞的M2***和IL4刺激特征從第3天開始富含巨噬細胞。我們發現，表達IL-4和IL-13分別提高在第1天，和表達Il4ra自第1天升高，達到峰值在第3天。為了進一步確定受體和配體的細胞來源，在AP損傷后***從胰腺中分離并比較了CD45.2+和CD45.2-細胞，有趣的是，Il4ra1被顯性免疫細胞上表達（CD45.2+），而IL4和IL13中主要表達于實質細胞（CD45.2-）。此外，通過使用Il4ra缺陷小鼠，我們證明了IL4Rα信號在AP損傷后胰腺修復/再生過程中介導了M2巨噬細胞的極化。值得注意的是，與它們的對應物相比，來自Il4ra-/-小鼠的胰腺在第3天和第5天具有更多的ADM結構。總的來說，這些發現表明IL4/IL4Rα軸是AP恢復過程中胰腺巨噬細胞M2極化所必需的，發揮***功能來控制ADM形成的程度。 WB結果顯示結腸中炎癥分子的相對表達似乎低于脊髓中的。
YTHDF1水平的降低導致MGC-803移植**的**進展延遲(補充圖S2D和S2E)；與對照組相比，YTHDF1缺陷**的重量和體積***減少(圖2D)。因此，在YTHDF1缺陷**中，增殖標記物Ki-67下調，凋亡標記物cleavedcaspase-3上調(圖2E)。通過兩種轉移模型探討YTHDF1是否參與了胃*的體內轉移。尾靜脈注射MGC-803-sicontrol細胞導致肺轉移，而注射MGC-803-siYTHDF1l細胞幾乎完全消除轉移淋巴結的形成。***建立了PDX模型，發現敲除YTHDF1抑制了**的生長和重量。上述結果表明YTHDF1在胃*發生中起重要作用。脊髓損傷（Spinal cord injury, SCI）患者表現出腸道菌群紊亂而腸道失調加重SCI模型中的神經損傷。深圳TOLL標書
FMT處理可能促進了創傷性脊髓損傷后神經元的存活和軸突再生。成都VEGF標書
放線菌素D處理后的 qRT-PCR 和 RT-PCR 分析表明，circACTN4 在指定的時間點具有抗性。隨后，生物信息學預測上游轉錄因子2(USF2)可能與ACTN4的啟動子結合。因此，構建了攜帶全長野生型和突變型ACTN4啟動子的熒光素酶報告基因載體，結果表明USF2增強了熒光素酶野生型熒光素酶報告基因的活性。Chip-qPCR檢測進一步證明USF2可以與ACTN4基因啟動子結合并增強其轉錄活性。設計并構建了USF2過表達和敲低質粒，通過qRT-PCR檢測到轉染相應質粒的BC細胞中ACTN4的表達。結果表明，上調的 USF2 顯著增加了線性ACTN4和circACTN4的表達，而下調的USF2顯著降低了線性ACTN4和circACTN4的水平。這些結果表明ACTN4是轉錄因子USF2的靶基因。
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗